В ответ на третий вопрос: «Каково должно быть будущее страны?» он выражал твердую уверенность в счастливой судьбе родины, если весь народ объединится для достижения общих целей, не останавливаясь, если нужно, перед вооруженной борьбой.
После нескольких второстепенных испытаний вновь вступающий подписывал клятву верности братству сынов народа своей кровью и становился катипуном.
Три кратких вопроса, на которые должен был дать ответ каждый принимаемый в члены «Катипунана», заставляли неграмотного рыбака, темного крестьянина и городского плебея — хотя и в мистическо-заговорщической форме — осмыслить исторические судьбы своей родины и неизбежность борьбы за счастье своего народа.
Ризаль, так много сделавший, чтобы облегчить филиппинцам знакомство с их прошлым, пробудить в них национальное сознание и веру в свои силы, мог бы гордиться этими результатами. Но они страшили его, потому что не соответствовали тому реформистскому пути национально-освободительного движения, который намечал он всю свою жизнь.
«Катипунан» воспитывал своих членов в ориентации на революционное восстание.
Заманчивый лозунг «Калайан» — «Свобода», с большой буквой «К», написанный на шляпах «сыновей народа», все более отчетливо претворялся в их сознании в необходимость самоотверженной и кровавой борьбой добиться освобождения страны от иноземного ига.
Организация и задачи «Катипунана» первоначально немногим отличались от целей «Лиги». Но Бонифацио считал, что добиться этих целей можно, лишь опираясь на широкие народные массы.
Во главе «Катипунана» стоял Верховный совет (Катаастаасанг Сангуниан) из пяти человек. Когда создался «Катипунан», членами Верховного совета были Андрее Бонифацио, родственник Марсело дель Пилара — Деодато Арельяно, Ладислао Дива, Теодоро Плата, Валентин Дива.
Так же, как и в «Лиге Филиппина», Верховному совету были подчинены провинциальные советы, объединявшие в свою очередь районные советы «Катипунана». При Верховном совете имелась Тайная палата, разбиравшая споры между членами, судившая и каравшая членов, нарушивших правила или изменивших братству.
Доктрины «Катипунана» изложил Эмилио Хасинто, революционный интеллигент, пламенный сторонник Бонифацио и его ближайший друг.