7 января 1868 года Пржевальский прибыл вновь в станицу Буссе, где и был закончен первый период путешествия, продолжавшийся 6 месяцев. За это время им пройдено более 2 250 км.
Весной Пржевальский снова отправился на озеро Ханка, с целью изучить жизнь птиц и наблюдать за их перелётом. Несмотря на плохую материальную обстановку, это был лучший период путешествия. Всевозможные породы птиц прилетали на озеро не стаями, а тучами, которые путешественник сравнивает с тучами саранчи. «Здесь столько пород птиц, - пишет он дяде, - что и во сне не приснится. Каких там нет уток и других птиц. Некоторые так красивы, что едва ли таких можно сделать и на картине. У меня теперь есть уже 210 чучел этих птиц. В числе чучел есть у меня журавль весь белый, только половина крыльев чёрная; этот журавль имеет в размахе крыльев 8 футов [2,5 м]. Есть на Ханке еще кулик величиной с большого гуся и весь превосходного розоватого цвета; есть иволга величиной с голубя, яркожёлтого цвета, а свистит-то она как громко! Есть цапля, белая, как снег, чёрные аисты и много, много есть редкостей как между животными, так и между растениями. Между последними в особенности замечательна огромная (величиной с шапку) водяная кувшинка, родной брат гвианской виктории; она вся красная и превосходно пахнет».
После исследования озера Ханка Пржевальский думал отправиться в Маньчжурию, но в это время группа китайцев-золотоискателей вторглась в русские владения на реку Сучан и сожгла несколько деревень. Пржевальский был назначен начальником отряда, направленного к Сучану, и оторвался от своих основных занятий.
Осенью Пржевальский прибыл в Николаевск-на-Амуре, где в течение всей зимы обрабатывал собранные коллекции; здесь же он написал общий отдел своего путешествия, состоящий из 8 глав.
Из Николаевска H. M. Пржевальский отправил в Сибирский отдел Географического общества отрывок из своего труда под названием «Инородческое население в южной части Приморской области». Статья обратила на себя внимание. «Сочинение это представляет во всех отношениях величайший интерес для читающей публики, желающей познакомиться с отдалённым и неизвестным краем, природа которого описывается Пржевальским так верно…» - таков был первый отзыв об этой статье, помещённой в «Известиях Сибирского отдела Географического общества».
30 декабря 1869 года Географическое общество присудило Пржевальскому за эту статью серебряную медаль Это была его первая награда из числа многих, полученных им впоследствии.
Весной 1869 года Николай Михайлович отправился снова на озеро Ханка, где пробыл до середины лета, наблюдал за жизнью животных, приготовлял чучела, собирал растения и изыскивал новые пути сообщения в западной и южной частях Ханкайского бассейна.
В июле Пржевальский выехал в Иркутск, где читал лекции об Уссурийском крае. «Он говорил красноречиво и с таким увлечением, и, подражая пению различных птиц, делал это так хорошо, что один из его слушателей, несколько лет спустя, проежая по Амуру, по напеву Пржевальского узнал иволгу»[6].
В январе 1870 года Пржевальский прибыл в Петербург. Здесь он закончил описание путешествия, которое издал за свой счёт. После выхода книги в свет имя Пржевальского стало известным всей России.