Въ 1535 г. правительница Елена (Глинскихъ) устроила для мощей святителя новую серебряную раку.
Февраля 11 пятилѣтній царь Иванъ (Грозный), его мать Елена прибыли въ монастырь. Митрополитъ Даніилъ съ епископами служилъ предъ св. мощами молебенъ, съ великими слезами моля святого, дабы угодно ему было переложить его мощи изъ старой въ новую раку. Митрополитъ со властями самъ совершилъ переложеніе. Маленькій царь съ матерью и боярами тутъ стояли, съ великими слезами моля святого.
Въ другой лѣтописи (Львова, IV, 35) этотъ случай разсказанъ съ иными подробностями. Царь Василій Ивановичъ, часто приходя ко гробу св. Петра чудотворца (въ Успенскомъ соборѣ) и къ св. мощамъ чудотворца Алексѣя, «лобызая со слезами св. мощи, особо наединѣ, по вся дни и нощи съ теплою вѣрою призываетъ ихъ, да помогуть ему ходатайствомъ къ Богу и къ Пречистой Его Матери о прижитіи чадъ и обѣты свои предъ ними въ сердцѣ своемъ полагаетъ… И родися ему сынъ (Иванъ)… и радостною душею обѣты сердца исполняя, повелѣваетъ дѣлать раки святымъ ихъ мощамъ со всякимъ царскимъ устроеніемъ: св. Петру раки золотую съ его образомъ златымъ, а стороны раки серебряныя; и каменіемъ драгимъ повелѣлъ ее украсить. А св. Алексѣю раку серебряную всю и на ракѣ образъ святого и столбцы позлатить. Начали дѣлать обѣ раки въ генварѣ 1531 г. и додѣлали раку св. Алексѣя въ февралѣ 1535 г. Затѣмъ 11 числа совершено было и переложеніе св. мощей при архимандритѣ Іонѣ. Былъ тутъ со многими боярами царь Иванъ и съ братомъ Георгіемъ.
Въ третьей лѣтописи ( П. С. Л., VI, 295) помѣщена даже самая надпись, по всему вѣроятію существовавшая на ракѣ, гдѣ упомянуто, что образъ чудотворца устроенъ былъ на верхней доскѣ отъ серебра во всемъ сану, какъ государи служатъ, и украшенъ златомъ, каменіемъ дорогимъ и бисеромъ.
Въ великій пожаръ 1547 г. Чудовъ монастырь выгорѣлъ весь; были сохранены Божіимъ милосердіемъ однѣ мощи святителя Алексѣя. Старцевъ погорѣло по погребамъ и полатамъ 18, слугъ 50 чел., запасъ монастырскій весь сгорѣлъ.
Въ 1556 г. февраля 29 у царя Ивана родилась дочь, царевна Евдокія. Государь по своему обычаю крестилъ ее въ Чудовѣ монастырѣ и тогда же повелѣлъ построить надъ задними вратами монастыря обѣтную церковь во имя Іоанна Лѣствичника съ предѣломъ Евдокіи муч. Ноября 1 церковь была освящена торжественно въ присутствіп царя, царицы Анастасіи, царевича Ивана, царскаго брата Юрья Васильевича. Тутъ же были митрополитъ изъ Царяграда Кизитскій Іосафъ и старцы Святыя Горы, жившіе вѣроятно въ Чудовѣ же. Освящалъ митрополитъ Макарій со всѣми соборы.
Этоть небольшой храмъ съ именемъ Іоанна Лѣствичника существовалъ и въ ХVІІ ст. и упоминается въ 1649 г. 25 апрѣля по слѣдующему случаю: извѣстно, что у царя Алексѣя Мих. во дворцѣ проживали верховые (придворные) нищіе, старые старики, которыхъ царь содержалъ по завѣтамъ церкви и для благочестивыхъ съ ними бесѣдъ. Одинъ изъ этихъ стариковъ Исай Аникеевъ по какому-то случаю убился съ дворцоваго Верху, вѣроятно упалъ изъ своего высокаго жилища во Дворцѣ.
Государь повелѣлъ справить по немъ поминовеніе и раздать деньги на панихиды и обѣдни въ малыя и бѣдныя церкви Кремля: 1) въ церковь Іоанна Лѣствичника въ Чудовѣ монастырѣ у больницъ, гдѣ онъ Исаій погребенъ, 2) въ церковь Іоанна Новгородскаго, что на подворьѣ Спаса Новаго монастыря, 3) въ церковь Воздвиженія Честнаго Креста подлѣ Вознесенскаго монастыря, 4) мученика Христофора (построена каменная по указу 1651 г. 1 марта), что на площади у Холопья Приказа, 5) Іоанна Предтечи противъ большихъ Конюшенъ и въ богадѣльни на Кулишкахъ, на Покровкѣ и на Тверской.
Въ 1675 г. по случаю раздачи на поминовеніе по Епифаніи Славеницкомъ объ этомъ храмѣ не упоминается, но въ числѣ монастырскихъ церквей значится церковь Елевферія, устроенная несомнѣнно въ память того, что свят. Алексѣй мірскимъ вменемъ именовался Елевферіемъ. Быть можетъ, этотъ престолъ былъ освященъ вмѣсто Іоанна Лѣствичника. Въ XVIII ст. этотъ храмъ былъ освященъ во имя Платона и Романа и потомъ во имя Всѣхъ Святыхъ.
Въ 1600 г. февраля 17 съ тѣмъ же торжествомъ, какъ и въ 1535 г., св. мощи Святителя были снова переложены въ новую серебряную раку, которая была сооружена по желанію царя Ѳедора Ив. и мало еще не была додѣлана предъ кончиною государя въ 1598 г. Рака, скованная изъ серебра, была украшена златомъ и многоцѣнными бисеры и каменьемъ драгимъ; вверху ея образъ Святого изображенъ, и такъ великолѣпно была устроена, что не можно было достойно и описать ее. Она была изготовлена уже при царѣ Борисѣ Годуновѣ, когда и совершилось переложеніе св. мощей[92].