Макаров тщательно изучал стратегическую обстановку дальневосточного края, его берега, природные особенности. Будучи председателем комиссии по обсуждению вопросов о зимовке судов русской эскадры на Дальнем Востоке, он обратил внимание на то, что Владивосток не оборудован как военно-морская база. Макаров доказывал морскому министерству, что при разработке плана войны следует обратить самое серьезное внимание на отсутствие такой базы на Востоке. «Комиссия осмеливается думать, — писал Макаров в одном из протоколов, отправленных в Петербург, — что если бы в Главном морском штабе был учрежден отдел, не связанный с текущими делами и специально ведущий военно-стратегическую часть, то организация войны много бы выиграла».
Капитан 1 ранга Макаров единственный из русских моряков правильно понял в ту пору дальневосточную обстановку и еще за шестнадцать лет до войны с Японией указал на необходимость осуществления на Востоке ряда мероприятий. Смысл протокола Макарова таков: да проснитесь же, наконец, бросьте заниматься пустяками, когда беда на носу!
Действия Макарова были восприняты в Главном морском штабе как дерзость, его предложения остались без последствий и лишь прибавили ему врагов, которых и без того у Макарова было достаточно.
Беспокойство Макарова при виде беззащитности русских дальневосточных берегов и неподготовленности флота и баз к назревавшей войне вызывалось присущим ему чувством глубокого патриотизма. Но горькие истины о положении дел на Дальнем Востоке были поняты царским командованием лишь в позорные дни русско-японской войны, когда самого Макарова уже не было в живых.
Стремление Макарова обеспечить русский флот хорошей базой на Востоке было настолько сильно, что он задумался над вопросом, нельзя ли искусственным путем воспрепятствовать замерзанию бухты Золотой Рог.
Макаров предпринял даже попытку разрешить этот вопрос практически. Изучив условия замерзания Владивостокского порта и исследовав температуру воды и постепенное увеличение толщины ледяного покрова, Макаров считал необходимым производить искусственное поднятие воды нижних, более соленых и замерзающих при более низкой температуре слоев на поверхность. Циркуляции воды, по мысли Макарова, можно было добиться двумя способами. Простейший из них состоит в том, чтобы с помощью водолазного насоса нагнетать струю воздуха в нижний слой воды. Воздух из шланга устремится в виде пузырьков кверху и погонит вместе с собой нижние слои воды. Второй способ, предложенный Макаровым, предусматривал применение винта парового катера и особой трубы, установленной под винтом и другим концом опущенной на глубину. «Приводя в движение машину катера, мы образуем всасывание из трубы, через которую и направится кверху нижняя вода"87.
Проект осуществлен не был, так как в следующем же, 1897 году Россия получила от Китая в аренду на двадцать пять лет незамерзающую порт-артурскую гавань, в проект Макарова под этим предлогом был похоронен в министерских папках.
Макаров прекрасно понимал, что к войне следует готовиться заранее, систематически и основательно, он хорошо знал, что готовить флот в тот момент, когда он потребуется для решительных боевых действий, будет поздно. К тому же русский флот, по мысли Макарова, требовал коренной реорганизации. Подготовка и обучение личного состава, так же как и постройка боевых кораблей должны производиться исподволь. Он полностью хотел осуществить девиз Суворова: «Тяжело в ученье — легко в бою». «Помни войну», — настойчиво твердил Макаров. Говоря о войне вообще, Макаров имел в виду прежде всего неизбежную войну с Японией, к которой и рекомендовал тщательно готовиться.
По окончании трехлетнего плавания на «Витязе» Макаров представил в морское министерство подробный отчет. Как обычно у Макарова, отчет представлял собой не сухой перечень событий дня, подобно вахтенному журналу, а описание событий с подытоживанием результатов, замечаниями и выводами по всем отраслям судовой службы. К отчету были приложены сделанные Макаровым многочисленные фотоснимки. На некоторых из них показана работа матросов на реях в момент постановки и уборки парусов.
Поражает обилие конкретных предложений, высказанных Макаровым в отчете: о системе нумерации всех предметов на корабле, о высадке корабельного десанта, о постановке якорных мин с корабля, о подготовке корабля к бою, о работе машин, о пригонке различных частей машин, о двойном и тройном расширении пара, о быстром подъеме пара, об устройстве боевых угольных ям, о непотопляемости, о водяном балласте, о парусиновом охладителе, об опреснении воды, о паровом судовом катере, о ванной для кочегаров, о приготовлении вкусных щей и выпечке хлеба и т. д. Вся практика военно-морской службы собрана здесь!