В 1067 году половцы вторглись в Русскую землю. Князья Изяслав, Святослав и Всеволод, решили сразиться с ними на реке Альте и просили благословения у Антония. Он предсказал им поражение. Шимон или Симон, один из варяжских витязей, пришедший на службу в Русь, пав к ногам старца, молил о спасении. Блаженный успокоил его, сказав, что он останется жив, и впоследствии его похоронят в церкви, которая здесь будет построена, что и исполнилось.
Вступление в монашество сына первого Изяславова боярина, Иоанна, внука знаменитого Вышаты, который ходил под Царьград в последний раз, под именем Варлаама, — и Ефрема, княжего ключника, навлекли впоследствии на пещеры гнев великого князя, который грозился раскопать пещеры, но буря вскоре миновала.
Антоний, однако же, не терпя мятежа и молвы, желавший посвятить себя совершенному уединению, без малейшего сообщества, вскоре оставил общество, сказав: «Бог совокупил вас, братия! Буди на вас благословение, первое от Бога, второе от Святой горы; живите себе, я поставлю вам игумена, а сам пойду в гору».
Игуменом Антоний поставил Варлаама, приобретшего себе великую славу, несмотря на свою молодость, подвигами благочестия и праведной жизнью, а сам выкопал себе другую пещеру под новым монастырем (ближние пещеры) и заключился в ней, не выходя никуда, постясь и молясь, беседуя с Богом.
Братии прибавлялось. Они уже не могли помещаться в пещере и решили поставить церковь на горе над пещерой; пришли к Антонию и просили его благословения. Антоний одобрил их намерение, и они поставили малую церковь Св. Успения, а вскоре должны были подумать и о построении монастыря с кельями, потому что число желавших делить с ними труды и подвиги увеличивалось беспрестанно. Они сотворили совет с игуменом и опять пришли к Св. Антонию. Святой отшельник был очень рад такому скорому преуспеянию его братства, молитвами Святой Богородицы и «сущих отец, иже в Святой горе», послал к князю Изяславу — просить у него всей горы над пещерою, что тот с удовольствием и исполнил. Игумен и братия заложили церковь обширную, огородили монастырь тыном, поставили кельи, возвели церковь и украсили ее иконами.
Изяслав взял, однако же, Варлаама из Печерской обители, и определил игуменом в новый монастырь, созданный им в честь своего ангела, Св. Димитрия, желая возвеличить свое здание.
Братья просили себе нового игумена у святого Антония, который считался общим отцом и священно-начальником.
«Кто больше между вами, отвечал святой старец, Феодосия кроткого, смиренного, послушного», — и тот поставлен был игуменом.
Новое несчастье постигло вскоре юный монастырь. В Киеве произошло смятение. Половцы опустошили землю Русскую; Изяслав был изгнан возмутившимися киевлянами, которые посадили на своем столе Всеслава полоцкого, сидевшего дотоле в темнице: князь бежал, но вскоре вернулся с польской помощью и жестоко наказал людей, участвовавших в его изгнании. По каким-то поводам он заподозрил святого Антония в расположении к прогнанному теперь Всеславу. Святослав, князь черниговский, прислал за ним ночью спасти от братнего гнева.
Великий Никон еще прежде удалился в Тмуторакань вместе с другим братом болгарином, Ефрем — в Константинополь.