Кн. Яковъ Никитичъ по стопамъ родителя началъ свою службу въ 1650 г. ближнимъ человѣкомъ въ обычныхъ должностяхъ стольника, чашника, рынды, ясаула, а затѣмъ въ 1663 г. возведенъ въ санъ боярина и занялъ тѣ же мѣста, какія всегда занималъ и его отецѣ. Пожалованный бояриномъ, онъ тогда же, дней черезъ 10, назначенъ главнымъ воеводою въ Астрахань, гдѣ по заведенному порядку воеводствовалъ года три и потомъ въ 1671 г. опять былъ отправленъ на это воеводство тоже на три года. Кромѣ обычныхъ дѣлъ главнаго воеводы, государь поручалъ ему призывать изъ-за моря, буде въ Астрахани и на Теркѣ нѣтъ тутовыхъ и виноградныхь садовъ садовниковъ, присылать тутовое деревье, арбузныя и иныя сѣмена, шелковыхъ червей, поставлять бумагу хлопчатую при посредствѣ уговорщиковъ иноземцевъ. Все это требовалось для разведенія знаменитаго Измайловскаго государева хутора.
Въ 1675 г. марта 17 онъ былъ посланъ въ Ростовъ для государева тайнаго дѣла и для сыску и съ нимъ въ товарищахъ бояринъ Артемонъ Серг. Матвѣевъ съ думными дьяками и подьячими цѣлою канцеляріею. Велѣно разспросить жену стольника Алексѣя Богданова Мусина-Пушкина[108], Арину, и велѣно ее пытать накрѣпко.
Какое это было дѣло, неизвѣстно, но оно сопровождалось слѣдующими распоряженіями государя:
Въ одно время съ посылкою на розыскъ бояръ и канцеляріи были отправлены для заставы въ дворцовыя села по Троицкой дорогѣ въ Танинское, Братовщину, Воздвиженское головы Москов. стрѣльцовъ разныхъ Приказовъ, каждый со своимъ Приказомъ-полкомъ, и велѣно имъ допрашивать, кто съ Москвы поѣдетъ или къ Москвѣ, какого чину и для какого дѣла и писемъ всякихъ досматривать.
По сыску бояръ бѣдную Арину велѣно сослать изъ ея Ростовской деревни, изъ села Угорючи, въ ея же деревню на Вологду, а сына ея Ивана велѣно оставить въ Ростовской деревнѣ. Да къ ней же велѣно посылать съ Москвы стрѣльцовъ по 100 чел. по перемѣнамъ для караулу, а съ ними стольниковъ тожъ почередно. Провожали ее въ Вологодскую деревню 50 чел. стрѣльцовъ.
Того же году послѣ этого распоряженія кн. Яковъ Никитичъ по указу государя ѣздилъ въ свою вотчину Звенигородскую въ село Вырюпино для сыску; и по сыску боярина и по докладу государю указано ѣхать стольнику Андрею Елизарову въ Вырюпино и казнить двухъ человѣкъ портныхъ мастеровъ, — одному голову отсѣкли, другому языкъ вырѣзали и сосланъ въ Сибирь на вѣчное житье совсѣмъ съ женою и съ дѣтьми и со всѣми животы въ службу.
Къ тому же Ростовскому и Ярославскому дѣлу былъ привлеченъ и сокольникъ Изотъ Полозовъ, а также и сестры Арины, жена стряпчаго Алексѣя Луговскаго и жена стольника Ивана Борисова-Пушкина, которые содержались подъ стрѣлецкимъ карауломъ не указано къ нимъ пущать на дворъ и съ двора никого до государева указу. Для очной ставки съ этими людьми была привезена въ Москву и сама Арина и съ сыномъ и также отдана за крѣпкіе караулы, не велѣно къ ней пущать на дворъ и съ двора никого, и съ нею говорить и съ сыномъ ея не давать.
Дѣло іюня 7 закончилось тѣмъ, что виновныя-Арина Мусина-Пушкина и ея двѣ сестры-сосланы вь дальнія ихъ деревни, Арина въ свою Ростовскую Угорючи, а помѣстья и вотчины ихъ отписаны на государя. Сынъ Арины Иванъ пропалъ безъ вѣсти. Однако при царѣ Ѳедорѣ Алекс. онъ появляется въ 1679 г. въ числѣ стольниковъ, а въ 1683 г. въ числѣ окольничихъ. Въ 1698 г. сент. 9 пожалованъ въ бояре за Астраханскую его многую службу и за всякое въ своихь государевыхъ дѣлахъ радѣніе съ милостивою грамотою изъ Разряда. Съ этого времени онъ становится любимымъ сотрудникомъ Преобразователя Петра, который при учрежденіи Сената избираетъ его первымъ въ члены этого важнѣйшаго учрежденія, а потомъ въ 1710 г. жалуетъ ему графскій титулъ. Главнѣйшія его заслуги были по управленію Монастырскимъ приказомъ и имѣніями духовенства, въ точной исполнимости намѣреній и цѣлей Преобразователя, по смерти котораго онъ потерпѣлъ крушеніе и умеръ въ 1729 г. въ ссылкѣ, в ъ Соловецкомъ монастырѣ.
При царѣ Ѳед. Ал. кн. Яковъ вѣдаетъ нерѣдко государевъ дворъ и Москву въ отсутствіе царя и въ 1681 г. управляетъ приказомъ Казанскаго Дворца.
По смерти царя Ѳедора Ал. онъ первенствуетъ въ средѣ боярства и въ 1689 г. по смерти своего отца управляетъ Аптекарскимь приказомъ.