Майора Анри тотчас же вызвали из отпуска. Орган Ива Гюйо «Сьекль» уже опубликовал сногсшибательные доказательства сношений Эстергази с Шварцкоппеном, а затем показания под присягой как германского атташе, так и Паниццарди, уличающие Эстергази в составлении «бордеро».
Анри призвал себе на помощь всю свою изворотливость, все свои связи, чтобы задержать катившуюся на него лавину. Но 30 августа 1898 года игра была проиграна. Обвинителем выступил сам военный министр.
Анри пытался от всего отпереться, свалить вину на Жоржа Пикара, но не выдержал и внезапно сознался, что был инициатором подделки письма Паниццарди.
На следующий день безнадежно запятнавший себя негодяй был найден в мертвым в своей камере: он перерезал себе бритвой горло. Эстергази бежал в Англию. Однако следствие против Пикара прекращено не было; 21 сентября ему предъявили обвинение в подлоге. Он не питал никаких иллюзий насчет намерений своих противников и в суде заявил:
— Вероятно, я в последний раз имею возможность говорить перед публикой. Пусть знает мир, что если в моей камере найдут бритву Анри, это значит, что меня умертвили!
Суд не решился вынести Пикару обвинительный приговор, но освобожден он был лишь 12 июня 1899 года.
К тому времени Дрейфуса вернули из Гвианы — и каких усилий стоило даже это скромное достижение! Как только вина Анри была установлена, а Эстергази разоблачил себя своим бегством, посыпались требования отменить приговор Дрейфусу. Как это ни невероятно, но стена могущественных предрассудков и тут дала себя знать. Дело о пересмотре, начатое в уголовной палате, провалилось; все же объединенная палата распорядилась о возвращении узника во Францию. И 3 июня 1899 года кассационный суд, высшая инстанция по пересмотру и апелляции, отменил приговор 1894 года и высказал мнение, что «бордеро» было написано Эстергази.
Дрейфуса судил военный суд в Ренне, чтобы военная иерархия могла «исправить свою ошибку».
Но у противников пересмотра оставалась в запасе ещё одна отравленная стрела — другая фальшивка, нелепое «аннотированное бордеро Вильгельма», документ, на полях которого якобы имелись пометки германского императора. На этом основании военный суд вторично признал Дрейфуса виновным со смягчающими обстоятельствами» и приговорил его к десяти годам тюрьмы. Через десять дней, 19 сентября 1899 года, он был помилован президентом Лубе. «Министерство защиты республики» Вальдека-Руссо опасалось революционных волнений в случав утверждения приговора; Дрейфус согласился принять помилование под условием, что за ним сохранено будет право доказывать свою невиновность.
В 1903 году он подал ходатайство о пересмотре своего дела; и, наконец, в январе 1906 года, через одиннадцать лет после первого осуждения, кассационный суд отменил приговор 1899 года и полностью реабилитировал Дрейфуса. Его вернули в армию с чином майора, наградили крестом Почетного легиона. В окончательном тексте приговора верховный трибунал Франции счел достойный отметить тот факт, что Дрейфус «изъявил намерение воздержаться от требования материального возмещения, на которое, по статье 446-й процессуального Кодекса, имел право».