På Scheeles tid hade man ganska oriktiga föreställningar om lerjorden eller, som den då kallades, "alun-jord". Så trodde Baumé, att alunjord var kiselsyra och att lera var alunjord smittad af svafvelsyra. Scheele visade 1776 oriktigheten af dessa påståenden och ådagalade, att lerjorden är väl skild från kiseljorden. Han smälte bergkristallpulver med pottaska och erhöll verkligen litet alun, när han löste den smälta massan i svafvelsyra; men det är betecknande för Scheeles skarpsinnighet, att han snart insåg att alunet kunde ha bildats på bekostnad af leran i de deglar han använde vid smältningen. Han repeterade derför försöken och begagnade dervid järndeglar och erhöll då icke alun. Orsaken att Baumé kunde ha kommit till så oriktiga slutsatser om lerjordens natur var nu klar; han hade fått lerjord ur sina deglar.

Den vanliga grafiten eller blyertsen, som vi begagna till blyertspennor, är ett mineral, om hvars natur man vid Scheeles tid icke hade någon säker kännedom. Gahn och Hjelm hade funnit att blyerts vid rostning i muffel, utan att någon synlig rök uppstår, förflyktigas så när som på en ringa återstod af järnkalk (järnoxid). Det tycktes således efter den tidens åskådningssätt, som om blyerts till största delen utgjordes af flogiston. Efter sin vana vid undersökning af obekanta ämnen behandlade Scheele (1779) blyertsen, med allehanda syror, men de inverkade icke derpå. Endast arseniksyran angrep vid hög temperatur blyertsen, hvarunder arsenikmetall afsatte sig i retorten. Sedan Scheele vid retortmynningen fastbundit en oxblåsa och repeterat försöket, visade det sig att oxblåsan var fyld med ren luftsyra (kolsyra). Samma sak inträffade då han upphettade blyerts med salpeter. Blyertsen gaf således vid förbränning kolsyregas, och häraf slöt Scheele, "att blyerts är en sort mineraliskt svafvel eller kol, hvars beståndsdelar äro luftsyra förenad med en stor mängd flogiston" eller, efter vårt uttryckssätt, kol. Att det i syror olösliga ämne, som finnes i tackjärn, också är blyerts, visar Scheele äfvenledes genom att oxidera det med salpeter. Härmed var således det för järnets metallurgi så vigtiga faktum funnet, att järn innehåller grafit, och uppslaget vunnet för kommande undersökningar öfver skilnaden mellan smidesjärn, stål och tackjärn, hvilka så djupt ingripit i detta århundrades järnindustri.

I mineralriket förekommer, ehuru tämligen sparsamt, ett mineral, som mycket liknar grafiten samt ofta blifvit dermed förvexladt. Till skilnad frän grafit, eller plumbago, benämdes detta mineral molybdæna (af grek. molybdos, bly, för dess likhet med blymalm). Redan innan Scheele utfört sin nyss anförda undersökning öfver grafiten, hade han 1778 visat att detta mineral utgjordes af svafvel och ett ämne, som vid oxidering gaf en hvit, kristallinisk "jordart", med en syras egenskaper. Scheele förmodade visserligen att denna syra var en "metallisk jord" men emedan han icke kunde frambringa tillräckligt hög temperatur, lyckades han icke derur reducera någon metall. Denna uppgift löstes 1782 af Hjelm. Molybden är ett i många hänseenden märkvärdigt grundämne, hvars kemiska förhållanden blifvit utredda hufvudsakligen genom svenska kemister. Under sina omfattande undersökningar öfver molybdensyrans salter upptäckte Svanberg och Struve 1848 att en sur lösning af molybdensyrans amoniaksalt ger med äfven små spår af fosforsyra en vackert gul fällning, genom hvilket förhållande man nu kan med största lätthet upptäcka fosfor och fosforsyra i snart sagdt alla blandningar samt med stor skärpa bestämma halten af fosfor i järn.

