Была та церковь, пишетъ лѣтописецъ, чудна вельми величествомъ и высотою и свѣтлостію и звоностію и пространствомъ, таковой прежде не бывало на Руси кромѣ Владимірской.
12 августа 1479 г. соборъ былъ торжественно освященъ митрополитомъ Геронтіемъ съ архіепископомъ Ростов. Вассіаномъ, епископомъ Суздальскимъ Евфиміемъ и Сарскимъ Прохоромъ.
Радость въ этотъ день всего города Москвы была неописуемая, потому что минуло уже 7 лѣтъ и 4 мѣсяца, какъ древній Калитинскій храмъ былъ разобранъ и не было въ городѣ соборнаго храма. Вел. князь повелѣлъ раздать милостыню на весь городъ и на окружные монастыри, священникамъ, инокамъ и всѣмъ нищимъ, а высшему духовенству и боярамъ далъ обѣдъ, на которомъ и всѣ седмь приходскихъ соборовъ на его же дворѣ въ особой храминѣ также ядоша и пиша у него (по другимъ спискамъ лѣтописи всѣ соборы 7 дней ядоша и пиша).
Черезъ нѣсколько дней торжественно совершилось и перенесеніе мощей митрополитовъ. Въ церкви Іоанна подъ Колоколы, гдѣ они пребывали до этого времени, мощи св. Петра въ ночь были переложены изъ каменной гробницы въ деревянную раку и на другой день, 23 августа, въ понедѣльникъ, передъ вечернею были несены въ новый соборъ самимъ вел. княземъ и его сыномъ Иваномъ Ив. съ помогающими, кто удостоился, при звонѣ во всѣ колокола. Принесенныя мощи вначалѣ поставили среди церкви на митрополичьемъ амвонѣ, гдѣ митрополиты облачаются. По совершеніи слѣдуемыхъ церковныхъ службъ на другой день утромъ 24 августа, во вторникъ, передъ обѣднею митрополитъ съ святителями и вел. князь съ сыномъ снова подняли раку и перенесли ее на уготованное мѣсто близь св. жертвенника. Потомъ была совершена литургія.
Самое празднованіе перенесенію мощей, назначенное прежде на 30 іюля, было тогда же перенесено на этотъ день, 24 августа.
Вел. князь снова роздалъ щедрую милостыню духовенству всего города.
Перенесеніе мощей другихъ митрополитовъ и кн. Юрья Даниловича происходило 27 августа, въ пятницу, также передъ вечернею, въ 9 часъ дня. Къ этому времени собрались къ церкви Іоанна подъ Колоколы митрополитъ съ священнымъ соборомъ и всѣ священники города, которые въ присутствіи вел. князя иего сына подняли каменную раку Кипріана митр. и перенесли ее въ соборъ, поставивъ въ юго-западномъ углу храма у стѣны. Потомъ Фотіевы мощи въ каменной же ракѣ перенесли и поставили съ Кипріановыми въ рядъ и устроили надъ ними надгробницы каменныя. Затѣмъ перенесли мощи Іоны Чудотворца въ деревянной ракѣ и поставили въ противоположномъ сѣверо-западномъ углу храма поверхъ помоста. Мощи Ѳеогноста митр. поставили въ предѣлѣ апостола Петра на верхъ помоста, обложивши кирпичемъ, объ одну стѣну съ Чудотв. Петромъ, какъ прежде лежали. Наконецъ, принесли мощи вел. князя Юрья Дан. въ деревянномъ гробѣ и положили въ предѣлѣ св. Димитрія въ застѣнкѣ въ землю съ помостомъ ровно и надгробницу учинили надъ нимъ.
Гробница строителя разрушившагося храма, митр. Филиппа, не была вынесена въ церковь Іоанна подъ Колоколы, потому что она оставалась снаружи храма, за межею сѣверной стѣны Аристотелевой постройки, которая, слѣдовательно (то-есть вся постройка), по плану была отодвинута немного къ югу противъ прежняго Филипповскаго плана. Теперь подняли его каменный гробъ и перенесли въ церковь, поставивъ его въ рядъ съ гробницею митрополита Іоны у сѣверной стѣны, вѣроятно, противъ того же мѣста, гдѣ онъ покоился за стѣной новой церкви. Когда открыли его гробъ, увидѣли его лежавшаго всего цѣлаго въ тѣлѣ, подобно Іонѣ митр., и ризы его нимало не истлѣли, а прошло уже 6 лѣтъ и 5 мѣсяцевъ безъ 8 дней отъ времени его кончины. Увидѣвши это, благочестивые люди усердно молились Богу, прославляющему угодниковъ Своихъ. 12 дней стоялъ его гробъ непокрытымъ, быть можетъ, въ ожиданіи чудесныхъ исцѣленій, какія явились у мощей Іоны, и только въ 13 день склали надъ нимъ надгробницу кирпичную.
Богомольные Москвичи очень внимательно слѣдили за всѣмиподобными обстоятельствами, а потому и усердно записывали ихъ въ лѣтопись. Для нихъ очень важно было, кто и какъ былъ положенъ, кто поверхъ помоста, кто вровень съ помостомъ, кто въ землѣ.
Послѣ этого уже окончательнаго устройства новаго соборнаго храма вел. князь снова одѣлилъ все духовенство и всѣхъ нищихъ города щедрою милостынею и кормомъ, а высшимъ властямъ и служившимъ священникамъ и всѣмъ соборамъ далъ обѣдъ и въ почесть всему духовному чину на томъ обѣдѣ стоялъ передъ ними и съ сыномъ своимъ, угощая обѣдавшихъ. Таковъ былъ старозавѣтный обычай въ великокняжескомъ и потомъ въ царскоыъ быту.