Однажды отец вернулся с завода домой измученный, в мокрой одежде.
Весь день провел он за ремонтом парового котла. Сам вполз в него, долго возился, а потом вышел на сквозной ветер. Отец простудился. Около года пролежал он в постели. Простуда перешла в чахотку. В начале 1895 года Иван Николаевич Котовский умер, оставив детей без всяких средств к существованию; за всю свою трудовую жизнь он не мог из своего жалованья отложить ни копейки.
Григорий тяжело переживал смерть отца. В доме стало тоскливо. Мальчик старался как можно меньше бывать дома. Он дружил со взрослыми, помогал в кузнице молотобойцам.
«Все свое детство я проводил в заводских казармах рабочих, и их тяжелая, кошмарная жизнь наложила на мою душу свою печать». — Так вспоминал Котовский о своем детстве.
Старшая сестра Софья вышла замуж за управляющего винокуренным заводом Горского. Все в доме изменилось. Появились новые, дорогие вещи, ковры и посуда. Горский требовал к себе особого почтения. Он тянулся к богатству и знати. Управляющий сразу же не взлюбил своего шурина — подростка, который отличался «плохим поведением» в училище и всяческими проделками.
Однажды, во время семейной ссоры, Горский замахнулся на жену. Гриша схватил его за руку. Тот весь затрясся от возмущения. Гриша выбежал из комнаты, Горский погнался за ним, но не догнал. С этого дня он еще больше возненавидел мальчика.
Раньше в семье считали, что Гриша обязательно получит военное образование. Горский же рассудил иначе, — какой мол военный выйдет из заики — и, решив избавиться от своего неспокойного родственника, отдал его в низшую сельскохозяйственную школу. Сам князь Манук-Бей по просьбе Горского взялся похлопотать перед земством, чтобы сына умершего механика Котовского приняли на казенный кошт.
Осенью 1896 года Котовский покинул родной дом и выехал на подводе в село Кокорозены, Чеколтенской волости, Оргеевского уезда, где помещалась сельскохозяйственная школа.