В 1662 г. восстание башкир вспыхнуло вновь. На этот раз во главе восставших стоял пламенный старшина Сеит, по имени которого и самое восстание получило название Сеитовского. Воспользовавшись настроением народа, угнетенного русскими властями и игом хищнического торгового капитала, — Сеит увлек башкирский народ идеей создания мусульманского государства в пределах Казанского царства и Сибири. К башкирам примкнули почти все инородцы края: казанские татары, черемисы, мордва, чуваши, мещеряки, калмыки и казак киргизы.
Соединившись с калмыками и казак-киргизами, башкиры подступили к г. Уфе и уничтожили в ее окрестностях все русские поселения, предавая села и жителей огню и мечу.
Восстание охватило огромный район. Повстанцы разгромили Казанский уезд и доходили до Верхотурья, Тюмени и Кунгура, повсюду уничтожая русские поселения.
Восстание старшины Сеита совпало по времени со знаменитым восстанием Степана Разина, почему правительство, занятое борьбою с последним, не могло выставить значительных сил для борьбы с башкирами.
Против старшины Сеита был послан воевода Зеленин с небольшим отрядом яицких и малороссийских казаков, но был отражен башкирами.
Воззвания уфимских воевод и разные посулы правительства башкирскому народу не имели никакого успеха. Только измена калмыцкого хана Аюки, который принял подданство Москвы, ослабила силы восставших.
Восстание было подавлено только в 1680 г и закончилось свирепыми казнями.
Часть повстанцев, спасаясь от преследования воеводы Зеленина, вторгнулась в Челябинский уезд — и произвела здесь большие опустошения Сибирских слобод.
Спустя всего три года, в 1683 г. снова вспыхнуло восстание башкир под Мензелинском, которое было усмирено яицкими казаками
После усмирения Сеитовского восстания Башкирия была настолько ослаблена, что Московское правительство нашло возможным совершенно покончить с автономным положением страны и включить ее в общую систему государственного волостного устройства. Башкирия была разделена на 4 административные единицы, получившие название дорог, — Казанскую, Осинскую, Сибирскую и Ногайскую; все эти дороги были разделены на волости, которые в свою очередь были приписаны к Казанскому, Осинскому, Кунгурскому и Мензелинскому уездам.