Вместе с тем были урезаны права провинциальных воевод, которым строго воспрещалось притеснять башкирское население и предписывалось «держать с ними привет и ласку и обнадеживать их государевой милостью».
Вводя в стране новое административное устройство, правительство в то же время принимало ряд мер для упрочения своего военного положения. По Волге, между Казанью и Астраханью, в удобных местах были построены новые военные крепости для наблюдения «за татарскими перелазами». Внутри самой Башкирии был также построен ряд новых военных крепостей, городов, острогов и зимовий, которые были заняты русскими гарнизонами.
Между городами и укрепленными пунктами были проложены сухопутные дороги и налажены речные сообщения по рекам Белой, Каме и Волге. Мало-по-малу Башкирия охватывалась со всех сторон в тесное кольцо русских военных крепостей.
В 1650 г. на р. Исете был построен Исетский острог; в 1662 г. был построен Шадринский острог; в 1670 г. Усть-Миясская слобода; в 1658 г., как мы уже знаем, была построена Челябинская крепость, впоследствии ставшая центром Исетской провинции.
Кроме, того со стороны Сибири были застроены остроги: Окуневский в 1670 г., Чумлякская слобода — в 1679 г. — Миясская крепость — в 1685 г.
Таким образом к концу XVII в. Башкирия была замкнута системой крепостей и городов со всех сторон и имела административное устройство.
Башкиры прекрасно понимали, что русские крепости представляют собой отдельные звенья сплошной цепи, которая окончательно задушит их край и еще раз пытались разорвать эту цепь.
В 1704 г. в Башкирии началось новое волнение, на почве недовольства народа тяжелыми поборами и рекрутчиной, а в 1707 г. вспыхнуло новое восстание, известное в истории под названием «Алдаро-Кусюмовского бунта», по имени двух башкирских старшин, поднявших это восстание.
Восстание это началось с того, что присланный Петром I в Уфу воевода Сергеев и его сподвижники Хохлов и бр. Аристовы возмутили башкир своими корыстолюбием и надругательством над религией.
Башкиры склонили на свою сторону татар, мещеряков, казак-киргизов и подняли восстание.