Въ Чудовомъ монастырѣ проживалъ временно и Гришка Отрепьевъ, а послѣ него туда же посадили подъ началъ и постриженнаго несчастнаго царя Василія Ивановича Шуйскаго въ 1610 г., откуда потомъ взялъ его Гетманъ Жолкѣвскій, снявши съ него иноческое платье, чтобы представить королю не плѣннаго инока, а плѣннаго Русскаго царя.
Со времени царя Ивана Грознаго въ царскомъ быту вошло въ обычай крестить новорожденныхъ дѣтей у мощей святителя Алексѣя, въ его монастырѣ. По завоеваніи Казанскаго царства въ 1553 г. былъ крещенъ въ Чудовѣ малолѣтній плѣнный Казанскій царь Утемишъ Гирей Савакирѣевъ, нареченный во св. крещеніи Александръ, котораго царь поселилъ у себя во дворцѣ и повелѣлъ учить его грамотѣ, да навыкнетъ страху Божію и закону христіанскому.
Потомъ государь крестилъ у Михаилова Чуда своихъ дѣтей: въ 1554 г. царевича Ивана, въ 1556 г. царевну Евдокію, въ 1557 г. царевича Ѳедора, въ 1559 г. племянника своего, сына князя Юрья Васильевича, кн. Василія Юрьевича.
Царь Ѳедоръ Ивановичъ здѣсь же крестилъ свою новорожденную дочь Ѳеодосію, вскорѣ умершую.
Слѣдуя царскому обычаю, и царь Михаилъ постоянно крестилъ всѣхъ своихъ дѣтей у мощей св. Алексѣя, начиная съ царевича Алексѣя Мих., который былъ крещенъ въ трапезѣ.
Царь Алексѣй Михайловичъ, слѣдуя за отцомъ, крестилъ своего первенца сына Димитрія въ 1648 г. въ Чудовѣ, но другихъ дѣтей въ Успенскомъ соборѣ и потомъ Великаго Петра и его сестру царевну Наталію снова въ Чудовѣ.
Монастырское кладбище открывало мѣста для погребенія не только жившимъ въ монастырѣ на покоѣ или въ заключеніи и подъ началомъ духовнымъ властямъ и монастырскимъ старцамъ, но и многимь лицамъ изъ боярскихъ чиновъ, въ особенности сосѣдамъ монастыря по мѣстожительству, каковы были старые боярскіе роды Морозовыхъ, князей Оболенскихъ, Трубецкихъ, а впослѣдствіи Хованскихъ, Куракиныхъ, Щербатовыхъ, Стрѣшневыхъ, погребеніе которыхъ происходило уже въ ХVІІІ ст., даже въ 1768 г., когда въ декабрѣ былъ погребенъ князь Сергѣй Мих. Хованскій, вѣроятно одинъ изъ послѣднихъ покойниковъ на кладбищѣ монастыря[93]. На его надгробномъ камнѣ была слѣдующая надпись:
Всякъ прочтетъ сію таблицу, внемли, Коль кратка есть жизнь наша на земли. Для того ставятся на гробахъ примѣты, Дабы память была въ вѣчныя лѣты…
Но такія вѣчныя лѣты прекращались обыкновенно двумя-тремя поколѣніями. Могилы дѣдовъ уже исчезали, какъ исчезли и всѣ старыя могилы въ Чудовомъ монастырѣ. Изъ лѣтописныхъ показаній мы упоминали о многихъ лицахъ, здѣсь погребенныхъ. Упомянемъ еще, что изъ свѣтскихъ лицъ здѣсь былъ погребенъ въ 1565 г. Казанскій царь Едигеръ въ крещеніи Симеонъ Касаевичъ, взятый при покореніи Казанскаго царства. Онъ положенъ у церкви Благовѣщенія на полуденной сторонѣ. Слѣдовательно церковь Благовѣщенія находилась съ южной стороны отъ церкви св. Алексѣя.
Въ XVII ст. здѣсь были погребены: въ 1630 г. бояринъ Вас. Петр. Морозовъ.