Очень часто крестьянские движения принимали форму религиозного сектантства. В сороковых годах филиппинец Аполинорио де ла Крус пытался вступить в один из монашеских орденов, но испанские монахи никогда не допускали филиппинцев в свой круг. В 1840 году де ла Крус организует в родной провинции Тайабос религиозную общину из филиппинцев, но церковные власти не хотят ее признать. Гонения монахов делают Аполинорио де ла Крус главой мятежной секты. Его проповеди привлекают сотни последователей из провинций Лагуна, Тайабос, Батангас. Только после регулярной осады испанским войскам удалось захватить церковь и укрепления мятежников. Сотни крестьян погибли в сражении, а сам Аполинорио де ла Крус был казнен. Откликом на его казнь явилась неудачная попытка восстания в Маниле.
Религиозные движения, отражавшие протест трудовых масс против колониальной эксплуатации и угнетения, часто окрашивались в мистические краски. В конце восьмидесятых годов возникает секта Палаан («красные»), названная так по цвету одежды ее сторонников. Члены секты верят в свою неуязвимость, и безоружными нападают на гражданскую гвардию и отряды испанских войск. Колониальным властям не удается полностью искоренить эту секту, приверженцы ее скрываются в лесах и неприступных горных районах.
На этом этапе развития национально-освободительного движения туземное филиппинское духовенство играет заметную роль, выступая против испанских монашеских орденов. Представляя буржуазно-интеллигентские слои филиппинского народа и вместе с буржуазией требуя реформ, филиппинские священники имели особые причины для борьбы с монахами. Их толкает на это невозможность получить хороший церковный приход и стремление испанских монахов отнять даже те немногие приходы, которые священникам-филиппинцам и метисам удалось отстоять.
Отдельные генерал-губернаторы не раз пытались ограничить роль монашеских орденов, превратившихся из опоры и агентуры испанского абсолютизма в подлинных хозяев колонии. Бывали даже попытки лишить испанских монахов должностей приходских священников, кончавшиеся столь же неудачно, как и другие мероприятия, ограничивавшие влияние монашеских орденов.
В 1774 году генерал-губернатору Симону де Анда удалось добиться королевского указа, по которому все приходы, по мере освобождения в них вакансий, должны были переходить к «нерегулярному» духовенству. Для подготовки приходских священников из филиппинцев была открыта семинария в Маниле. В результате число священников-филиппинцев стало быстро возрастать, но они не могли получить приходов, а если и получали, то лишь самые бедные и незначительные. К тому же монашеским орденам очень скоро удалось добиться отмены королевского указа. В середине XIX Века из 792 приходов лишь в 181 приходскими священниками были не монахи, а метисы и филиппинцы.
Разумеется, филиппинские священники были далеки от каких-нибудь революционных требований. Они добивались только уравнения в правах с испанскими монахами и получения приходов. Но непосредственная связь священников-туземцев с народными массами, веками воспитанными в суеверии и религиозном дурмане, придавала их борьбе за свои кастовые выгоды гораздо более широкий характер. Противоречия интересов между всесильными монахами-колонизаторами и обойденными священниками-филиппинцами толкали последних на самую резкую критику деятельности монашеских орденов. Эта борьба за приходы для филиппинских священников против испанских монахов объективно превращалась в движение против иностранной эксплуатации вообще. В лице восьмидесятипятилетнего старика Гомеса и образованных молодых патеров Бургоса и Замора филиппинское духовенство получило лидеров, сумевших сделать эту борьбу очень популярной среди широких масс.
Таким образом, нарастание антииспанского движения на Филиппинах идет в XIX веке двумя путями. С одной стороны, лишенное руководства крестьянство стихийно, но революционно, часто с оружием в руках, борется против непосильных налогов, принудительного труда и захвата земли монахами. С другой — среди буржуазии и либеральной буржуазно-помещичьей интеллигенции выдвигаются требования либеральных реформ, расширения права участия в судьбах страны. Эти требования пока не идут дальше критики монашеских орденов или верноподданнических апелляций к испанскому правительству.
Оформлению либеральных идей среди представителей филиппинской буржуазии способствуют революционные события в Испании. Временное торжество радикальных элементов в Испании, провозглашение после бегства королевы Изабеллы конституционной монархии, а затем республики, отразилось на Филиппинах назначением в 1869 году либерального генерал-губернатора Карлоса-Мария де ла Торре. Монахам, лишившимся поддержки в метрополии, пришлось временно отступить на второй план.
Торре пытался упростить прежний феодально-пышный ритуал генерал-губернаторского двора. Впервые население Манилы видит генерал-губернатора не в карете, запряженной шестеркой лошадей и окруженной отрядом средневековой стражи с алебардами на плечах, а прогуливающимся пешком в скромном штатском платье.
Торре заявлял, что основным принципом его управления будет ассимиляция филиппинского населения, уравнение его с испанцами, и действительно ограничил жесточайшую цензуру испанского абсолютизма и церкви. Представители национальной буржуазной интеллигенции и духовенства впервые получили относительную свободу слова. И национальная буржуазия ответила губернатору полной поддержкой и преклонением.