О размѣщеніи церквей узнаемъ слѣдующую подробность:
«Въ 1757 г. стряпчій Кириллова монастыря подалъ въ Моск. Духовную Консисторію прошеніе, въ которомъ объяснялъ, что на подворьѣ каменная теплая церковь во имя Кирилла Бѣлозерскаго пристроена къ алтарю Аѳанасьевской церкви, отчего въ Кирилловской совершенная тьма; въ алтарѣ и въ церкви только по одному небольшому окну; отъ Аѳанасьевской къ Кирилловской церкви каменные крытые переходы также не пропускаютъ свѣта въ церковь». Согласно этому заявленію было разрѣшено перенести Кирилловскую церковь въ находившіяся возлѣ Аѳанасьевской церкви съ сѣверной стороны каменныя три полаты, составлявшія собственно боковую паперть храма, изъ которыхъ въ одной назначено быть алтарю, въ другой — церкви, въ третьей-трапезѣ. Однако, прежняя церковь не была разобрана, потому что находилась при настоящей (Аѳанасьевской) церкви съ папертьми въ однѣхъ стѣнахъ.
Это показываетъ, что Кирилловская церковь была построена въ одно время съ Аѳанасьевскою, быть можетъ еще Бобынинымъ въ 1514 г. или же, что вѣроятнѣе, при Иванѣ Грозномъ въ 1571 г.
По штатамъ 1764 г. Кирилловское подворье изъ монастырскаго вѣдѣнія поступило въ вѣдомство Коллегіи Экономіи, которая въ 1765 г. продавала его съ аукціона, а потомъ оно было разобрано въ 1776 г., когда Баженовъ чертилъ свой новый планъ Кремля для постройки воображаемаго громаднѣйшаго Дворца.
Составъ монастырской на подворьѣ братіи въ теченіи XVII ст. былъ слѣдующій: строитель, 3 попа, діаконъ, понамарь и 6 человѣкъ старцевъ. Съ 1625 г. они каждогодно получали государева жалованья и за понахиды, малые столы, и по царицѣ Аннѣ, по князѣ Димитріи Ивановичѣ и по царевнѣ Аннѣ на ихъ памяти и на преставленіе 18 р. 17 алт. 3 денги.
Такъ, вѣроятно, было и въ XVI ст., на что указываютъ имена поминовеній. Царица Анна, вѣроятно, четвертая жена Грознаго Анна Колтовская, въ иночествѣ Дарья, 1626 г. Царевна Анна, дочь Ивана Грознаго, 1550 г., на поминъ по ней царь пожаловалъ 150 р. Князь Дмитрій Ивановичъ Углицкій (Жилка) — сынъ вел. князя Ивана III, скончался въ 1521 г.
Въ 1576–1583 гг. на подворьѣ былъ строителемъ старецъ Александръ, прославившійся потомъ въ Кирилловскомъ монастырѣ своевольными непорядочными поступками, въ числѣ которыхъ ему вмѣнялось и то, что онъ, бывши строителемъ на подворьѣ полсема года, т.-е. шесть съ половиною лѣтъ, и отчету въ монастырской казнѣ не далъ.
Въ ХVІІ ст. подъ Аѳанасьевскою церковью находился казенный монастырскій погребъ, служившій крѣпкою кладовою для сохраненія богатаго имущества частныхъ лицъ, какъ это водилось и во многихъ другихъ каменныхъ церквахъ на случаи безпрестанныхъ пожаровъ. За сохраненіе монастырь, конечно, получалъ свои прибытки. Въ 1688 г. въ этомъ погребѣ случилась покража: у стольника Андрея Квашнина-Самарина разломали его сундукъ и покрали 1500 р. денегъ, ожерелье цѣною 300 р., шапку цѣною 150 р. Онъ жаловался патріарху, объясняя, что въ погребѣ стояли многіе нашей братіи сундуки и тѣ всѣ цѣлы, разграбленъ только его сундукъ. Онъ обвинялъ въ покражѣ монастырскихъ служебниковъ, именно сушильнаго старца Корнилія, который по рѣшенію патріарха и былъ отдавъ истцу въ заживъ головою (Врем. ХV, 32). Дѣло тянулось полтора года и съ Корнилія было снято черное платье, т.-е. онъ выбылъ изъ монаховъ.
Изъ случайныхъ событій, происходившихъ на Кирилловскомъ подворьѣ, извѣстно одно, когда въ 1563 г. на немъ была пострижена въ инокини вдова Старицкаго князя Андрея Ивановича, Евфросинія Андреевна.
Княгиня съ ея сыномъ Владиміромъ Андреевичемъ по какимъ-то замысламъ очень были подозрительны для Грознаго царя. Возвращаясь въ Москву побѣдителемъ въ Литовской войнѣ, взявши Полоцкъ, царь въ половинѣ марта заѣзжалъ къ княгинѣ въ Старицу и пировалъ у ней, но тутъ же, вѣроятно, и порѣшилъ убрать ее съ дороги своего ненасытнаго властительства. Спустя три мѣсяца въ іюнѣ онъ уже положилъ гнѣвъ свой на княгиню и на ея сына, потому что на нихъ донесъ ихъ же дьякъ, что они чинятъ многія неправды къ самодержцу. Начались розыски и ихъ неправды были доказаны, какъ и слѣдовало ожидать. Царь передъ митрополитомъ и передъ священнымъ соборомъ духовенства обличилъ ихъ, но для духовнаго же собора простилъ ихъ. Княгинѣ ничего не оставалось, какъ просить о постриженіи, на что и послѣдовало заранѣе уже обдуманное и опредѣленное согласіе царя. Ее постригли на Кирилловскомъ подворьѣ, такъ какъ духовникомъ ея былъ Кирилловскій игуменъ Вассіанъ, который и постригалъ ее. Она отправилась на житье въ Бѣлозерскій Воскресенскiй Горицкій дѣвичій монастырь. Царь устроилъ ей княжескій обиходъ по ея желанію. У ея сына все осталось попрежнему относительно вотчинъ, но всѣ ближніе его люди были удалены отъ него и взамѣнъ ихъ приставлены другіе по назначенію царя, такъ что онъ оставался съ этого времени въ самомъ крѣпкомъ надзорѣ и все-таки впослѣдствіи окончилъ свои дни очень несчастливо.