Ввиду болезни последнего Макаров по прибытии на Дальний Восток был временно назначен командующим эскадрой и тотчас развернул кипучую деятельность, заставив работать всех. Главной задачей дальневосточной эскадры была в то время не только подготовка кораблей и личного состава «на всякий случай к встрече с врагом», но и изучение природных условий мест возможных боев с противником.
До прибытия на Дальний Восток «Витязя» изучение это шло вяло, по-казенному, без страсти и энергии. «Бог даст — пронесет, может, ничего и не будет. Стоит ли особенно стараться», — думали многие во главе с командующим эскадрой.
Но Макаров понимал, что рано или поздно столкновение с врагом неизбежно. Став во главе эскадры, он немедленно принялся за подготовку кораблей и их экипажей к бою. Прежде всего он создал комиссию командиров и поручил ей разработать план действий. Новый способ обучения, введенный Макаровым, заключался в следующем. Почти ежедневно, если позволяла погода, суда поочередно уходили в Амурский или Уссурийский залив, выбирали себе укрытое место и, потушив огни, ожидали прихода «неприятеля», который появлялся лишь с наступлением темноты.
Ночные занятия внесли оживление в однообразную до этого жизнь эскадры. Особенно нравились они молодежи. Как к настоящему сражению, готовились офицеры к ночному походу. Самые ценные на море качества — находчивость в отыскании лучших способов атаки, ловкость, сообразительность, точный глазомер — все получало здесь блестящее развитие. Ночные учения, введенные Макаровым, проводились с учетом опыта его минных атак на Черном море.
Чтобы занять свободных от вахты моряков в дневные часы, Макаров ввел новое весьма интересное и полезное занятие: парусные гонки кораблей. В них обычно участвовали три корабля: «Витязь» с Макаровым на борту в качестве арбитра, «Рында» и клипер «Вестник». Макаров был горячим сторонником соревнований на флоте. Он считал соревнование могущественной силой и всячески использовал эту силу. Любил Макаров и шлюпочные гонки и всячески поощрял и награждал любителей парусного спорта. Вообще он был сторонником развития спорта на флоте, сам прекрасно управлял шлюпкой под парусами, занимался гимнастикой и отлично плавал.
В своих методах боевой подготовки личного состава флота Макаров развивал лучшие традиции, созданные еще адмиралом Ф. Ф. Ушаковым. Пропаганда состязаний и соревнований на флоте сближает Макарова с другим его предшественником — адмиралом М. П. Лазаревым.
Пройдя в самом начале своей службы хорошую парусную школу, Макаров на всю жизнь сохранил к ней самое горячее расположение. «Воистину говоря, это была чудная школа! — восклицает он в своей книге „Без парусов“. — Природа на каждом шагу ставит вам препятствия, и тот, который много плавал, привыкает верить, что нет работы без препятствия, и что всякое препятствие надо тотчас же устранять. В бою тоже на каждом шагу будут препятствия. Если человек привык их устранять, то он и в бою их устранит. Парусное дело было тоже хорошей школой и для матросов. Они видели и чувствовали, какое огромное значение имеет быстрота, а потому все, что они делали, они привыкли делать быстро. Эта быстрота движений, столь необходимая в работе с парусами, целиком переходила и на работу с артиллерией». Но парусное дело не только воспитывало ловкость и умение приспосабливаться к различной обстановке. Макаров видел в нем еще одно ценное качество: именно здесь происходил отбор людей, пригодных к морской службе, то есть выявление смелых и расторопных. «Морская жизнь полна случайностей, — говорит Макаров, — и тот, кто умеет быстро найтись при различных обстоятельствах и устранить затруднение, тот всегда готов к этим случайностям».
Обнаружив прекрасные парусные качества «Витязя», Макаров неоднократно любовался кораблем, когда он в свежую погоду под зарифленными парусами несся птицей, рассекая волны.
Но при всей своей любви к овеянным романтикой парусным кораблям Макаров хорошо понимал, что эпоха парусного флота навсегда миновала, что пришедший на смену парусу винтовой двигатель вскоре совершенно вытеснит его.
Книгу «Без парусов» постаралась не заметить как специальная морская, так и вообще официальная печать. Не понравился главным образом новаторский тон автора. По мнению Макарова, каждый моряк должен был пройти суровую школу морской практики. Настаивая на коренной ломке всего военно-морского воспитания и образования, он требовал также, чтобы офицер, кроме своего основного дела, знал все, что должен знать нижний чин. Только в таком случае, считал Макаров, офицер может предъявлять к матросу должные требования и взыскивать с него. И книга «Без парусов» при жизни автора так и не получила признания.