Такъ какъ Борисовскій дворъ стоялъ рядомъ съ патріаршимъ, выходя на площадь къ Ивану Великому, гдѣ находились и его ворота, то патріархъ для новой церкви занялъ и часть Борисовскаго двора, лицевую сторону съ патріаршими полатами, что противъ Успенскаго собора, гдѣ нынѣ стоитъ храмъ Двѣнадцати Апостоловъ.
Въ томъ же сентябрѣ 1652 г. на этомъ мѣстѣ уже копали рвы и сваи набивали подъ постройку церкви; слѣдовательно, церковная постройка началась тоже черезъ двѣ недѣли послѣ Успенскаго праздника.
Въ октябрѣ и по зимнему пути стали возить къ церковному дѣлу строительный матеріалъ 14.600, а потомъ 100 тысячъ кирпичу, 1000 бочекъ извести, 3.000 коробовъ песку. Однако закладка храма была совершена только въ началѣ августа (9 числа) 1653 г., когда самъ патріархъ пѣлъ молебенъ на каменномъ дѣлѣ и на церковномъ окладѣ. Вообще, строеніе по какому-то случаю производилось довольно медленно, такъ что оно было окончено только лѣтомъ 1655 г., а уборка главъ и кровли происходила осенью этого года, когда кровля была покрыта мѣдными золочеными досками, и на пяти главахъ поставлены мѣдные золоченые кресты[123].
Подъ церковью были устроены ворота, быть можетъ, на томъ самомъ мѣстѣ, гдѣ находились ворота Борисовскаго двора. При церкви была также выстроена колокольница въ 1656 году. День освященiя церкви намъ неизвѣстенъ.
24 февраля 1656 г., на первой недѣлѣ Великаго поста, Никонъ уже служилъ въ новой церкви литургію и пріобщался св. Таинъ.
Настѣнное письмо во всей церкви производилось уже лѣтомъ и въ августѣ этого года, для чего былъ купленъ большой запасъ разныхъ красокъ: слишкомъ 4 пуда голубцу, 10 пудовъ лазори цвѣтной, 6 пудовъ черлени слизухи, 6 пудовъ вохры слизухи, 5 пудовъ черлени нѣмецкой, 10 пудовъ празелени, 3 пуда киноварю, 5 пудовъ черлени псковской, всего на 256 рублей.
Въ 1658 г. иконописцы писали на воротахъ и у внѣшнихъ сторонъ на церкви стѣнное письмо.
Передъ церковью апостола Филиппа въ то же время (1654–1655 годахъ) патріархъ строилъ свою новую Крестовую полату меньшаго размѣра противъ старой. Эта полата въ первое время такъ и именовалась своею новою Крестовою, какъ это неоднократно записано въ «Книгѣ Записной облаченіямъ и дѣйствамъ патріарха»[124].
Въ этой Записной книгѣ находимъ, между прочимъ, слѣдующія строки: «Декабря 21 (1655 г.) Государь патріархъ поиде къ литургіи изъ своея Крестовыя полаты… Послѣ литургіи Антіохійскій патріархъ Макарій поднесъ Никону клобукъ бѣлый греческаго переводу, а Сербскій патріархъ Гавріилъ поднесъ ему шапочку греческую… И поиде Государь патріархъ въ свою Крестовую полату, а передъ нимъ, Государемъ, шли поддьяконы и подьяки — всѣ въ золотыхъ стихаряхъ, а пѣли стихи розные постанично всѣ вмѣстѣ… А пришедъ въ новую свою крестовую полату южъ самъ устроилъ и пожаловалъ Государь святѣйшій патріархъ своего Государева архидіакона и дьякона чернаго греческими клобуками и камилавками».
Полата была покрыта особою кровлею, слѣд. не была въ связи съ другими полатами. Однако черезъ сѣни она соединялась съ построенными въ томъ же 1655 г. новыми брусяными хоромами для житья самому патріарху.