15 апрѣля 1652 года померъ патріархъ Іосифъ; на его мѣсто царь Алексѣй Михаиловичъ уже думалъ избрать новгородскаго митрополита, достопамятнаго Никона, который въ это время по повелѣнію государя путешествовалъ въ далекій Соловецкій монастырь для перенесенія въ Москву мощей св. Филиппа митрополита.
Св. мощи были съ торжествомъ перенесены въ Москву 9 іюля того же года, а затѣмъ 22, по другимъ указаніямъ 25 того же мѣсяца, т.-е. всего черезъ двѣ недѣли, Никонъ былъ избранъ на патріаршество безъ жеребья, какъ искони водилось, а только по желанію государя, противъ чего Никонъ упрямился, не хотѣлъ ставиться безъ жребія, но былъ упрошенъ государемъ, оказавшимъ ему по этому случаю великое вниманіе. Павелъ Алеппскій по этому поводу упоминаетъ, что Никонъ тогда лишь согласился принять патріаршество, когда было постановлено, что царь отнюдь не будетъ заниматься дѣлами церкви и духовенства, какъ это было при Филаретѣ, при прежнихъ царяхъ. Съ этого времени по царскому указу слово его стало рѣшающимъ, и никто не смѣлъ противиться ему.
Другой современникъ, дьяконъ Благовѣщенскаго собора Ѳедоръ Ивановъ, свидѣтельствуетъ также, что еще въ началѣ поставленія царь запись ему далъ своею рукою, «еже во всемъ его послушати и отъ бояръ оборонить и его волю исполнять».
15 августа, въ день празднованія Успенію Б-цы, государь поднесъ ему на золотой мисѣ золотую митру-корону, вмѣсто обычной до того времени патріаршей шапки, опушенной горностаемъ, еще образъ св. Филиппа митрополита да братину золоту. Въ тотъ же день государь пожаловалъ новому патріарху Цареборисовскій дворъ въ домъ Пресв. Богородицы. Патріаршій дворъ и въ прежнее время пользовался помѣщеніями Цареборисовскаго двора. При патріархѣ Филаретѣ Никит. въ 1626 г. тамъ находились патріаршіе капустные погреба.
Нѣтъ сомнѣнія, что еще прежде Никонъ обратилъ вниманіе государя на зтотъ опустѣлый дворъ, представляя ему, съ какою бы пользою этотъ пустой дворъ, присоединенный къ патріаршему двору, могъ послужить къ большему простору и устройству патріаршаго вѣдомства.
И дѣйствительно, недѣли черезъ двѣ послѣ Успенскаго праздника на зтомъ дворѣ начались уже строительныя работы. 2 сентября извозчики уже навозили на Борисовскій дворъ къ каменному дѣлу 141 тысячу кирпича, а каменщики стали сооружать ворота на этотъ дворъ съ патріархова двора.
Затѣмъ перенесены были на новый дворъ конюшни, стойла и ясли и построены на немъ новыя житницы и новыя хоромы, готовыя, перевезенныя изъ патріаршаго Новинскаго монастыря. По случаю разныхъ передѣлокъ и обновленій въ самомъ каменномъ домѣ Цареборисовскаго двора упоминаются нѣкоторыя его части, именно сѣни, покрытыя шатромъ съ яблокомъ на его верху; у нихъ надъ переднимъ крыльцомъ сдѣланъ чердачокъ; большая полата и позади ея малая полатка, средняя полата, золотая полата, названная такъ вѣроятно уже въ это время по поводу производимыхъ въ ней работъ серебрянаго и золотого дѣла, для чего въ ней были устроены горны и въ 1653 г. два большихъ стола, одинъ въ 4, другой въ 3 саж., и двѣ скамьи по 2 саж. Однако въ этой же полатѣ въ 1653 и 1654 годахъ старецъ Арсеній грекъ сидѣлъ у книжной справки и переводилъ книги съ греческой грамоты на русскую и писалъ книгу греческую патріарху.
Какъ упомянутыя, такъ и другія Борисовскія полаты устроивались вообще для новыхъ потребностей патріаршаго вѣдомства; поэтому въ нихъ продѣлывали, гдѣ было надобно; новыя окна, задѣлывали двери и т. п.
Въ нижнихъ полатахъ была устроена богадѣльня для нищихъ и больница, въ которой поставлена изразцовая печь изъ изразцовъ 130 большихъ, 15 долгихъ и 15 городочковъ. Кромѣ устройства старыхъ, было построено и нѣсколько новыхъ полатъ для патріаршихъ дѣтей боярскихъ, его служебниковъ и для разныхъ хозяйскихъ потребностей. Но главнымъ началомъ всѣхъ работъ на Цареборисовскомъ дворѣ служила постройка новой церкви.
Приписывая, быть можетъ, свое неимовѣрное благополучіе въ патріаршемъ санѣ молебному покровительству св. Филиппа митрополита, Никонъ, въ ознаменованіе своей благочестивой мысли, задумалъ соорудить на мѣстѣ храма Соловецкихъ чудотворцевъ и на межѣ Борисовскаго двора новый каменный храмъ во имя апостола Филиппа, тезоименитаго Московскому святителю.