Въ 1626 г. мая 3 случился новый великій пожаръ въ Кремлѣ, начавшійся въ Китай-городѣ и отъ верха храма Василья Блаженнаго перешедшій на Вознесенскій, а потомъ и на Чудовъ монастыри. Въ Чудовѣ погорѣла Соборная (Алексѣевская) церковь или самое Чудо Михаила Архангела, какъ писатели иногда прозывали этотъ древній храмъ.
Въ 1677 г. монастырю былъ отданъ обширный дворъ боярина Б. И. Морозова. занимавшій все пространство теперешняго Малаго дворца. Съ этого времени при архимандритѣ Адріанѣ (1678–1686 г.), который потомъ въ 1690 г. былъ избранъ патріархомъ, старая церковь св. Алексѣя и прилегающія къ ней полаты, трапезы и подъ ними монастырскія службы были перестроены по чертежу царя Ѳедора Алексѣевича. Перестройка началась въ августѣ 1680 г. и была окончена въ 1686 г. на царское иждивеніе.
Въ томъ же году мая 20, на память Обрѣтенія Мощей Святителя, новый храмъ его имени былъ торжественно освященъ. Св. мощи по случаю постройки находились въ старой церкви Чуда Михаилова. Наканунѣ, 19 числа, совершена была малая вечерня; къ службѣ прибыли царь Иванъ, царь Петръ и царевна Софія. Патріархъ шелъ въ каретѣ въ переднія монастырскія ворота. Послѣ вечерни былъ молебенъ. Св. мощи были поставлены посреди церкви и потомъ подняты на головы самимъ патріархомъ и царями, одинъ по правую сторону, другой по лѣвую и позади архіерей; и понесли изъ церкви въ южныя двери, вынесли на паперть, откуда въ преднесеніи хоругвей, крестовъ и иконъ, со звономъ во-вся на Иванѣ Великомъ и въ монастырѣ, архіерей, архимандриты, игумены, протопопы понесли святыню въ новый храмъ. Патріархъ шелъ позади святыни, а за нимъ цари и царевна. Несли на главную южную лѣстницу мимо алтарей новой церкви и взошли на большой рундукъ (помостъ крыльца), принесли въ церковь, поставили на уготованное мѣсто самъ патріархъ со властьми. Послѣ молебна цари и царевна отбыли въ свой царскій домъ, а за ними и патріархъ въ свой архіерейскій домъ.
Здѣсь примѣчательно участіе въ церемоніи самой царевны Софіи въ качествѣ третьяго царя, какъ она постепенно выступала на это желанное ею поприще.
20 мая, какъ упомянуто, послѣдовало освященіе храма, къ которому прибылъ только царь Иванъ Алек. Во время службы св. мощи были торжественно обнесены вокругъ храма.
Еще въ мартѣ мѣсяцѣ того года (1686) усердный строитель новаго храма и монастыря архимандритъ Адріанъ былъ посвященъ въ Казанскіе митрополиты и въ это время служилъ въ новосооруженномъ имъ храмѣ всенощную наканунѣ освященія.
Къ этому времени другой храмъ, сооруженный рядомъ съ Алексѣевскимъ, еще не былъ оконченъ отдѣлкою. Онъ былъ освященъ патріархомъ Іоакимомъ 28 ноября. Въ то же время былъ освященъ патріархомъ и небольшой храмъ, выстроенный съ западной стороны Алексѣевской церкви во имя апостола Андрея Первозваннаго.
По всему вѣроятію, этотъ храмъ былъ сооруженъ въ память умиротворенія стрѣлецкой смуты въ 1682 году. Стрѣльцы послѣ майской трагедіи, побитія многихъ бояръ, продолжали бушевать подъ именемъ «надворной пѣхоты», во всѣхъ полкахъ стали чинить сборы ратнымъ обычаемъ, ходили вездѣ съ копьями и со всякимъ ружьемъ, съ Пушечнаго двора развезли пушки къ себѣ по полкамъ, а иныя ввезли въ Кремль; и изъ казны порохъ разобрали по себѣ, вездѣ разставили свои караулы и никого не пропускали къ Троицѣ, гдѣ пребывали цари, и отъ Троицы къ Москвѣ, отчего весь городъ былъ въ великомъ смятеніи и страхѣ. Умирить стрѣльцовъ государи поручили патріарху Іоакиму. Онъ переписывался съ царями, посылая свои письма съ Чудовскимъ же архимандритомъ Адріаномъ, который и отъ царей приносилъ ему грамоты.
Патріархъ 8 октября призвалъ всѣ полки въ Успенскій соборъ и послѣ торжественнаго умилостивительнаго богослуженія вынесъ св. евангеліе и ошую руку (мощи) св. апостола Андрея Первозваннаго. Положивъ святыни на аналой, патріархъ сотворилъ всѣмъ полкамъ поученіе о мирѣ и любви, прочитавши вмѣстѣ съ тѣмъ и царскія грамоты, призывавшія стрѣльцовъ оставить смуту и служить вѣрно и обѣщавшія всепрощеніе ихъ подвигамъ. Мятежники всѣ единодушно покорились и цѣловали евангеліе и руку св. апостола изъ патріаршей руки. Всѣ и сами стрѣльцы очень радовались такому повороту смутныхъ дѣлъ и въ особенности радовался самъ патріархъ, усердно поздравлявшій царей съ успѣшнымъ окончаніемъ дѣла и получившій за это широковѣщательную царскую похвальную грамоту. Несомнѣнно, что благодарная Господу и св. апостолу память о такомъ важномъ событіи и ознаменовалась постройкою храма во имя св. ап. Андрея.
Освященіе храма совершалъ самъ патріархъ и послѣ службы въ новой трапезѣ былъ столъ большой для всѣхъ, кушалъ за столомъ и святѣйшій съ архіереями и со властьми.