Въ это же время въ предѣлѣ св. Димитрія Солунскаго вынули изъ стѣны и мощи перваго великаго князя Москвы, Юрья Даниловича, вложили ихъ въ деревянную раку и поставили на гробѣ Ѳеогноста митрополита, гдѣ была церковь Поклоненія Веригъ, а потомъ, когда въ новомъ зданіи уготовано было мѣсто для гробницы, поставили ее въ стѣнѣ же и на той же сторонѣ въ томъ же предѣлѣ св. Димитрія. Перенесеніе было совершено митрополитомъ съ священнымъ соборомъ, въ присутствіи вел. князя, его сына и множества народа.
Съ великимъ освященiемъ и съ установленіемъ даже особаго празднованія были перенесены мощи св. Петра митрополита.
Митрополитъ Филиппь пожелалъ попревозвышено положити мощи святаго въ новой церкви, но на прежнемъ же мѣстѣ, возлѣ жертвенника, и сказалъ о своемъ желаніи вел. князю, который отвѣтилъ, что это дѣло не его мѣры, а митрополичье и всего освященнаго собора, и предложилъ собрать для этого всѣхъ епископовъ и всю духовную власть, что и было исполнено.
Пока собиралось духовенство, святитель 14 іюня въ ночь съ воскресенья на понедѣльникъ пришелъ къ гробу святаго и повелѣлъ священникамъ разобрать надъ мощами надгробницу, а самъ съ нимй со страхомъ и обливаясь многими слезами помышлялъ: угодно ли это будетъ святому, что поднимутъ его мощи. Разобрали надгробницу и увидали гробъ весь распавшійся отъ бывшаго огня, а мощи, яко свѣтъ блещашися, ничто къ нимъ не прикоснулось и благоуханiе многое исходяще отъ нихъ. Говорили объ этомъ такъ, что гробъ въ Тохтамышево нашествіе Татары разорили, предполагая, что въ немъ скрыто какое-либо сокровище; потомъ въ общемъ пожарѣ города погорѣлъ и гробъ святаго, но мощей и дымная воня не коснулась. Ризы на святомъ сверху также погорѣли, а подъ мощами остались цѣлы. Митрополитъ со страхомъ и съ радостью переложилъ мощи изъ распавшейся раки въ новую, каменную, и поставилъ близъ того же мѣста, а потомъ, когда стали устроивать особый кіотъ на томъ старомъ мѣстѣ, въ ночь же перенесъ до времени гробницу святаго къ гробницѣ митр. Іоны.
По этому поводу въ народѣ говорили, что гробъ св. Петра ночью ископаша и обрѣтоша мощи его и людямъ не явиша, но ларецъ поставиша возлѣ Іонина гроба, гдѣ нынѣ митр. Филиппъ лежитъ, и лобзаша его всѣ приходящіе. Однако неизвѣстно было, тутъ ли были мощи или нѣтъ. Если вправду онѣ были туть, то нельзя было не подивиться, что такого Чудотворца положили здѣсь столь безчестно и не вынесли его въ другой храмъ, ибо дѣлатели рабочіе поверхъ его ходятъ, а что ни есть отесковъ каменныхъ, то все на гробъ его падаетъ. Іону митрополита больше берегутъ! Иные говорили, что митрополитъ св. мощи Петра въ своей полати поставилъ. а для народа явилъ, что онѣ покоятся въ ларцѣ, возлѣ Іонина гроба, чтобы толпы народа въ полату не ходили. Записавшій эту народную молву лѣтописецъ присовокупляетъ, что Пахоміи Сербинъ въ своемъ Словѣ о житіи Чудотворца и обрѣтеніи его мощей написалъ, что въ тѣлѣ обрѣли Чудотворца, невѣрія ради людскаго, занеже кой только не въ тѣлѣ лежитъ, тотъ у нихъ не святъ, а того но помянутъ, яко кости наги источаютъ исцѣленія.
Съ такимъ вниманіемъ слѣдитъ Московскій народъ за всѣми порядками, какіе происходили въ новосозидаемомъ соборѣ.
Особый кіотъ для св. мощей Петра митр., какъ упомянуто, былъ устроенъ на томъ самомъ мѣстѣ, гдѣ впервые былъ погребенъ святитель, собственными руками устроившій себѣ гробницу.
Новая гробница была помѣщена только значительно выше прежней, такъ какъ помостъ въ новомъ зданіи построенъ былъ выше прежняго болѣе чѣмъ въ ростъ человѣка.
1-го іюля совершилось торжественное перенесеніе св. мощей Петра м. при служеніи митрополита, архіепископа, 4 епископовъ и всего священнаго собора и въ присутствіи вел. князя, его матери, сына, братьевъ, бояръ и множества народа. Тогда же установили въ этотъ день навсегда праздновать перенесеніе св. мощей.
Гробница въ это время была открыта и всѣмъ были видимы мощи святаго. Несмѣтныя толпы богомольцевъ тѣснились около гроба съ желаніемъ хотя бы только прикоснуться къ святынѣ.