Далекій Кирилло-Бѣлозерскій монастырь въ лицѣ своего игумена Трифона въ 1447 году во время Шемякиной смуты сослужилъ великую службу на укрѣпленіе Московскаго единодержавія, когда со всею братіею монастыря онъ благословилъ вел. князя Василія Темнаго идти на свою вотчину въ Москву и быть по-прежнему государемъ: «а тотъ грѣхъ (что вел. князь цѣловалъ Шемякѣ крестъ не искать государства) на мнѣ«, говорилъ игуменъ, «и на головахъ моей братіи, мы за тебя, государя, Бога молимъ и благословляемъ».
Благословеніе въ дѣйствительности произвело рѣшительный поворотъ смутныхъ дѣлъ въ пользу вел. князя, и потому потомки Темнаго свято чтили эту заслугу далекаго и славнаго съ тѣхъ поръ монастыря.
Въ царскомъ быту въ XVII ст., а такъ несомнѣнно было и въ ХVІ ст., установился обычай на богомольныхъ выходахъ, особенно на Святой недѣлѣ, посѣщать монастыри и христосоваться съ монастырскою братіею. Въ эти дни цари обыкновенно ходили въ монастыри Чудовъ, Вознесенскій и на подворья Троицкое и Кирилловское, въ Аѳанасьовскій монастырь. Подворья въ этихъ случаяхъ служили какъ бы живыми представителями своихъ знаменитыхъ святочтимыхъ монастырей. Эти выходы мало-по-малу стали прекращаться со времени преобразователя Петра, который едва ли не въ послѣдній разъ совершилъ такой выходъ въ 1692 г., когда въ субботу на Святой по упомянутымъ монастырямъ и подворьямъ ходилъ царь Иванъ Алексѣев., а на другой день, въ воскресенье, и самъ царь Петръ Алексѣевичъ.
Въ этотъ день въ Успенскомъ соборѣ происходило поставленіе въ Сибирь въ Тобольскъ въ митрополиты Новоспасскаго архимандрита Игнатія. У дѣйства присутствовали оба государя въ государскихъ порфирахъ и діадимахъ и въ Мономаховыхъ шапкахъ, а бояре, окольничіе и думные и ближніе люди были въ золотныхъ кафтанахъ. Послѣ поставленія изъ собора царь Иванъ удалился переходами въ свои хоромы, а царь Петръ шествовалъ въ Вознесенскій монастырь, на Кирилловское подворье, въ Чудовъ монастырь и на Троицкое подворье, а потомъ къ себѣ въ хоромы. Не упомянуто, ходилъ ли онъ во всемъ описанномъ царскомъ нарядѣ или перемѣнилъ одежду.
Кромѣ такихъ обычныхъ установленныхъ выходовъ, бывали выходы и по особымъ богомольнымъ случаямъ, при чемъ монастырскіе старцы всегда получали царскій кормъ. Объ этомъ разсказываетъ одно письмо Аѳанасьевскихъ старцевъ къ боярину Вас. Ив. Стрѣшневу въ 1634 году.
«Государю Василію Ивановичу Кириллова монастыря съ Кирилловскаго подворья старцы 14 человѣкъ Бога молимъ и челомъ бьемъ», писали старцы. «Умилостивися государь Василій Ивановичъ, была государыня благовѣрная Царица и Вел. княгиня Евдокія Лукьяновна на Кирилловскомъ подворьѣ, молилася Богуи Пречистой Богородицѣ и преподобному Кириллу Чудотворцу и пожаловала кормъ на братію, а дьяки говорятъ, дворцовые, приказу де намъ не бывало. Пожалуй государь Василій Ивановичъ, доложи государыни о томъ и прикажи намъ дати милостыню, или кормъ пожаловати. Пожалуй государь Василій Ивановичъ!»
Въ 1674 г. окт. 24, когда царь Алексѣй Мих. переселялся со всѣмъ семействомъ на временное житье въ село Преображенское, царица Наталья Кирилловна, вслѣдъ за царемъ, также ходила Богу молиться въ Вознесенскій и Чудовъ монастыри и на Троицкое и Кирилловское подворья со всѣми дѣтьми, въ сопровожденіи ближнихъ бояръ, мамъ и верховыхъ боярынь.
Въ 1690 г. по какому-то случаю царь Петръ Алексѣевичъ мая 4 за 5 часовъ до вечера ходилъ въ Вознесенскій монастырь и на Кирилловское подворье, а также и въ Алексѣевскій дѣвичій монастырь.
Подворье съ самаго начала было основано для пріѣзда и пребыванія въ Москвѣ монастырскихъ властей, обязательно пріѣзжавшихъ къ государю съ святою праздничною Кирилловскою водою и на Святой съ обычными дарами монастырскихъ издѣлій, какъ равно и по собственнымъ нуждамъ монастыря.
Достаточно удаленное отъ государева дворца, находившееся у самыхъ воротъ Кремля, Кирилловское подворье служило много разъ мѣстомъ пребыванія заѣзжихъ высокихъ иноземныхъ православныхъ духовныхъ властей.