Какъ упомянуто, храмъ былъ обновленъ во всѣхъ частяхъ къ сентябрю 1681 г. Вмѣстѣ съ тѣмъ происходило поновленіе отъ верха до земли (худыя мѣста починены и все выбѣлено) во всѣхъ полатахъ, стоявшихъ между новымъ храмомъ и Крестовою полатою, въ томъ числѣ Ризничная полата, находившаяся съ западной стороны подлѣ храма, а также врата подъ нимъ, Крестовыя сѣни и кельи патріарха.
Въ томъ же 1681 г. патріархъ указалъ сдѣлать и въ Трехсвятительскую церковь новый иконостасъ, для чего были подряжены золотари изъ царскаго дворца съ уговоромъ: иконостасъ позолотить и росписать три пояса, столбы и каптели и базики и рамы и дорожники всѣ позолотить краснымъ золотомъ на пулментъ, а низкія мѣста и за столбами посеребрить, и тумбы росписать, какъ свят. патріархъ укажеть; и вмѣсто пеленъ написать бархаты противъ Верховыхъ церквей.
Въ 1682 году 26 ноября случился пожаръ во Дворцѣ, великихъ государей терема выгорѣли и соборная Успенская церковь и домъ святѣйшаго патріарха обгорѣли.
Послѣдній патріархъ, Адріанъ, вступившій въ этотъ санъ въ августѣ 24 числа 1690 г., также много потрудился въ переустройствѣ своего двора.
Съ началомъ весны 1691 г. онъ указалъ построить на своемъ большомъ дворѣ въ Верху передъ Ризницею въ сѣняхъ Столовую полату, а въ ней сдѣлать къ Ризницѣ въ дверяхъ колоды каменныя; въ кельѣ малой, что отъ собору, двери пробравъ сдѣлать новыя, а старыя задѣлать, сводъ въ ней сдѣлать новой; помостъ въ Столовой поднять выше, а въ сѣнцахъ малыхъ, промежъ Столовой и малой кельи, опустить ниже, сдѣлать помостъ вездѣ ровно и накласть желѣзными плитами; въ Столовой и въ Малой кельѣ окна сдѣлать шире; вверху надъ Столовою сдѣлать вновь келью. длина промежъ стѣнъ 3 саж., поперегъ 3 саж. безъ чети; передъ кельею сдѣлать переднюю келью да въ ней надъ всходною лѣстницею и по стѣнѣ къ собору два чулана, да подлѣ другой кельи сдѣлать отходъ; а большая настоящая келья сдѣлать безъ сводовъ, а прочія со сводами; а у оконъ со внѣшнюю сторону ростески и столбики и углы столбоваты и все сдѣлать противъ оконъ и угловъ Чудовской трапезы; а надъ окнами кзымсы и обвершка противъ оконъ, каковы сдѣланы на Ивановской площадной полаткѣ; а мосты (полы) нижніе и поверхъ сводовъ и потолковъ будутъ каменные или желѣзные; гдѣ быть печамъ, трубы вывесть и на верху всѣ ихъ круглыя сдѣлать; а къ отходу верхнему отъ исподняго трубу сдѣлать каменную и вверхъ отъ него трубу на кровлю вывесть; и вездѣ левкасомъ подмазать и выбѣлить.
Въ 1692 г. построены новыя каменныя полаты, гдѣ велѣно быть вновь Дворцовому приказу.
Въ 1694 г. переустроенъ Разрядъ, выходившій своими дверями и стѣнами на площадь, при чемъ большія двери на площадь задѣланы кирпичоыъ и сдѣланы малыя дверцы проходныя, а надъ ними стѣна проломана для свѣту и сдѣлано окно съ рѣшеткою.
Съ площади отъ воротъ кругомъ полатъ до воротъ, что подъ церковью 12 Апостолъ, забрать заборомъ въ столбы для того, чтобы близь окошекъ никто съ лошадьми не ставился.
Въ 1697 г. патріархъ указалъ купить на домовой большой дворъ къ строенью Ризницы 100 тысячъ кирпичу. Но была ли эта Ризница строена, неизвѣстно.
Въ томъ же году передъ Крестовою въ сѣняхъ, гдѣ дневать дворянамъ, сдѣлана особая полатка да передъ Пѣвческою полатою рундукъ каменный.