Къ западу отъ конюшеннаго двора, въ 5 саж. отъ него, противъ заднихъ воротъ монастыря стояла церковь Козмы и Дамьяна, о которой мы высказали наше предположеніе, что она могла быть построена вел. княгинею Софьею Палеологь на мѣстѣ остававшагося еще въ Москвѣ Татарскаго подворья.
Таково было расположеніе и состояніе монастырскихъ зданій до переустройства ихъ при митроп. Платонѣ и въ послѣдующее время. Здѣсь многое сохранялось еще и отъ XVI, и отъ XVII ст. (Альбомъ видовъ, No XVIII).
Монастырь, учрежденный знаменитымъ святителемъ, знаменитымъ подвижникомъ не только на церковномъ, но еще болѣе и на политическомъ поприщѣ, съ первыхъ же временъ своего основанія получилъ значеніе учрежденія общественнаго и, главнымъ образомъ, въ извѣстной степени ученаго или учительнаго, гдѣ въ самомъ началѣ собирались знающіе и испытанные старцы, избранные изъ монастырей, славившихся подвижническою жизнью, въ томъ числѣ и изъ Сергіева монастыря еще при жизни преподобнаго его основателя. Примѣчательно, что это значеніе за монастыремъ сохранялось въ теченіи всей его исторіи и было подтверждено даже Петромъ Великимъ, который указомъ 4 генв. 1723 года повелѣвалъ «въ Чудовѣ монастырѣ монаховъ имѣть, которые бы достойны были къ производству въ духовные начальники».
Монастырь Михаилово Чудо въ Хонѣхъ (хоны значитъ погруженіе) открылъ гостепріимный кровъ для приходившихъ въ Москву иноземныхъ православныхъ святителей и старцевъ, въ особенности для южныхъ Славянъ и Грековъ, которые находили въ немъ пріютъ, подолгу въ немъ проживали и, умирая, бывали погребаемы на его же кладбищѣ. Такъ, въ 1392 г. соборнѣ былъ погребенъ въ монастырѣ Матѳей Гречинъ, митрополитъ Адріанопольскій, прибывшій въ Москву съ митрополитомъ Кипріаномъ въ 1390 г., несомнѣнно, до своей кончины проживавшій въ монастырѣ.
Въ Кремлѣ не было другого мѣста столько удобнаго для почтенныхъ пришельцевъ, всегда очень дорогихъ гостей для православной и богомольной Москвы, о чемъ Вселенскіе патріархи и разнаго рода Греческія духовныя власти знали доподлинно. Такъ, весною 1518 г. марта 4 прибыли въ Москву отъ Цареградскаго патріарха митрополитъ Григорій, Грекъ, да съ нимъ старцы отъ св. горы Аѳонской бити челомъ о нищетѣ и поможеніи: изъ Ватопеда монастыря три старца, — Максимъ Грекъ, Неофитъ Грекъ, Лаврентій Болгаринъ; отъ св. Пантелеймона изъ Русскаго монастыря-проигуменъ Савва. А прежде тѣхъ старцевъ за годъ пришелъ отъ св. Сорока Мученикъ, отъ Скиропотама монастыря Исаія Сербинъ. Князь великій Василій Ивановичъ принялъ ихъ съ великою честью и повелѣлъ имъ пребывать въ монастырѣ архистратига Михаила Чуда, питая ихъ и доволя всякими потребами отъ своей царскои трапезы. Также и Варлаамъ митрополитъ великую любовь и честь къ нимъ показывалъ и, къ себѣ призывая, часто съ ними бесѣдовалъ о божественныхъ словесахъ духовныхъ.
Они были отпущены домой 11 сентября 1519 г. Стало быть, они жили въ монастырѣ болѣе полутора года. Примѣчательно, что въ это самое время съ 28 ноября 1518 г. и по іюль 1519 г. включительно совершилось у гроба св. Алексѣя много чудныхъ изцѣленій, явленныхъ 7, а неявленныхъ Богъ вѣдаетъ.
Эта лѣтописная запись можетъ указывать, что и прежде и послѣ упомянутыхъ годовъ такіе православные гости почти каждый разъ во время своего пребыванія въ Москвѣ водворялись въ монастырѣ у Михаилова Чуда. А такъ какъ пріѣзжіе гости очень нерѣдко бывали люди по православному очень ученые, а потому и очень надобные для Русскихъ церковныхъ дѣлъ, каковъ былъ, напримѣръ, Максимъ Грекъ, то по временамъ постоянное ихъ пребываніе у Михаилова Чуда давало монастырю особое учительное значеніе, которое оставалось за нимъ, какъ упомянуто, до послѣднихъ лѣтъ стараго допетровскаго порядка Русской жизни. Повидимому, такое общественное значеніе монастыря установилось со временъ самого его основателя, святителя Алексѣя, именно избраніемъ въ составъ братіи достойныхъ старцевъ. Впослѣдствіи, когда, наконецъ, возникла мысль объ учрежденіи ученой Греко-латинской школы, то нигдѣ въ другомъ мѣстѣ, а именно въ Чудовомъ же монастырѣ, и была основана такая школа еще при Филаретѣ и при патріархѣ Іосифѣ, существовавшая здѣсь до учрежденія Славяно-греко-латинской академіи. По свидѣтельству Олеарія учителемъ этой школы былъ Грекъ Арсеній. За то, что онъ охуждалъ наши церковныя книги за ихъ неправильность, онъ былъ сосланъ въ Соловки въ 1649 г., когда, по всему вѣроятію, на его мѣсто былъ вызванъ Епифаній Славинецкій, а затѣмъ при Никонѣ и Арсеній былъ возвращенъ и опредѣленъ справщикомъ печатнаго дѣла.
Объ этой самой школѣ голландецъ Кленкъ въ 1675 г. писалъ, что «Чудовъ монастырь скорѣе можно назвать дворянскимъ учебнымъ заведеніемъ, чѣмъ монастыремъ. Тамъ рѣдко увидишь кого другого, какъ только дѣтей бояръ и важныхъ вельможъ. Ихъ помѣщають туда, чтобы отдалить отъ дурнаго общества и научить благонравному поведенiю. По исполненіи 16 лѣтъ отъ роду они снова могутъ уйдти».
Быть можетъ, изстари то же учительное значеніе подавало поводъ сдѣлать монастырь пріютомъ для недостойныхъ вь томъ или другомъ отношеніи духовныхъ владыкъ, которые иногда бывали здѣсь заточаемы и здѣсь же оканчивали свои дни. Однако монастырь не былъ каменною крѣпостью, казематомъ и видимо, что его крѣпость заключалась именно въ строгомъ учительномъ житіи для всей братіи, а потому недостойные почему-либо владыки водворялись сюда для исправленія и раскаянія въ недостойныхь поступкахъ.
Такъ, въ 1391 г. въ Твери епископъ Евфиміи Висленъ очень поссорился съ Тверскимъ вел. княземъ и послѣ суда надъ нимь отставленъ съ епископства и водворенъ въ Москвѣ у Михаилова Чуда. Онъ скончался въ 1392 г. и положенъ за алтаремъ храма.