В двух верстах от монастыря, в глуши леса, устроили о. Феодору уединенную келлию, и здесь он поселился с подвижником иером. Клеопою и о. Леонидом.
Слава о мудрости о. Феодора, между тем, все увеличивалась, к нему шло много народа, и, избегая славы, он перешел на север России, в Новоезерский монастырь, где был тогда архимандрит Феофан.
На дорогу с собой он взял всего 30 копеек, и, когда нашел при себе тайно вложенные кем-то из братии пять рублей, тотчас отдал их бедной женщине.
Митрополит новгородский назначил о. Феодору жить в Палеостровской пустыни, на Онежском озере.
Здесь старец перенес тяжкое гонение из-за клеветы. У него не было ни одежды, ни обуви. Он не мог ни выходить, ни принимать никого из иноков, ни разговаривать со странниками. Перед смертью тот, кто был причиною этого гонения, раскаялся и просил со слезами, валяясь в ногах, прощения у о. Феодора.
Утомленный завистью, гонением, о. Феодор удалился в скит Валаамского монастыря, к переселившимся туда своим единомышленникам Клеопе и Леониду.
Шесть лет провел он здесь. Но новое гонение заставило его искать убежища в другом монастыре, Александро-Свирском.
"Слава Богу, слава Богу, — повторял он, — и я вижу, наконец, берег житейского моря, по которому доселе как утлая ладья носилась душа моя".
Он почил в вечер Светлого пятка, 1822 г.
Он был особорован и приобщен.