Через несколько месяцев после приезда в Мадрид Ризаль снова покидает его в августе 1890 года, чтобы больше никогда не возвращаться. В декабрьском номере «Эль солидаридад» напечатана небольшая новелла «Мариан Макилин» — его последняя работа, написанная для этого журнала. «Мариан Макилин» является художественным протестом против обязательной воинской повинности, введенной Испанией на Филиппинах. Ризаль, всегда требовавший уравнения филиппинцев в правах с испанцами, рисует разрушительные последствия принудительной службы филиппинского юношества в войсках колонизаторов, страх и ненависть филиппинцев перед рекрутским набором.
Прежде чем окончательно отойти от мадридской группы, Ризаль пытается еще принять участие во всех ее начинаниях.
Он одним из первых вступает в филиппинскую масонскую ложу «Эль солидаридад», основанную в том же году в Мадриде.
Руководитель этой ложи дель Пилар был далек от мысли использовать масонские организации на Филиппинах для борьбы за отделение от метрополии. Он стремился превратить масонские ложи в организацию сбора средств для пропаганды в Испании реформ, для пропаганды ассимиляции филиппинского народа.
Здесь заключается основное принципиальное расхождение между Ризалем и дель Пиларом. Ризаль был горячий филиппинский патриот и всегда боролся за национальное развитие своего народа. Он хотел пробудить национальную гордость филиппинцев, воскресить задавленное колонизаторами национальное самосознание. Далекий от всякого шовинизма, он мечтал о времени, когда свободные народы всего мира сольются в одну семью, но путь к космополитизму он видел прежде всего в развитии национальных свойств народа. Космополитизм сочетался в Ризале с отстаиванием подлинной филиппинской народности. В этом было его отличие от той части филиппинской и метисской буржуазной интеллигенции, заветной мечтой которой было ассимилироваться, слиться с испанскими колонизаторами.
И чем больше терял Ризаль веру в то, что реформы будут даны испанским правительством, тем сильнее расходился он с группой дель Пилара.
Ему начинают казаться бессмысленными торжественные банкеты, на которые дель Пилар собирает либеральных депутатов кортесов и куда он пытается заманить даже видных деятелей клерикального мира. Он неодобрительно смотрит на попытки дель Пилара использовать соперничество между различными монашескими орденами.
Сторонники дель Пилара, с своей стороны, обвиняют Ризаля в нежелании бороться за реформы.
Ризаль воспринимает свой внутренний разлад и нападки части эмигрантов очень тяжело. Он покидает Мадрид и, уединившись в университетском городе Голландии Генте, целиком отдается работе над продолжением своего первого романа.
Критики Ризаля видят в этом чуть ли не дезертирство и усиливают свои нападки. В 1891 году даже «Эль солидаридад» помещает статьи, направленные против Ризаля. Мы увидим, как болезненно воспринимал все это Ризаль и как на всю жизнь осталось в его сердце тягостное ощущение несправедливой обиды.