Смысл происходившего в то время грандиозного социального переворота заключался в распаде феодальной системы под натиском укреплявшей свое влияние буржуазии. При этом «всякая борьба против феодализма должна была тогда принимать религиозное облачение, направляться в первую очередь против церкви».
Так родились религиозно-реформаторские учения Лютера, Цвингли и Кальвина, в которых за теологическими разногласиями с католицизмом скрывалась политическая борьба.
Парацельс был человеком нового времени, общественное бытие его не имело корней в старом феодальном укладе, поэтому римская церковь не могла найти в нем своего сторонника. Наоборот, он ясно видел отрицательные стороны папства и римской курии. Он мог охотно подписаться под обличительными словами Гуттена по адресу наместника св. Петра:
«Все в Риме крайне испорчено и извращено и, как говорится, нет там ничего здорового. Это является тем более погибельным, что выдумали сделать из этого города главу церкви. И там воздвигли бесстыжий идол в лице папы, ему предоставили все, даже право делать постановления, противоречащие учению Христа (до нашего времени папы издали много подобных постановлений) и удаляться, насколько захочет, от евангелия. Он может сделать, кого захочет, вечно блаженным, какую бы дурную жизнь ни вел тот, и осудить души людей, ведущих самую невинную жизнь».
Для Парацельса «папа и его Римское государство — новый Люцифер на земле». С негодованием говорил он, что «церковь обращает собираемые ею даяния на роскошь и пышность, а бедные не получают этих даяний, которыми церковь должна была бы их поить и кормить».
Он обличал духовенство, особенно высшее: кардиналов, епископов, аббатов, «которые являются князьями и господами. Такими стали они во имя дьявола, а не во имя бога; их долг — быть подобно апостолам: не иметь даже палки и мешка».
Монахов и монахинь звал он не иначе, как «пожирателями милостыни».
Его слова: «Если мы ищем господа, то вон из нее, так как в римской церкви мы его не найдем».
Сначала отношение его к Лютеру было безразличным: «Я предоставляю Лютеру самому отвечать за свое дело и рядом буду делать свое». Ему даже казалось, что он и Лютер имеют общих врагов. «Кто враг Лютеру? Эта шайка мне так же ненавистна».
Цвингли в письме 1531 года Парацельс называл «нашим патроном мейстером Ульрихом Цвингли», очевидно, питая к нему и его учению некоторые симпатии.