Заботясь о колонизации Башкирского края русским населением, статский советник Кирилов исходатайствовал у правительства разрешение всех этих беглых людей, «годных к труду и здоровых писать в регулярную службу, а тех, которые негодны для регулярной службы, записывать в казаки». Но при Урусове правительство распорядилось ловить беглых и возвращать в Россию.
При Неплюеве 3-го февраля 1743 г. был снова издан указ правительства всех беглых крестьян высылать из Оренбургского края в места прежнего жительства.
Неплюев вошел с ходатайством об оставлении их в новых крепостях «для скорейшего их основания и устройства, где годные люди не меньше того, как в полки нужны». Ходатайство Неплюева было удовлетворено, и 27 июня 1744 года весь пришлый элемент, находившийся по крепостям Оренбургской линии, был зачислен в казаки. Таких казаков оказалось 2415 человек.
Построив новый г. Оренбург в 1743 г., Неплюев переселил сюда 550 человек самарских и уфимских казаков, застроивших Форштадт. Из этих казаков была создана первая военно-административная единица Оренбургского войска — Оренбургский нерегулярный корпус.
Все другие казаки, живущие в крепостях, пока не имели самостоятельного управления и были подчинены по месту своего жительства провинциальным воеводам, командирам ландмилицких полков и крепостным комендантам.
В 1748 г., указом Военной Коллегии от 12-го июля, управление всеми казаками края было объединено в руках войскового атамана Могутова, назначенного правительством из самарских казаков. В помощь атаману были назначены есаул и писарь. Эти три лица составили «Войсковую Избу» — первый высший военно-административный аппарат войска.
15-го мая 1755 г. был утвержден штат Оренбургского нерегулярного корпуса.
В 1755 г. Оренбургское войско насчитывало 5877 мужск. душ, из которых 1797 человек получали жалование от казны и назывались «жаловаными» казаками, а остальные казаки жалования не получали и служили за свой счет, пользуясь за службу земельными угодьями.
В 60-х годах XVIII ст. был издан указ, по которому всех казачьих детей, а также детей дворян и «служилых людей», проживающих в Самаре, Саратове и Ставрополе, по достижении ими 17-тилетнего возраста, стали зачислять в казаки, дабы они «праздно не шатались по Волге» зачисляли в казаки и крещеных калмыков.