Очень сомнительно, чтобы всѣ эти растенія были куплены для Кремлевскихъ патріаршихъ садовъ. Сомнительно также, что въ Кремлѣ у патріарховъ было два сада, верхній и нижній. Мы полагаемъ, что былъ только одинъ садъ-не верхній, а верховой, т.-е. существовавшій въ патріаршемъ Верху при жилыхъ комнатахъ; объ устройствѣ этого сада мы говорили выше. Эти 23 яблони, 7 грушъ, 56 деревъ вишенъ, 70 кустовъ черной смородины, 200 шестовъ четырехсаженныхъ должны указывать на значительное садовое пространство, а такого пространства даже и въ нижнемъ саду не могло оказаться, потому что Кремлевскій патріарховъ дворъ былъ тѣсно застроенъ служебными зданіями.
Возможно полагать, что растенія были куплены не столько для Кремля, сколько для двухъ садовъ, верхняго и нижняго, находившихся въ старозавѣтной дачѣ святителей, гдѣ скончался митр. Кипріанъ, въ селѣ Троицкомъ Голенищевѣ, гдѣ подлѣ патріархова двора было «два сада съ яблонями и съ грушами и съ вишнями и смородиною красною, въ томъ числѣ верхняго саду длиннику 78 саж., поперечнику 77 саж. съ аршиномъ; въ нижнемъ саду длиннику 50 саж. 2 арш., поперечнику 52 саж. съ полуаршиномъ… Да кромѣ тѣхъ садовъ пять житницъ… и къ житницамъ промежъ садовъ ворота о дву щитахъ съ калиткою»… Становится объяснимымъ и сообщеніе г. Писарева, что патріархъ Іоакимъ устроилъ еще нижній садъ, что у житенъ (50), т. е. что у житницъ. Надо замѣтить, что весь патріаршій дворъ въ Кремлѣ и со всѣми своими строеніями занималъ пространство только около 50 саж. въ квадратѣ.
Въ 1677 г. въ каѣ самъ патріархъ ходилъ смотрѣть у заднихъ воротъ какое-то каменное дѣло, вѣроятно значительное почему-либо въ дворовомъ обиходѣ.
Въ 1680 г. Никоновская церковь во имя апостола Филиппа, была переустроена во имя 12 Апостоловъ. 29 мая патріархъ «указалъ церковь, которой быть во имя св. Двунадесятъ Апостолъ, что на патріаршемъ дворѣ, надъ вороты. Въ церкви своды и стѣны левкасомъ подмазавъ, прикрыть лазорью; въ средней главѣ внутри и отвнѣ письмо починить; иконостасъ сдѣлать столярный гладкій съ дорожниками, съ столбцами точеными; иконы мѣстныя, и двери царскія, и южныя, и сѣверныя, деисусы, праздники и пророки вновь написать; помостъ выстлать кирпичомъ муравленымъ; олтарь покрыть тесомъ, опаять бѣлымъ желѣзомъ и совсѣмъ тоѣ дерковь приготовить ко освященію».
Срокъ для исполненія этихъ работъ былъ назначенъ къ Рождеству Христову, того же 1680 г., но онѣ окончились только въ сентябрѣ 1681 г., когда 13 числа храмъ и былъ освященъ.
Для стѣннаго письма весь храмъ отъ верха до пола былъ подмазанъ левкасомъ и набитъ гвоздями, утверждавшими левкасъ. Иконописцы по левкасу покрыли лазорью звѣздами и острофили, т.-е. очертили, рисунки для письма. Въ главахъ, въ 24 вѣтреницы и въ 10 церковныхъ оконъ вставлены слюдяныя окончины. Въ старой дисаной большой главѣ вновь написаны св. Апостолы, противъ прежняго и починенъ вновь Спасовъ образъ, херувимы, серафимы, ангелы, архангелы.
Мостъ-полъ церковный былъ выложенъ угольчатымъ муравленымъ кирпичомъ, муравленымъ съ обѣихъ сторонъ свинцомъ, котораго употреблено мягкаго 22 пуда.
Иконостасъ поставленъ сныцарской работы рѣзной, въ 11 арш. вышины и 15 арш. ширины.
Написаны и поставлены иконы: деисусъ — 15 иконъ, праздниковъ — 16, пророковъ — 15. Вмѣсто пояса или тябла праотцевъ поставлены 12 круговъ золоченыхъ съ изображеніемъ Христовыхъ Страстей, а посреди круговъ Распятіе съ предстоящими, слѣд. тоже 15 иконъ. Можно полагать, что съ этого времени по этому образцу стали поставлять вверху иконостаса Распятіе съ предстоящими и въ другихъ храмахъ, что потомъ водворилось повсюду и обозначило западное вліяніе на нашу старину. Въ числѣ мѣстныхъ иконъ поставленъ образъ Богородицы Боголюбской съ изображеніемъ на немъ въ моленіи апостола Филиппа и митрополита Филиппа, стоявшій въ прежней церкви Филиппа апостола; затѣмъ иконы: 12 Апостоловъ, Ильи Пророка, Трехъ Святителей Вселенскихъ, Трехъ Святителей Московскихъ. При освященіи церкви употреблены большія свѣчи налѣпы, числомъ 55, раскрашенныя красною и зеленою краскою.
Патріаршее мѣсто, стоявшее въ церкви Трехъ Святителей, было вызолочено и перенесено въ Новую Апостольскую церковь.