Послѣ того на третій день, 26 апрѣля, государь проводилъ и всю собранную рать, которая проходила черезъ Кремль отъ Никольскихъ воротъ въ Спасскія подъ переходы, соединявшіе Цареборисовскій дворъ съ Чудовымъ монастыремъ. На этихъ переходахъ государь и патріархъ Никонъ смотрѣли войсковое шествіе, при чемъ патріархъ бояръ и воеводъ и ратныхъ людей кропилъ св. водою[97].
Въ 1659 г. князь Алексѣй Никитичъ велъ очень успѣшно военныя дѣла на югѣ, въ Черкасскихъ городахъ, противъ Крымскаго хана и измѣнника Запорожскаго Ив. Выговскаго.
Въ то время по Крымскимъ вѣстямъ и въ Москвѣ спѣшно дѣлали Земляной городъ и по городу острогъ, особаго рода деревянную ограду.
Однако войско Запорожское и Юрій Хмельницкій въ Переяславлѣ передъ А. Н. Трубецкимъ съ товарищами добили государю челомъ и приняли присягу на подданство.
7 декабря бояринъ со славою возвратился въ Москву со всею ратью. Самъ государь выходилъ за Калужскія ворота встрѣчать образъ Спаса, что былъ на службѣ съ бояриномъ, шедшимъ туть же за образомъ съ своими полками. Шествіе послѣ того направилось въ Успенскій соборъ, гдѣ послѣ торжественнаго молебна бояринъ и всѣ начальные люди полковъ были у государя у руки.
Спустя два мѣсяца, 23 февр. 1660 г., государь чествовалъ эту счастливую рать торжественнымъ столомъ въ Золотой полатѣ, послѣ котораго главнокомандующій А. Н. Трубецкой получилъ слѣдующую награду: вопервыхъ, шубу бархатъ золотой въ 360 р.; кубокъ въ 10 фунтовъ; придачу къ прежнему окладу жалованья 300 р., да прародительскую ихъ Трубецкихъ вотчину, городъ Трубчевскъ съ уѣздомъ. Другіе воеводы также получили щедрыя награды.
Послѣ ратныхъ дѣлъ въ Москвѣ бояринъ попрежнему первенствовалъ за царскими столами и во время выѣздовъ государя бывалъ оберегателемъ Москвы и царскаго двора. Кромѣ того, попрежнему неоднократно велъ переговоры въ иноземными послами, въ 1661 г. съ Цесарскими, въ 1662 г. съ шведскими послами, при которыхъ былъ съ Шведами заключенъ вѣчный миръ. При обрядѣ заключенія этого мира Алексѣй Никитичъ стоялъ возлѣ государя по правую руку, т.-е. на первомъ мѣстѣ.
Послѣдняя его служба передъ кончиною показывала также великое къ нему довѣріе государя. Въ извѣстный Коломенскій бунтъ въ іюлѣ 1662 г. государь поручилъ ему оберегать Москву и произвести розыскъ про бунтовщиковъ.
25 и 26 авг. того же года, во время выходовъ царя въ крестные ходы къ Донской Богородицѣ и ко Владимірской въ Срѣтенскій монастырь, бояринъ также оставался въ Кремлѣ для береженья. Послѣ этихъ чиселъ Разрядныя книги упоминаютъ о немъ 17 декабря съ записью, что въ тотъ день государь указалъ сидѣть въ Сибирскомъ Приказѣ на мѣсто боярина А. Н. Трубецкаго окольничему Родіону Матв. Стрѣшневу. По другому свидѣтельству это случилось 16 дек. 1663 г. (Вивл., XX, 396). Но такое показаніе относительно года неправильно и произошло, несомнѣнно, отъ неправильнаго перевода стараго лѣтосчисленія на новое. Но могло быть, что бояринъ скончался 16 дек., а распоряженіе государя послѣдовало 17 числа.
По кончинѣ Алексѣя Никитича его дворъ перешелъ къ его внучатому племяннику князю Юрью Петровичу, внуку его брата Юрья Никитича, который въ Смутное время, въ 1611 г., отъѣхалъ въ Польшу и увезъ съ собою и своихъ дѣтей, Петра и Але-ксандра. Тамъ онъ принялъ католическую вѣру, конечно, и съ дѣтьми. Сынъ его Александръ не оставилъ потомства, но другой сынъ, Петръ, усердно служилъ Польскому королю, былъ камерге-ромъ двора и маршаломъ Стародубскимъ.