Въ 1655 г. въ этой новой Крестовой на дверяхъ и окнахъ росписаны травы и повѣшено большое мѣдное паникадило. Въ той же полатѣ въ 1658 г. написаны лучшими мастерами новыя иконы, писали Симонъ Ѳедоровъ (Ушаковъ) и Ѳедоръ Козловъ.
Вопреки установившемуся свѣдѣнію, что патріархъ Никонъ построилъ донынѣ существуюшую Крестовую (Муроварную) полату и весь Синодальный домъ, приведенныя свидѣтельства указываютъ, что Никономъ была построена особая Крестовая для своихъ хоромъ, по размѣру, какъ упомянуто, меньшая, почему впослѣдствіи (въ 1672 г.) старая Крестовая обозначалась именемъ Большой Крестовой, а новая и въ описи Домовой Казны Никона названа Малою. Въ эту новую Крестовую Павелъ Алеппскій входилъ по двумъ лѣстницамъ, почему съ достовѣрностью можно предполагать, что эта Крестовая находилась въ третьемъ этажѣ новаго зданія передъ новою же церковью (нынѣ 12 Апостоловъ), гдѣ впослѣдствіи помѣщалась Ризница.
На своемъ старомъ патріаршемъ дворѣ патріархъ обновилъ церковь Трехъ Святителей, которая стояла особно и имѣла одну главу. При ней была устроена въ 1656 г. и колокольница, вѣроятно на стѣнѣ какой-либо полаты, покрытая кровлею въ 1658 г. Закомары подъ главою покрыты бѣлымъ желѣзомъ, спаяннымъ оловомъ. Церковь была устроена теплою и вновь росписана настѣннымъ письмомъ, для котораго куплено 5000 листовъ сусальнаго золота. Въ ней было устроено, какъ и въ Крестовой полатѣ, особое патріаршее мѣсто. За церковью сдѣланъ очагъ для составу и варенія св. мѵра.
Проломаны двери изъ паперти Трехъ Святителей въ старую Столовую полату и сдѣлана всхожая лѣстница. Обновленіе храма производилось постепенно въ теченіи 1654–1658 гг.
На дворѣ въ эти же годы построены новыя полаты скатертная, отдаточная и другія. Въ 1654 г. кузнецы дѣлали патріарховы домовые часы (башенные).
Во всѣхъ новыхъ полатахъ и въ брусяныхъ кельяхъ, теперь по новому, вмѣсто слюдяныхъ окончинъ, были устроены окончины стекольчатыя. Въ другихъ хоромахъ употреблены слюдяныя.
Отъ площади патріаршія полаты отдѣлены перегородкою; а внутри двора отъ новой хлѣбни по старую Столовую поставленъ острогъ, родъ тына, отдѣлявшiй патріарховъ дворъ отъ государева двора.
Патріаршій дворъ, какъ упомянуто, былъ соединенъ съ царскимъ Дворцомъ переходами.
При Никонѣ государь построилъ въ 1654 г. переходы и въ Чудовъ монастырь съ Борисовскаго двора черезъ улицу Никольскую, ширина которой въ этомъ мѣстѣ не превышала 3 саж. Сообщенiе царскаго Дворца съ Чудовымь монастыремъ потребовалось по случаю начатаго дѣла объ исправленіи церковно-служебныхъ книгь, такъ какъ въ полатахъ монастыря должны были происходить засѣданія и совѣщанія по этому дѣлу. Въ монастырѣ жилъ въ 1658 г. старецъ Епифаній, который тогда перевелъ патріарху дохторскую книгу.
Съ патріаршаго двора былъ устроенъ всходъ на эти переходы, которые слѣдовательно проходили мимо всѣхъ построекъ на этомъ дворѣ. Переходы прозывались обыкновенно Чудовскими.