Ратуя с одной стороны за уменьшение изучения языков и разделение их по отделениям, комитет училища в то же время проектировал введение в программу латинского языка. Этот язык был необходим для того, чтобы учащиеся во первых лучше усвоили себе восточные языки, так как, по мнению комитета, латинский язык был необходим при изучении восточных языков, а во вторых и потому, что часть воспитанников из азиатцев предполагалось поместить впоследствии в казанский университет на медицинский факультет.
Сообразно такому основному положению выработана была программа предметов как для восточного отделения, так и для отделения Европейских наук, причем каждое отделение делилось на три класса, — нижний, средний и высший и общий расход на училище возрастал до 38105 р. 60 коп. вместо прежних 24.273. р. 60 к.
Вслед за рапортом об изменении программы преподавания граф Сухтелен указал на необходимость дарования окончившим в Неплюевском училище некоторых прав. Права же, по мнению Сухтелена, должны были заключаться в следующем:
1) детей дворян и чиновников гражданского ведомства, кончивших с успехом курс наук и получивших полные аттестаты, производить в офицеры по выслуге половины того числа лет сколько назначено общими узаконениями и продолжающих службу с усердием и беспорочно по выслуге узаконенных лет в чине титулярного советника производить в высшие чины по удостоверению начальства.
2) детей действительных офицеров иррегулярных войск по окончании курса определять в сие войско урядниками и производить их в офицеры по выслуге половины времени для сего определенного, т. е. через один и не более двух лет.
3) детей зауряд чиновников, простых казаков, башкир, мещеряков по окончании учения определять на службу урядниками и избавлять от телесного наказания.
4) детей вообще всех киргиз, кончивших курс учения, избавлять от телесного наказания.
5) детей податного состояния лиц по окончании полного курса, особенно отличившихся в восточной словесности, определять, если пожелают, на службу толмачами, переводчиками и канцелярскими служителями с исключением из податного оклада. Впрочем само собою разумеется, что при поступлении в училище, сии люди должны представить увольнение от своих обществ. По выслуге 8 лет усердно и беспорочно, производить их в классные чины.
6) Вообще дети, содержимые доходами училища, по окончании курса, должны прослужить в ведомстве оренбургского начальства шесть лет.
Так как граф Сухтелен в это время был в Петербурге, то кроме этих донесений, он не замедлил как и лично ходатайствовать в Совете о военно учебных заведениях, так и обращаться к другим более влиятельным лицам, прося их ускорить дело о пересмотре устава Неплюевского училища. Своим муссированием вопроса он достиг того, что главный начальник всех военных училищ обратился к нему за содействием, прося ответить на ряд вопросов, так или иначе касающихся Неплюевского училища.