Свою общественную деятельность С. Н. начал как ученый и университетский преподаватель. Всякая школа, а в особенности высшая школа, должна представлять собой одну из самых идеальных форм общества, какая только мыслима в современных условиях. Общение учителя с учениками и учеников между собой основываются на определенно поставленной объективной и безусловно достойной цели, именно на сообщении учащимся новых знаний и раскрытии перед ними неизвестных им до сих пор истин, а в университетском преподавании к тому же присоединяется и совместное с руководителем исследование новых проблем. Здесь заранее устраняются всякие себялюбивые эгоистические цели, здесь создается общество, в котором все бескорыстно стремятся к общему благу, к раскрытию истины. В занятиях, которые производились под руководством С. Н., все его участники всегда живо ощущали это истинное назначение школы.
Но университет может осуществлять свою истинную задачу только тогда, когда он совершенно свободен, когда всей жизнью университета руководит свободно избранная профессорская корпорация с свободно избранным ректором во главе, когда допускается полная свобода преподавания, не стесняемая требованиями извне выработанных программ, и когда допускается свободное общение студентов с преподавателями и между собой, словом, когда университет автономен.
Но в русском университете не существовало ни одного из указанных необходимых условий для правильной университетской жизни; и потому С. Н. не может ограничиться своей блестящей, увлекающей студентов преподавательской деятельностью и становится одним из самых горячих защитников университетской автономии. Но пока автономия не достигнута, необходимо внести в университетскую жизнь те коррективы, которые могли быть допущены существующим уставом, и вот С. Н. основывает исторический кружок, из которого впоследствии развивается историческо-филологическое общество, которое в значительной мере осуществляет принцип свободного университета.
Одним из существеннейших условий необходимых для борьбы как за автономию университета, так и за другие реформы, потребность в которых болезненно ощущалась всем русским обществом, была свобода печати. С. Н. выступает с рядом статей в защиту автономии университета и свободы печати, в которые, по выражению проф. А. А. Кизеветтера, влагает весь блеск своего публицистического таланта.
Университетская и публицистическая деятельность С. Н. естественно выводила его на широкую общественную арену.
Хотя С. Н. не был даже земским гласным, его привлекают к земским совещаниям и земским съездам, и он становится одним из самых деятельных участников освободительного движения. Но в своей общественной деятельности он был совершенно чужд какой-либо партийной догматики. Революционеры как справа так и слева глубоко были противны его духу и убеждениям. Им руководило только стремление к установлению правды и справедливости, и он думал, что это может быть достигнуто взаимным пониманием и доверием, как со стороны исторически сложившейся власти так и со стороны общества. «Он всей душой верил в возможность мирного исхода и сила его была в том, что его горячее искреннее слово и в других умело зажигать ту же веру. Верили в то, что он найдет и скажет такие слова, которые убедят, перед которыми смирится и всемогущая власть и бушующая народная стихия». (П. И. Новгородцев, «Памяти кн. С. Н. Трубецкого». Вопросы Философии и Истории кн. 1, 1906 г.).
В нашей истории был один момент, когда казалось, что чаянья С. Н. осуществились в действительной жизни. Это был тот момент, когда 6-го июня 1905 г. С. Н. от имени депутации земств и городов произносил свою речь перед Государем, и депутация выслушивала ответную речь царя. Но ни правительство, ни общество не могло удержаться на этой высоте и дальнейшие события повели не к примирению, а к ожесточенной борьбе.
В одной только области горячая и напряженная общественная деятельность С. Н. достигла видимого успеха. «В августе 1905 г. состоялся указ о введении некоторых элементов университетской автономии, а именно: были восстановлены выборы ректора и профессоров и расширена компетенция университетских советов. Совет Московского университета почти единогласно избрал ректором кн. С. Н. Трубецкого, который являлся самым естественным кандидатом на этот пост», (проф. А. А. Кизеветтер. «Московский университет» в Юбилейном Сборнике Московского университета, 1755–1930).
Мне пришлось быть в Меньшове, где тогда жил кн. С. Н. накануне его отъезда в Москву, на заседание Совета университета, где должны были состояться выборы ректора. Вечером во время разговора жена С. Н. высказала опасение, что его могут избрать ректором. На это С. Н. сказал: «Почти весь Медицинский факультет состоит из моих друзей, они знают, что мне этого нельзя и не допустят моего избрания». (В это время С. Н. был уже серьезно болен). Но слова эти не оправдались. Другого выхода в данный исторический момент не было и С. Н. должен был уступить тому общему подъему и одушевлению среди профессуры, которая требовала его избрания. Он принял это избрание, хотя оно и явилось для него смертным приговором, и к нему вполне приложимы слова Евангелия: «Нет больше той любви, аще кто душу свою положит за други своя».
С. Н. пробыл ректором только 28 дней, которые были, может быть, самыми мучительными в его жизни. 29 сентября на заседании у министра народного просвещения ему сделалось дурно, его перевезли в клинику, где он через несколько часов скончался.