Въ 1754 г. вмѣсто обветшавшей трапезы была придѣлана къ храму новая.
И этотъ малый соборъ былъ тоже вотчинникъ, за нимъ въ 1681 г. числилось 7 крестьянскихъ дворовъ. Это была деревенька Ожегова въ Звенигородскомъ уѣздѣ, отданная в ъ соборъ въ 1549 г. на поминовеніе души вел. князя Георгія Ивановича Дмитровскаго, дворъ котораго находился противъ собора.
Соборъ состоялъ на царской ругѣ, получая деньгами и сукнами слишкомъ 142 р. въ годъ, кромѣ Введенскаго предѣла, получавшаго особо слишкомъ 24 р. въ годъ, сверхъ ржи и овса.
Въ Гостунскомъ соборѣ совершалась присяга Петру III и Екатеринѣ II при ихъ вступленіи на престолъ.
Позднѣйшая исторія Николо-Гостунскаго собора очень примѣтательна по тѣмъ пріемамъ обращенія съ древними памятниками, какіе, къ сожалѣнію, дѣйствуютъ и донынѣ.
Послѣ нашествія французовъ и съ ними Двадцати языкъ соборъ хотя и былъ опустошенъ, но какъ строеніе оставался въ цѣлости. Въ 1816 г. священникъ Михаилъ Александровъ, побуждаемый вѣроятно какими-либо ревнителями благолѣпія Божіихъ храмовъ, представлялъ преосвященному Августину митрополиту Московскому, что «зданіе Гостунскаго собора не соотвѣтствуетъ красотѣ занимаемаго имъ мѣста; а также собору дѣлаетъ еще болѣе безобразія странною своею фигурою предѣльная церковь (Введенія), которая имѣетъ наклоненіе на одну сторону и прочности не обѣщаетъ»; посему просилъ разрѣшенія начать преобразованіе собора перестройкою этой предѣльной церкви… Преосвященный разрѣшилъ перестройку собора 22 февр. 1816 г. Работы начались и продолжались все лѣто. Но 3 августа главнокомандующій въ Москвѣ графъ Тормасовъ сообщалъ преосвященному, что Николо-Гостунскій соборъ обстроивается вновь въ готическомъ видѣ, и просилъ увѣдомленія, какимъ порядкомъ разрѣшена сія перестройка, такъ какъ отъ учрежденій, отъ которыхъ зависить это дѣло, позволенія или согласія не требовано.
Отъ такого вопроса преосвященный растерялся и немедленно остановилъ работы, а вмѣстѣ съ тѣмъ отвѣчалъ главнокомандующему, что соборъ Гостунскій, такъ называемый по образу св. Николая, прислаиному съ рѣки Гостуни, есть церковь довольно древняя, построенная въ 1506 г., а въ 1714 г. положена въ ней часть мощей св. Николая; что жители Московскіе и иногородные имѣютъ къ сему собору великое усердіе, какъ по древности его, такъ и по Великому Угоднику Божію и нѣкоторые изъ усердствующихъ возжелали обстроить сей соборъ и дать ему лучшій видъ; что перестройка собора разрѣшена имъ, преосвященнымъ, ибо строеніе всѣхъ церквей зависитъ отъ разрѣшенія архіерейскаго, а при этомъ и Комиссія о строеніи Москвы не заявила, съ своей стороны препятствій.
Въ то же время начальникъ Кремлевской Экспедиціи князь Юсуповъ сообщалъ преосвященному, что соборъ, какъ памятникъ древности, приличнѣе было бы оставить въ томъ видѣ, какъ былъ онъ прежде. Преосвященный далъ предписаніе священнику, чтобы онъ немедленно новую постройку передѣлалъ такъ, чтобы она похожа была на прежній предѣлъ, или совсѣмъ бы ее сломалъ.
Въ этомъ году пріѣзжалъ въ Москву и государь и дѣло о соборѣ окончилось тѣмъ, что онъ былъ совсѣмъ разобранъ.
2 октября 1816 г. преосвященный доносилъ св. Синоду, что послѣдовало Высочайшее соизволение, чтобъ Николо-Гостунскій соборъ, какъ обветшавшій и по мѣстоположенію своему, и по бѣдности архитектуры дѣлающій безобразiе Кремлю, былъ разобранъ. Вмѣстѣ съ тѣмъ преосвященный представлялъ Синоду, что чудотворный образъ съ частью мощей, иконостасъ и всю утварь изъ собора перенести въ новоустроенную церковь на Ивановской колокольнѣ подъ колоколами и освятить эту церковь во имя св. Николая, и быть ей и именоваться Николаевскимъ Гостунскимъ соборомъ, тѣмъ паче, что бывшая на Ивановской колокольнѣ Рождественская церковь (Рождество Христово) болѣе извѣстна была по образу сего же святого, въ ней находившемуся, къ которому народъ имѣлъ особенное усердіе, но который по разрушеніи колокольни (1812 г.) не отысканъ. Синодъ 10 генваря 1817 г. утвердилъ это представленіе.