Осенью 1839 года, при известии о внезапной смерти младшего брата, Михаил Иванович уехал к матери в Новоспасское. Там ждало его новое испытание: он узнал о неверности жены. Приняв решение добиться развода, он приехал в Петербург и поселился отдельно от жены, письмом известив ее о своем намерении.
Хотя решение, принятое Глинкой, было не только естественным, но и единственно возможным для обоих, Мария Петровна, услышав о нем, пришла в совершенную ярость. По понятиям светского круга, в котором она жила, Глинка, покидая жену, ставил ее в «ложное» положение. И Мария Петровна и близкие ее друзья не только везде, где могли, порицали Глинку, обвиняя его за то, что он «разрушил семью», поселившись отдельно, но всеми силами хлопотали о «примирении» супругов, разумеется, фиктивном. Все это делало жизнь Михаила Ивановича в Петербурге совершенно невыносимой: клевету, уговоры, угрозы – все пустили в ход.
Работа над «Русланом» была временно отложена: Ширкоз, неожиданно выйдя в отставку, уехал в свое имение под Харьков. Правда, Глинка поддерживал с ним переписку и понемногу обдумывал план «Руслана». Но этим дело и ограничивалось. Впрочем слух Глинки, как и всегда, повсюду ловил музыкальные впечатления, могущие потом пригодиться в работе над оперой: так однажды, присутствуя во дворце на обручении великой княгини, Глинка уловил сочетание звуков оркестра, придворного хора, стука посуды, звона вилок, ножей и бокалов, доносившихся из залы, и это звучание ввел потом в сцену свадебного пира «Руслана».
Вскоре Глинка захворал и подал заявление об отставке. В декабре уволился из Капеллы. Этот шаг был подсказан Глинке стремлением окончательно разорвать все те нити, которые еще связывали его с двором и с придворным обществом.
Едва оправившись от болезни. Глинка узнал, что Екатерина Ермолаевна серьезно занемогла: доктора опасались чахотки. Но когда Глинка смог приехать в Смольный, острый приступ болезни Керн уже миновал. Выздоровление больной Глинка приветствовал новым вальсом, написанным для оркестра.
Отношения с Екатериной Ермолаевной Керн становились день ото дня сложнее. Брак между ею и Глинкой, пока Михаил Иванович не добьется развода с женой, был невозможен, а добиться развода было очень трудно.
К весне здоровье Керн снова ухудшилось. Доктора окончательно определили чахотку и настойчиво посылали больную на юг. Анна Петровна решилась увезти дочь к родным на Украину, в Лубны. Разлука делалась неизбежной.
Глинка в то время мечтал павсегда уехать из Петербурга. Жить в глуши, на Украине, подле Керн – стало его заветной мечтой. Разлука его страшила. Но Евгения Андреевна в письмах из Новоспасского решительно возражала против отъезда сына на Украину. Да Глинка и сам хорошо понимал, что пока он женат, о поездке на Украину можно только мечтать.
При всех этих огорчениях Глинка много писал. Двенадцать его лирических романсов на слова Нестора Кукольника вошли в сборник, изданный в 1840 году под названием «Прощание с Петербургом».
Кукольника нельзя было назвать талантливым поэтом, но он умел верно подхватить мысль Глинки и правильно угадать его намерения. Именно это и ценил композитор.