Когда начали копать рвы на основаніе новой церкви, внутри прежде бывшей, разобранной, то, копающе, обрѣли въ землѣ чудесныя мощи святителя цѣлы и нетлѣнны и ризы его невреженны, яко вчера облечены. О предѣлѣ Благовѣщенія при этомъ свидѣтельствѣ нигдѣ въ писаніяхъ на упомянуто.
Итакъ, по этому свѣдѣнію погребеніе святителя совершилось, вопреки его завѣщанію, не внѣ храма, но внутри.
Между тѣмъ, въ томъ же житіи есть свидѣтельство, что архіепископъ Геннадій, бывшій прежде архимандритомъ въ Чудовѣ монастырѣ, потомъ Новгородскимъ архіепископомъ, проживая остатокъ дней снова въ Чудовомъ монастырѣ, былъ по кончинѣ погребенъ въ самомъ томъ мѣстѣ, гдѣ лежало въ землѣ священное тѣло великаго святителя и чудотворца Алексѣя, прежде обрѣтенія его, у самыя стѣны великія церкви.
А еще прежде скончавшійся въ 1393 г. февр. 15 старѣйшій бояринъ Дмитрія Донскаго Данило Ѳеофановичъ, племянникъ св. Алексѣя, былъ положенъ близъ гроба святителя, стало быть, внѣ церкви, такъ какъ при этомъ не упомянуто о погребеніи въ самомъ храмѣ.
Новая церковь во многомъ отличалась отъ развалившейся. Она была менѣе старой, но зато была высока и зѣло пространна и прекрасна, была трикровна, то-есть имѣла три верха или три главы и выспрь восходы, то-есть была построена на подклѣтномъ ярусѣ съ лѣстницами для всхода. Старая же церковь если и пространнѣе была всюду, но была единокровна, имѣла одну главу или верхъ и помостъ, имѣла токмо на самой землѣ. Три верха явно показываютъ, что въ новой церкви былъ устроенъ предѣлъ Благовѣщенія, въ которомъ и были помѣщены св. мощи. Писатель настаиваетъ, что старая церковь была обширнѣе новой съ тою мыслью, дабы утвердить свидѣтельство, что святитель былъ погребенъ внутри храма.
Для этой цѣли позднѣйшій писатель (Прологъ, изд. 1777 г.) увѣряетъ, что старый храмъ былъ деревянный, что копали рвы внутри этого деревяннаго храма «и тако обрѣтоша св. мощи».
При новомъ храмѣ была построена и трапеза, велія, каменная, и погребы каменные, но это свидѣтельство относится уже къ позднѣйшимъ сооруженіямъ, о которыхъ скажемъ въ своемъ мѣстѣ. Вѣроятнѣе, что трапеза была построена деревянная. Въ 1476 г. февраля 16 въ монастырѣ сгорѣла (несомнѣнно, деревянная) трапеза и архимандричья Геннадіева келья.
Геннадій, какъ увидимъ, много способствовалъ къ доброму устройству монастыря. О немъ лѣтописцы записали слѣдующее обстоятельство.
Въ 1483 г. случилось навечеріе св. Крещенія въ воскресенье. Геннадій въ своемъ монастырѣ разрѣшилъ святую Богоявленскую воду пить поѣвши, т.-е. и послѣ обѣда. Въ церковномъ же Уставѣ о томъ не писано. Митрополитъ послалъ изымать Геннадія, но онъ, спасаясь, убѣжалъ къ вел. князю. Митрополитъ самъ пошелъ къ вел. князю, обличилъ преступника, много глаголаше на него, такъ что вел. князь выдалъ бѣглеца.
Тогда митрополитъ повелѣлъ сковать его и подъ полатою въ ледникъ посадить. Узнавъ о такой немилости, вел. князь и съ боярами умолили владыку простить его, что и было исполнено. Прощенный Геннадій не только остался архимандритомъ, но на другой же годъ былъ возведенъ въ санъ архіепископа въ Великій Новгородъ.