Въ эту же зиму была покорена Пермь Великая и 16 генваря 1472 г. посланы послы въ Римъ за царевною Софіею, сватовство съ которою началось еще осенью 1471 г.

Какъ только прошла зима и стаяли снѣга въ апрѣлѣ 1472 г., мастера обмѣрили окладъ или планъ новаго храма вокругъ стараго обширнѣе даже и Владимiрскаго собора въ широту и долготу на полторы сажени, намѣреваясь настолько же прибавить и высоту церкви.

По порядку стараго строительнаго дѣла выкопали по окладу рвы, набили въ ихъ подошву сваи и потомъ положили основаніе зданію каменною кладкою. 30 апрѣля митрополитъ съ крестнымъ ходомъ въ сопровожденіи всего духовнаго собора, при звонѣ во всѣ колокола, вышелъ совершить торжественно закладку храма. Еъ торжеству прибылъ и вел. князь съ сыномъ и братьями, въ сопровожденіи бояръ и вельможъ, при безчисленномъ собраніи народа.

Послѣ молебна святитель прежде всѣхъ своими руками положилъ начало, гдѣ быть алтарю, также по сторонамъ и до угламъ, укладывая основные камни. Лѣтописецъ записалъ, что новый храмъ заложенъ спустя 146 лѣтъ безъ трехъ мѣсяцевъ послѣ основанія древней церкви.

Предстательство, т.-е. завѣдываніе и попеченіе, о постройкѣ вначалѣ было поручено нѣкоему Вас. Ермолину и Ивану Влад. Головѣ. Но промежъ ихъ произошла пря, разноголосица, и Ермолинъ отступился всего наряда, а Голова началъ наряжати[62].

О чемъ была пря, лѣтописецъ не оставилъ свѣдѣнiя, но, судя по послѣдующему, именно по случаю несчастнаго разрушенія недостроеннаго еще храма, возможно гадать, что отказавшійся отъ дѣла Ермолинъ, быть можетъ, былъ правѣе Головы, такъ какъ имѣлъ болѣе опытности и болѣе толку въ строительныхъ дѣлахъ, хотя и не былъ зодчимъ, архитекторомъ и подрядчикомъ, а только предстателемъ, т.-е. попечителемъ дѣла. Это явствуетъ изъ указанія, что послѣ Ермолина предстателями, новыми попечителями, были отецъ Головы, Владиміръ Григор. Ховринъ и его сынъ Голова.

Когда зданіе выведено было въ ростъ человѣка, приступили къ разборкѣ древняго храма и очистили мѣсто до уровня гробницъ митрополичьихъ. 29 мая въ пятницу святитель съ тѣмъ же торжественнымъ собраніемъ духовенства, во главѣ котораго былъ Сарайскій епископъ Прохоръ[63], и въ присутствіи вел. князя, его матери и сына, а также и 4 братьевъ съ служебными князьями и боярами и опять при всенародномъ множествѣ, совершилъ перенесеніе гробницъ изъ старыхъ ихъ мѣстъ на уготованныя мѣста въ новостроящемся храмѣ, гдѣ въ стѣнахъ сдѣланы были для того особые кiоты-впадины на тѣхъ же сторонахъ церкви. Мощи митроп. Кипріана и Фотія помѣстили въ одномъ кіотѣ въ рядъ, съ правой же стороны собора, у южной стѣны. Гробницу Ѳеогноста митр. поставили въ кіотѣ объ одну стѣну съ гробницею св. Петра митрополита.

Когда приступили къ гробу Іоны митрополита и сняли съ него доску, въ тотъ часъ «изыде изъ гроба благоуханіе много по всему храму; мощи же его явились всѣ цѣлы и нерушимы, прилпе бо плоть кости его и не двигнушася составы его».

Гробницу его поставили на лѣвой сторонѣ собора въ углу сѣверо-западномъ. Тутъ же вскорѣ отъ мощей св. Іоны послѣдовали чудныя исцѣленія хромого отрока 6-ти лѣтъ и нѣкоего Рязанца, имущаго внутри болячку. Множество народа стало прикладываться къ мощамъ и при этомъ наметало не мало серебра, которое митрополитъ все отобралъ у поповъ на созиданіе церковное.

У митроп. Фотія обрѣли въ тѣлѣ едины только ноги, а Кипріана обрѣли всего истлѣвша, оставались едины кости.