Первые года своего существования училище существовало более на бумаге, чем в действительности, тем более, что назначенный директором училища полковник Григорий Федорович Генс, в то же время был председателем пограничной комиссии и начальником инженеров обширного Оренбургского Инженерного округа. Исполнение двух последних обязанностей отнимало у полковника Генса почти все время, так что не оставалось возможным обращать на Неплюевское военное училище столько внимания, сколько было необходимо для этого молодого училища. Около 1830 года Генс и взошел с представлением к, военному губернатору графу Эссену о увольнении его от должности директора корпуса. Генерал Эссен принял просьбу Генса и, так как у него не было кандидатов для замещения должности директора корпуса, то и обратился в Петербург с предложением прислать оттуда директора. Но в это время приехал в Оренбург вышедший в отставку полковник Евдокимов, бывший командир морской учебной роты, и подал прошение, чтобы граф. Эссен принял его на какую нибудь должность. Эссен, как мы видели, нуждался в директоре Неплюевского училища, видимо обрадовался предложению Евдокимова и послал в Петербург дополнительный рапорт, в котором и выставил кандидатуру Евдокимова. Но пока происходила означенная переписка, состоялось назначение графа Эссена Петербургским военным губернатором, а на место Эссена, после отказавшегося Головина, был назначен граф Сухтелен, который 10 июля 1880 года, т. е. через несколько месяцев после приезда обратился к Г. Ф Генсу с предложением не отказываться от должности директора училища, тем более потому, что Генс в это время перестал быть начальником инженеров и, следовательно, имел более свободного времени. Генс принял предложение Сухтелена и в своем ответном рапорте счел необходимым указать новому начальнику на необходимость реорганизации училища. Но мнению Генса программа училища была слишком велика, такое обилие предметов в курсе ничего кроме вреда не приносит, ибо «Азиатцу и офицеру башкирскому и даже казачьему едва ли нужно знание немецкого и французского языков и высшей математики, а воспитаннику, приготавливающемуся быть офицером в регулярных войсках армии не нужны языки восточные». При этом Генс счел нужным познакомить Сухтелена, приложив в копии, свой рапорт о реорганизации училища графу Эссену. Г. Ф. Генс докладывал Эссену потому, что надеялся, что Эссен приехав в Петербург, возбудит в высших сферах соответствующее ходатайство — надежда тщетная. Граф Эссен, небывший положим тогда еще графом, уехав из Оренбурга, конечно, забыл про существование не только Неплюевского училища, но и самого Оренбурга, и Генсу пришлось вторично обращаться с той же самою просьбою к новому начальнику края — графу Сухтелену.[54]

Почта в то же самое время, когда Г. Ф. Генс вторично возбуждал вопрос о реорганизации Неплюевского училища, произошло изменение в управление военно-учебных заведений и был образован совет о военно-учебных заведениях, но так как в указании, какие училища подведомственны этому совету, не было упомянуто про Неплюевское училище, то Генс, воспользовавшись означенным пропуском, предложил Сухтелену за одно возбудить ходатайство о подчинении Неплюевского училища Азиатскому департаменту министерства финансов, тем более, что училище было отчасти предназначено для воспитания азиатцев.

Сухтелен, хотя и не дал дальнейшего хода последнему предложению Генса, но воспользовался его указанием на необходимость реорганизации и предложил комитету училища заняться вопросом о реформе.

На основании донесений училищного комитета Сухтелен 29 декабря 1831 года отправил рапорт в совет о военно-учебных заведениях; в этом рапорте с одной стороны были указаны недостатки программы, а с другой стороны и путь, которым эти недостатки устранялись.

Недостатки программы училища, по мнению Сухтелена, были следующие:

1) Одинаков курс наук как для русских, так и для азиатов, поступающих в училище. Между тем, если «и желательно дать общие основные понятия, могущие служить сближением азиатцев с нами, то вовсе не следует и даже вредно[55] усовершенствовать их в утонченных познаниях европейской учености».

2) Слишком много внимания уделено языкам; в программу введено обучение 6-ти языкам и изучение языков «даже отнимает у азиатцев и самое желание обучаться в сем отделении».

3) Нет в курсе обучения «гимнастики, фронтовой службы и верховой езды».

Эти недостатки, по мнению графа Сухтелена имеют большое значение и лучшим устранением их будет разделение училища на два отделения: «восточное» и «европейских наук», причем в первом должны обучаться дети киргиз и других азиатцев и иноверцев, которые желают изучиться восточным языкам либо по особенной склонности, или для того, чтобы со временем служить по управлению пограничной части; в другом отделении должны те из детей внутренних жителей, которые посвящают себя военной или гражданской службе.

Преподавание русского языка, всеобщей истории, географии и арифметики, и гимнастических упражнений принадлежит тому и другому отделениям, преподавание математики, артиллерии, фортификации, черчения планов, основные понятия о натуральной истории и иностранные языки принадлежат только отделению европейских наук.