Во время борьбы царевны Софьи съ домомъ Нарышкиныхъ со стороною царя Петра, кн. Яковъ, повидимому, держалъ себя очень осторожно и явно не примыкалъ ни къ какой сторонѣ, занимая по мѣстническимъ порядкамъ первое мѣсто среди бояръ. Въ послѣдній день Софьина правительства, 29 августа 1689 г., когда она собралась было идти въ Троицкій монастырь къ убѣжавшему туда царю Петру, кн. Яковъ сопровождалъ ее первымъ по мѣсту, а 2-мъ былъ ея любимецъ, В. В. Голицынъ. Извѣстно, что Петръ воротилъ ее съ дороги, сказавши, что иначе поступлено будетъ съ нею нечестно. Она возвратилась въ Москву 31 авг. въ 7-мъ часу ночи (во второмъ пополуночи) на 1 сентября.
Черезъ недѣлю, 7 сентября, она была отрѣшена отъ управленія царствомъ, а 12 числа кн. Якову Никитичу повелѣно вѣдать Полату Расправныхъ дѣлъ, тогдашній Сенатъ, гдѣ онъ начальствовалъ и въ 1690-хъ годахъ.
Въ военныхъ дѣлахъ ему не приходилось участвовать. Онъ скончался въ 1697 г. Былъ женатъ на Аннѣ Михаиловнѣ, неизвѣстно какой фамиліи, которая оставалась владѣтельницею двора до 1701 г., когда для строенія Арсенала этотъ дворъ былъ разобранъ до материка.
Слѣдуя по Житницкой улицѣ дальше, возлѣ двора Дм. Ив. Годунова, принадлежавшаго потомъ Шереметеву и князю Одоевскому, находимъ дворъ Семена Никитича Годунова, примыкавшій къ Троицкимъ воротамъ.
Семенъ Никитичъ прославился, по выраженію Карамзина, какъ новый Малюта Скуратовъ, самыми гнуснѣйшими дѣлами, служа усердно коварнымъ цѣлямъ своего родственника, царя Бориса, который при своемъ воцареніи пожаловалъ ему въ 1598 г. санъ окольничаго, а въ 1603 г. санъ боярина, вѣроятно, за успѣшное устройство гибели Романовыхъ, какъ это случилось въ 1601 году.
Извѣстно, что по его умыслу слуга-казначей боярина Александра Никитича Романова, Бартеневъ, по прозванью Второй, подкинулъ въ свою же боярскую казну мѣшки съ отравными будто бы кореньями, заготовленные самимъ Семеномъ Никитичемъ. Послѣдовалъ доносъ и началось дѣло, погубившее Романовыхъ и многихъ ихъ родственниковъ. Разсказывали также, что Семенъ по замыслу Бориса очень поспособствовалъ также преждевременной кончинѣ герцога Датскаго Іоанна Ягана. королевича, пріѣхавшаго въ 1602 г. въ Москву въ качествѣ жениха царевны Ксеніи и возбудившаго будто бы зависть Бориса, такъ какъ въ Москвѣ всѣ очень его полюбили, почему Борисъ и опасался, чтобы послѣ него не выбрали королевича въ цари. Семенъ, завѣдывавшій Врачебнымъ приказомъ, не допустилъ будто бы вылѣчить королевича, заболѣвшаго горячкою.
Какъ бы ни было, но одного дѣла о гибели Романовыхъ было достаточно для того, чтобы Семена возненавидѣли всѣ, кому бывала обида отъ Годуновыхъ. Во время прихода Самозванца, когда весь родъ Годуновыхъ потерпѣлъ крушеніе, Семена сослали въ Переяславль и тамъ его удушили.
Во второй половинѣ XVII ст. на мѣстѣ двора Семена Годунова находились обширныя Житницы Дворцоваго вѣдомства. Есть свидѣтельство о пожарѣ въ 1473 г., которое указываетъ на существованіе и въ то время на этомъ же мѣстѣ городского Житнаго двора или городскихъ Житницъ, до которыхъ доходило въ тотъ годъ огненное опустошеніе.
Городскія Житницы здѣсь помѣстились, по всему вѣроятію, отъ первыхъ временъ городового устройства въ Кремлѣ, такъ какъ эта сторона Кремлевскаго укрѣпленія была болѣе безопасна оть вражескихъ приступовъ, чѣмъ другія его стороны. Именемъ городскія Житницы обозначилось ихъ, такъ сказать, общественное значеніе, въ качествѣ запасныхъ магазиновъ для всего города, а потому становится достаточно понятнымъ то обстоятельство, что Мостовую улицу къ Житницамъ отъ Никольскихъ вороть и до Троицкаго подворья у Троицкихъ воротъ, на протяженіи 99 саженъ, повинны были мостить Гостиная и Суконная Сотни, т.-е. богатые торговцы, всегда въ опасныхъ случаяхъ забиравшіеся въ городъ со всѣми своими товарами и имуществомъ подъ крѣпкую защиту его стѣнъ. Можно полагать, что эти Житницы были расположены вдоль всей городовой стѣны отъ наугольной Собакиной башни до Троицкихъ воротъ и впослѣдствіи ихъ мѣста занимались боярскими дворами, которые могли устроиваться по улицѣ и впереди Житницъ, какъ обозначено на планѣ Годунова у двора Григорія Годунова, но онѣ уже не показаны на дворахъ Дмитрія и Семена Годуновыхъ.
При царѣ Алексѣѣ Михаиловичѣ на дворѣ Семена Годунова были построены обширныя каменныя Житницы (упоминаются въ 1666 г.), 18 амбаровъ, въ которыхъ сохранялись съ десятинныхъ государевыхъ пашенъ отъ разныхъ волостей рожь и овесъ[109].