В виду того, что борьба с татарами, калмыками, башкирами и казак-киргизами, с которыми соприкасались яицкие казаки, становилась с каждым годом все труднее, они были вынуждены обратиться за помощью к Московскому царю и предложить зачислить их на государственную службу. Царь Алексей Михайлович с большой охотой принял на службу яицких казаков и пожаловал им р. Яик «в вечное владение», от вершины до устья.
Это еще более укрепило положение казаков на берегах р. Яика и оживило движение в край разной вольницы, за счет которой стало расти и крепнуть Яицкое казачье войско.
Башкирские восстания XVII в.
Русская колонизация Башкирии, как мы уже сказали, имела преимущественно земледельческий характер и несла в эту дикую страну соху и хлеб, но она сопровождалась грубыми и своекорыстными приемами политики местных русских властей в лице царских воевод. Преследуя свои корыстные цели, воеводы Московского царя отбирали у башкирского народа земли в свою собственность и собирали в свою пользу незаконные подати и грубо вмешивались во внутреннюю жизнь страны. Башкирский народ, сохранивший свою самобытность под властью татарских ханов, не мог примириться с насилиями и гнетом царских воевод.
Московское правительство в силу своей отдаленности от края и переживаемых смут в конце XVI и в начале XVII в. не могло упорядочить управление краем и обуздать дикое самоуправство воевод.
Наиболее культурный слой местного населения, главным образом муллы, выходцы из Казани, встали на стражу интересов башкир. К ним примыкали татарские князья, укрывшиеся из Казанского царства в Башкирию. Татарские муллы и князья вели среди башкирского народа пропаганду о необходимости борьбы с насильниками и организации башкирского национального государства. Леса и горы глухой Башкирии, ввиду полного отсутствия дорог, были недоступны для русских войск, в силу чего превратились в очаги национальной и религиозной пропаганды князей и мулл, которые разжигали в народе фанатическую ненависть к завоевателям.
Между тем уфимские воеводы, управлявшие Башкирией, в годы государственной смуты начала XVII столетия продолжали бесчинствовать, истощая терпение народа диким разгулом грабежей и самовольных захватов.
Недовольство башкирского народа росло с каждым годом, и правительство в конце концов решило прекратить ту вакханалию, которая разыгрывалась в крае на почве захвата башкирских земель.
В 1649 г. Правительство Соборным Уложением запретило переселение в Башкирский край из внутренней России и приобретение там земель. Однако мера эта запоздала; в Башкирии начались вооруженные восстания.
Еще в 1645 г. башкиры восстали и окружили гор. Мензелинск; однако восставшие были отражены русскими войсками, а зачинщики схвачены и казнены.