6 февраля корабли вышли в путь.
13 февраля, после того как «Виктория» наткнулась на подводные камни, Магеллан приказал флотилии держать мористее. В открытом море, вдали от берега, корабли шли до 22 февраля. Затем, опасаясь пропустить пролив, который, по расчетам Магеллана, должен был находиться близ 40° ю. ш., капитан-генерал флотилии приказал повернуть к северу, подойти к суше и плыть в дальнейшем тем же направлением, не отдаляясь от берега.
24 февраля корабли вошли в залив Сан Матиас, который Магеллан тщательно обследовал, желая знать, имеется ли в этом месте пролив, ведущий в Южное море. Не задерживаясь в водах залива Сан Матиас, Магеллан направился дальше в поисках удобной якорной стоянки, где корабли могли бы укрыться от ярости зимних бурь и пробыть там до наступления весны.
Первая бухта, избранная для этой цели (гавань Великих Трудов), оказалась крайне негостеприимной. Покинув ее, флотилия на 49°30′ ю. ш., т. е. всего лишь в 2 1 / 2 градусах к северу от входа в искомый пролив, вступила 31 марта в бухту, названную Магелланом гаванью Сан Хулиан (св. Юлиана).
Здесь 2 апреля разразился мятеж, с большим трудом подавленный Магелланом (см. комментарий33 ). В бухте Сан Хулиан флотилия оставалась до 24 августа. В мае погиб посланный под командой Серрана на рекогносцировку самый маленький корабль экспедиции «Сантьяго». Это случилось в устье реки Санта Крус (св. Креста), в 170 км к югу от бухты Сан Хулиан. Потерпевшие кораблекрушение, испытавшие немало мук и лишений, были спасены. Во время стоянки в бухте Сан Хулиан испанцы вероломно напали на индейцев-патогонцев и нескольких человек взяли в плен.
Выйдя 24 августа из бухты Сан Хулиан, флотилия два дня спустя дошла до устья реки Санта Крус и здесь пробыла до 18 октября.
Отправившись в путь 18 октября, Магеллан 21 октября на 52° ю. ш. за выступом берега, названным мысом Одиннадцати Тысяч Дев, открыл глубокую выемку — восточный вход в пролив. На рекогносцировку направлены были корабли «Сан Антоньо» и «Консепсьон». К исходу четвертого дня оба корабля возвратились, и капитаны их доложили Магеллану, что, следуя водами пролива на много лиг, они везде встретили соленую воду и обнаружили очень сильное течение, увлекающее суда к западу.
1 ноября Магеллан направился на запад. Здесь в проливе дезертировал кормчий Иштебан Гомиж, захвативший корабль «Сан Антоньо», арестовавший и заковавший в цепи капитана этого корабля Альваро де Мескиту. Этот предатель, прибыв в Испанию, возвел тяжелые обвинения на Магеллана. Тесть Магеллана, Дьогу Барбоза, и жена его Беатриж подверглись домашнему аресту. Следственные органы принялись усиленно собирать материал, порочащий Магеллана. Любопытно, что сам Гомиж нисколько не пострадал, когда выяснилась его подлинная роль в событиях Магелланова плавания. Более того, он удостоен был королем Карлом V рыцарского звания «за выдающиеся заслуги, оказанные им флотилии Магеллана». «Подвиги» подобного рода были делом, привычным для рыцарей первоначального накопления!
В конце ноября Магеллан вступил в западную часть пролива. Моряки, посланные на лодке вперед, дошли до места, за которым открывалось безбрежное море. Этот мыс — западную оконечность острова Санта Инес — на южной стороне пролива Магеллан назвал Желанным (Deseado).
28 ноября флотилия в составе трех кораблей вышла в Тихий океан (название это дано было спутниками Магеллана потому, что во время более чем трехмесячного перехода через океан они ни разу не испытали бурь и штормов. До плавания Магеллана этот океан носил название «Южное море». Впрочем, еще в XVII столетии он так именовался многими мореплавателями).