Настала, наконецъ, жатва и для царя Бориса. Нежданно, негадано появился живымъ убіенный царевичъ Дмитрій. Добытый злодѣйствами тронъ пошатнулся. Измѣна царю съ каждымъ днемъ выростала повсюду. Всѣ лицемѣрныя благодѣянья народу, всѣ добрыя попеченія о государствѣ и многое доброе его устройство исчезли изъ памяти людей, сохранившихъ только ненависть къ царствующему властителю. 5 апрѣля 1605 г. царь Борись, вставши отъ обѣда, внезапно заболѣлъ и черезъ два часа скончался. Говорили, что самъ себя отравилъ, но можно полагать, что былъ отравленъ угодниками Самозванца, если не умеръ апоплексіей, какъ свидѣтельствуетъ Маржеретъ. Однако, по свидѣтельству Массы, доктора, бывшіе во дворцѣ, тотчасъ узнали, что онъ умеръ отъ яда.
Спустя съ небольшимъ два мѣсяца Самозванецъ уже приближался къ Москвѣ и, стоя съ большимъ войскомъ на Тулѣ, послалъ въ Москву князей Василья Вас. Голицына, помышлявшаго тоже о царскомъ вѣнцѣ, Василья Мосальскаго и другихъ своихъ угодниковъ съ повелѣніемъ низложить, убрать съ дороги, патріарха Іова и истребить Годуновыхъ.
Повелѣніе было исполнено съ большимъ усердіемъ, которымъ особенно отличились упомянутые два князя.
Вдова царя Бориса съ сыномъ, уже вѣнчаннымъ царемъ Ѳедоромъ, и дочерью Ксеніею были безъ милости схвачены во дворцѣ и отвезены на водовозной телѣгѣ на старый Борисовскій дворъ, гдѣ и заперли ихъ подъ стражею. Вслѣдъ затѣмъ, немного времени спустя, туда явились помянутые князья-Голицынъ и Мосальскій-съ двумя помощниками и тремя стрѣльцами, которые и «предаша несчастнаго молодого царя и его мать царицу Марью удавленію», разведя ихъ сначала по разнымъ комнатамъ. Князь Вас. Голицынъ, выйдя послѣ того изъ Борисовскаго двора. возвѣстилъ народу, что царь и царица, его мать, отъ страха опились смертнымъ зеліемъ и померли. Царевна Ксенія была оставлена въ живыхъ и пострижена въ монахини.
Воцарившійся Самозванецъ, осыпая своими милостями первенствующаго боярина Ѳедора Ив. Мстиславскаго, подарилъ ему весь домъ царя Бориса, но, кажется, бояринъ не успѣлъ воспользоваться этимъ даромъ, — такъ событія быстро измѣняли ходъ дѣлъ.
Между тѣмъ, извѣстно, что на Борисовскомъ дворѣ при Самозванцѣ былъ помѣщенъ воевода Сендомирскій, а съ нимъ были помѣщены и Іезуиты, которые здѣсь стали свободно священнодѣйствовать по Римскому обряду.
Когда Самозванецъ былъ убитъ, бунтовавшая въ то время въ Кремлѣ толпа, искавшая повсюду Поляковъ, осадила въ Борисовскомъ дворѣ и пана Сендомирскаго. Ворота этого двора съ улицы были завалены всякою всячиною. «Мы», говоритъ свидѣтель этого обстоятельства, «заперлись изнутри. Насъ было весьма немного, но мы рѣшили при всей малочисленности защищаться. Уже наведены были на насъ пушки, однѣ въ окна, другія въ стѣну; но какъ во дворѣ были каменные подвалы, то безъ великихъ усилій нельзя было одолѣть насъ. Между тѣмъ посыпались камни къ намъ на дворъ и нѣсколько стрѣльцовъ готовились войти къ намъ изъ монастыря (Троицкаго подворья) чрезъ проломы, о коихъ мы ничего не знали, какъ вдругъ прискакали къ воротамъ нашимъ бояре, требуя, чтобы панъ-воевода послалъ кого-нибудь для переговоровъ съ Думными боярами. Осада тѣмъ и окончилась».
Послѣ для охраны пана-воеводы поставлена была около двора стрѣлецкая стража.
На Борисовскій дворъ былъ сведенъ изъ дворца и несчастный царь, какъ называли его въ народѣ, Василій Ив. Шуйскій и съ своею царицею и, дабы не могъ онъ воротиться на царство, тамъ же былъ постриженъ въ монахи и съ царицею.
Въ Смутное время, когда въ 1610 г. велемудрые Московскіе бояре присягнули королевичу Владиславу и отдали Москву во власть Полякамъ, въ Кремлѣ на Цареборисовскомъ дворѣ поселился самъ панъ гетманъ Жолкѣвскій и вмѣстѣ съ нимъ оставленный имъ послѣ своего отъѣзда главнокомандующимъ Польскою силою и градоначальникомъ Москвы панъ Александръ Гонсѣвскій, который по указаніямъ гетмана въ полномъ недовѣріи къ Русскимъ распорядился самымъ предусмотрительнымъ образомъ. Ключи городовые отъ всѣхъ воротъ забралъ къ себѣ, весь нарядъ (артиллерію), пушки со всѣхъ городовыхъ стѣнъ, а также зелье (порохъ), свинецъ, пушечныя ядра и всякіе пушечные запасы собралъ въ Кремль да въ Китай городъ, а иное и на Цареборисовъ дворъ, къ своему жилью. Во всѣхъ городовыхъ воротахъ онъ поставилъ сторожами своихъ Поляковъ, вмѣсто стрѣльцовъ, которыхъ всѣхъ выслалъ совсѣмъ изъ города; рѣшетки у улицъ сломалъ и обывателямъ строго запретилъ носить какое-либо оружіе, даже и плотникамъ съ топорами не велѣлъ ходить и ножи на бедрѣ никому не велѣлъ носить.