Революционные элементы «Лиги», группирующиеся вокруг Бонифацио, все более разочаровываются в «Лиге». Умеренные боятся, что одно участие в «Лиге», несмотря на ее скромные цели, приведет к их аресту и ссылке. Противоречия нарастают, и в 1893 году Верховный совет объявляет «Лигу Филиппина» распущенной.
Ликвидация «Лиги» позволяет Андресу Бонифацио направить всю свою кипучую энергию на организацию широких масс трудящихся в «Катипунан».
В 1894 году «Катипунан» превращается в подлинную массовую народную организацию, секции которой возникают сперва в Тагальском районе Люсана, а оттуда распространяются и на другие провинции, охватывая тысячи рабочих, ремесленников, крестьян, городской бедноты.
Само существование «Катипунана», его собрания и цели были окружены глубокой тайной. Принятие в члены организации сопровождалось заимствованными от масонства обрядами.
Члены «Катипунана» разделялись на три степени. Каждой степени был присвоен особый костюм, священный пароль, тайные знаки, по которым посвященные узнавали друг друга.
Посвященный первой степени назывался Катипун — член союза. Во время тайных собраний он носил черную шляпу с треугольником из белых лент и начальными буквами священного пароля своей степени «А. н. Б.» — Аньк нанг Байан — сын народа.
Отличительным признаком посвященного второй степени, который звался Ковал — солдат, была зеленая шляпа с белыми буквами, подвязанная под подбородком зеленой лентой, к которой была прикреплена медаль с буквой «К» — Калайан — Свобода. Священным паролем этой степени было слово «Гомбурза», составленное из начальных слогов имен трех казненных патриотов — Гомеса, Бургоса и Замора.
Посвященные третьей степени назывались Патриотами. На собраниях они были в красных шляпах, с красными лентами, отороченными зеленым. Их священным паролем было имя Ризаль.
Прием в члены «Катипунана» происходил в торжественной и мистической обстановке. Новообращенного вводили в комнату с черными занавесями на окнах, слабо освещенную таинственным светом, при мерцании которого можно было лишь прочесть написанные на стене крупными буквами слова: «Если ты обладаешь силой и достоинством — войди. Если тебя привело сюда лишь любопытство — удались. Если ты не можешь управлять своими страстями — удались: никогда перед тобой, не откроются двери Высокого и уважаемого Союза сыновей народа».
Вступающий в члены читал вслух первый ритуальный вопрос: «В каком состоянии испанцы нашли филиппинский народ в момент завоевания? И отвечал на него: «Филиппинцы до прихода испанцев имели свою собственную цивилизацию, развитую торговлю с другими странами, были счастливы и довольны». Читал второй вопрос: «В каком положении страна находится сейчас?» И в ответ давал возможно полное описание угнетений и эксплуатации филиппинского народа иностранными колонизаторами.