Утвердилось мнѣніе, что на этомъ мѣстѣ нѣкогда находилось Татарское подворье, о которомъ Герберштейнъ разсказываетъ слѣдующее:
«Въ Московскомъ Кремлѣ былъ домъ, въ которомъ жили Татары для того, чтобы знать все, происходившее въ Москвѣ«. Супруга Ивана III, Софья-грекиня, не могла стерпѣть такого позорнаго надзора за вел. княземъ и потому отправила къ Татарской царицѣ посольство съ богатыми дарами и почтительнымъ челобитьемъ просила уступить ей этотъ домъ для того, чтобы на этомъ мѣстѣ построить Божій храмъ по Божественному указанію, какое ей было внушено особымъ видѣніемъ, предлагая вмѣстѣ съ тѣмъ, что взамѣнъ этого Татарскаго подворья она отведетъ Татарамъ другое помѣщеніе. «Домъ былъ разрушенъ и на его мѣстѣ построенъ храмъ».
Предстоитъ вопросъ, какой же храмъ былъ построенъ на томъ мѣстѣ. Карамзинъ утвердительно отмѣчаетъ, что это храмъ Николы Гостунскаго (VI, 58. Сочиненія. М., 1820, т. VIII, 284), что на мѣстѣ подворья выстроили деревянную церковь Николая Льняного, а потомъ каменную Николы Гостунскаго. Неизвѣстно, изъ какого источника почерпнуто это свѣдѣніе. Кромѣ того, авторъ «Путеводителя къ святынѣ и свящ. достопамятностямъ Москвы» (1876 г., 89), А. Іосифъ, разсказываетъ, что «Софья видѣла сонъ, въ которомъ получила повелѣніе отъ святителя Николая соорудить во имя его храмъ на томъ мѣстѣ, гдѣ находилось Ордынское подворье». Намъ кажется, что самое наименованіе старой деревянной церкви Никола Льняной должно противорѣчить этому свидѣтельству, указывая на болѣе древнее существованіе этого храма, чѣмъ его постройка на Татарскомъ подворьѣ, которую Карамзинъ относитъ къ 1477 году. Притомъ лѣтописцы едва ли пропустили бы такое событіе, не обозначивши его свидѣтельствомъ именно о постройкѣ такого храма. Къ тому же такое благочестивое дѣяніе вел. княгини было бы неотмѣнно занесено и въ Степенную Книгу, въ которой однако нѣтъ никакой записи по поводу этой исторіи.
Припомнимъ, что св. Алексѣй митрополитъ также по откровенію Божьему основалъ Чудовъ монастырь на мѣстѣ, гдѣ былъ Царевъ дворъ Посольскій, отданный царемъ митрополиту для постройки церкви и монастыря. Припомнимъ, что у заднихъ воротъ монастыря въ 1504 г. по слову вел. князя Ивана Вас. была построена церковь Козмы и Дамьяна вмѣсто разобранной старой, которая не заняла ли то мѣсто, гдѣ стоялъ отданный вел. княгинѣ Софьѣ Татарскій домъ, какъ остававшаяся часть царева Посольскаго двора, именно конюшенная его часть, отдѣленная для Татарскаго подворья при самомъ основаніи монастыря. Это тѣмъ болѣе вѣроятно, что здѣсь за межою монастыря существовали и монастырскія конюшни, обширный конюшенный дворъ, поступившій во владѣніе монастыря, какъ вѣроятно, послѣ выхода Татаръ совсѣмъ изъ Кремля. Постройка новой Козмодемьяновской церкви послѣдовала на другой же годъ по кончинѣ вел. княгини Софьи, по слову вел. князя, какъ отмѣчаетъ лѣтописецъ. Быть можетъ, вел. князь пожелалъ въ новомь видѣ, болѣе прочномъ и достойномъ, сохранить зтотъ памятникъ добрыхъ заботъ вел. княгини о полнѣйшей независимости отъ Татарскаго владычества, отъ Татарской тѣсноты даже и въ своемъ городѣ. Все это по нашему мнѣнію вѣроятнѣе, чѣмъ сказанiе о Николѣ Льняномъ.
Соборъ Николы Гостунскаго въ ХVІІ ст. пользовался такимъ же богомольнымъ почетомъ, какъ и другіе Кремлевскіе соборы, и потому въ праздники Николы, 9 мая и 6 декабря, патріархи самолично отправляли въ немъ церковныя службы и наканунѣ, и въ день праздника, при чемъ протопопу съ братіею они давали на молебенъ полтину. Такъ по всему вѣроятію бывало и въ XVI ст. при митрополитахъ. Само собою разумѣется, что выходы патріарховъ всегда сопровождались раздачею милостыни нищимъ и заключеннымъ въ тюрьмахъ, близко стоявшихъ судебныхъ Приказовъ.
При соборѣ существовали, кромѣ приходящихъ, и записные нищіе, именно только вдовы, 12 человѣкъ, иногда 18, иногда 10, которымъ патріархъ жаловалъ обыкновенно по двѣ деньги каждой, иногда по гривнѣ.
Точно также и цари Михаилъ и Алексѣй приходили въ соборъ на тѣ же праздники слушать литургію, а иногда и наканунѣ слушать вечерню и всенощную и молебенъ.
Въ соборѣ находились два предѣла: одинъ во имя Введенія Пр. Б-цы, стоявшій съ сѣверной стороны отдѣльнымъ храмомъ съ главою, и другой во имя Зачатія св. Анны, пристроенный съ южной стороны. Первый построенъ въ 1560 г. по повелѣнію Ивана Грознаго какъ домовый храмъ въ новомъ дворѣ его брата Юрья Васильевича, новыя хоромы котораго примыкали къ Гостунскому собору съ этой стороны.
Небольшой храмъ былъ освященъ того же года 21 ноября, а заложенъ былъ въ началѣ августа, слѣдовательно строился всего три мѣсяца. Царь на новосельи у брата ѣлъ и пировалъ съ митрополитомъ Макаріемъ.
Само собою разумѣется, что въ извѣстные пожары 1547, 1571 и 1626 годовъ Гостунскій соборъ подвергался опустошеніямъ и обновлялся въ свое время, какъ и въ пожаръ 1737 г. онъ также обгорѣлъ и былъ въ тотъ же годъ обновленъ.