Менделеева в то время не было в Петербурге: он находился в длительной заграничной командировке. Возникла новая комиссия по делам самолёта Можайского. Члены этой второй комиссии были немцы, из числа тех, которые находились на службе царского двора.

Опасаясь укрепления военной мощи России, агенты многочисленных иностранных разведок, приютившиеся в Петербурге, не без содействия продажных царских чиновников сделали всё, чтобы помешать русскому изобретателю в постройке его военного самолёта. Генералы Паукер, Герн, полковник Вальберг приняли все меры, чтобы предложенный проект Можайского скомпрометировать. На заседании, происходившем 12 апреля 1878 года, эта комиссия предложила Можайскому представить подробные данные и вычисления возможности для аппарата «парить в воздухе» с помощью винтов.

Изобретатель составил дополнительную докладную записку по винтам, в которой подробно и обстоятельно анализировал условия работы винта в воздухе. Русский учёный академик П. Л. Чебышев консультировал А. Ф. Можайского по механике, помогал ему проанализировать наблюдения, сделанные над мельничными крыльями.

Можайский справедливо указывал, что «наилучшую форму и размеры винта можно получить только практически, что подтверждается и на винтах, работающих в воде… Предложенные мною винты без сомнения произведут ожидаемую от них работу потому, что размеры их определены по отношению к силе машин вычислениями и теориями, подтверждёнными опытами».[10]

Все эти выводы, анализ опытов свидетельствуют о ярком таланте русского изобретателя.

Председатель второй комиссии, генерал Паукер, и все его приближённые убедились, что русский изобретатель стоит на правильном пути и осуществление его проекта обогатит русскую армию новым оружием, которого ещё не знает мир. Агенты иностранных государств немедленно информировали свои правительства об этом открытии. Получив соответствующие указания от своих хозяев, Паукер наконец созвал снова комиссию и продиктовал решение — волю иностранных агентов. «Комиссия не находит ручательства в том, чтобы опыты над снарядом г. Можайского, даже и после различных возможных в нём изменений, могли привести к полезным практическим результатам, если не будет устроен им снаряд на совершенно иных основаниях с подвижными крыльями (?!), могущими изменять не только своё положение относительно гондолы, но и свою форму во время полёта (?!)».[11]

Комиссия нарочито тянула Можайского назад, к европейским неудачникам, с тем чтобы в России не был создан самолёт.

Можайский энергично протестовал против несправедливого решения новоявленной комиссии, противоречившего заключению первой комиссии, писал рапорты, в которых отмечал, что «комиссия генерала Паукера с самого начала сделала всё, чтобы убить во мне уверенность в возможности осуществления моего проекта».[12]

Изобретатель обращался к официальным лицам царского правительства. «Я трудился не для своего личного интереса, — пишет он, — а для пользы государства и действовал при этом не по личному усмотрению, а по указанию комиссии, назначенной правительством».[13]

Все просьбы Можайского остались без ответа. Однако это не сломило изобретателя, не подорвало его веры в правоту своего дела. Он продолжал разрабатывать рабочие чертежи для постройки военного самолёта в натуральную величину.