Ett par år efteråt upptäckte Scheele den dittills obekanta oxiden till det grundämne, som närmast ansluter sig till molybden, nämligen volfram. Vid undersökning af ett hvitt mineral, som förekommer i Bispbergs järngrufva och länge genom sin betydliga tyngd väckt mineralogernas uppmärksamhet, fann han att detta mineral utgjordes af kalksaltet till en ny syra. Han visar såväl likheterna som olikheterna mellan denna syra och molybdensyran. T. Bergman anförde i ett tillägg till Scheeles afhandling många skäl som visade, att såväl molybdensyran som volframsyran voro metalliska kalker, hvilket, såsom ofvan nämdt, besannades, hvad molybdensyran angår, genom Hjelms försök att reducera molybdenmetall. Volframmetallen deremot reducerades 1783 af tvänne spanska kemister, bröderna d'Elhujar, som i Upsala studerat kemi under Bergman och i mineralet volfram funnit Scheeles tungstensyra i förening med järnets och manganens oxider. Volframmetallen kallades först tungstensmetall, men erhöll sedermera i Tyskland och Sverige namnet volfram, i Frankrike benämningen tungsten. I England benämnes detta grundämne dels tungsten, dels scheelium, till minne af upptäckaren. Volfram har ännu icke erhållit någon större teknisk användning. Den ingår i några färger, och volframsyrans natronsalt har visat sig vara ett ypperligt medel att skydda lätt antända tyger att taga eld.

Af vigt för medicinen blef Scheeles nya metod att tillverka kalomel på våta vägen, hvarom han höll föredrag den enda gång han var närvarande i Vetenskapsakademien. All i vårt land till medicinskt bruk använd kalomel beredes efter Scheeles metod.

Ännu några arbeten af Scheele, t. ex. om beredningen af den vackra gröna, men tyvärr högst giftiga målarefärgen, Scheeles grönt, m. fl., återstå för att denna teckning af Scheeles bidrag till den oorganiska kemiens utveckling skulle bli fullständig, men de torde, såsom mindre betydande, kunna förbigås.

Kännedomen om de ämnen, som förekomma i de lefvande organismerna, var på Scheeles tid så godt som ingen. Det är en af Scheeles odödliga förtjenster att först hafva brutit detta så rika och vigtiga fält för forskning, hvilket i våra dagar blifvit med sådan ifver och framgång bearbetadt och lemnat resultat, som i hög grad utöfvat inflytande på industrien och medicinen.

Främst bland Scheeles undersökningar inom den organiska kemien skall i det följande redogöras för den mästerliga afhandlingen om berlinerblått, hvilken klart visar Scheeles sällsynta förmåga att äfven på de svåraste områden leta sig fram till sanningen. Färgfabrikanten Diesbach i Berlin hade tillfälligtvis i början af förra århundradet erhållit en vacker blå färg, bekant under namnet berlinerblått. Dess beredningssätt hemlighölls, till dess Woodward 1724 offentliggjorde det. Sedan denna tid frestade många kemister sina krafter för att lära känna naturen af denna vackra färg, men de kommo blott till oriktiga och besynnerliga resultat. Scheele undersökte först den s. k. blodluten, hvaraf färgen beredes och som utgöres af en lösning af cyankalium. Han fann att denna blodlut, om den fick stå i luften, förlorade sin egenskap att med järnsalter gifva fällning af berlinerblått. Han lät sedan blodlut stå i slutet kärl, hvarigenom den icke förändrades. Nu anade han att det var luftens kolsyra, som var orsaken till att luten förderfvades, när den var utsatt för fullt lufttillträde, hvarför han hälde blodlut i en med kolsyra fyld flaska som tillkorkades. Nu förderfvades luten på ganska kort tid, men då han vid flaskans kork fäste ett med järnoxid öfverstruket papper, fann han att detta vid fuktning med saltsyra blef blått. Således fans intet tvifvel mer, att det "tingerande ämnet" var flyktigt. Han beredde nu större mängder af detta flyktiga ämne på det sätt, att han destillerade blodlutsalt med svafvelsyra. Äfven af berlinerblått framstälde han samma ämne. Han kokade nämligen berlinerblått med qvicksilfveroxid och vatten, erhöll så en lösning af cyanqvicksilfver, hvilken sönderdelades med järn och svafvelsyra, hvarefter alltsammans destillerades. Han erhöll så en färglös vätska, om hvilken han säger: "Detta ämne har en besynnerlig, ej oangenäm lukt; en smak, som stöter nästan litet på sött och är något hettande i munnen samt retar med det samma till hosta". Föga anade Scheele att han nu hade under händer ett af de giftigaste ämnen kemien känner, blåsyran, hvaraf blott några få droppar fordras för att ögonblickligen döda en stark hund. Scheele iakttog att blåsyrans ånga är bränbar och att vid förbränningen kolsyra uppkommer, hvaraf var tydligt, att blåsyran innehåller kolsyra och flogiston (= kol). Emedan han funnit att flyktigt lutsalt (amoniak) uppkommer, när man destillerar berlinerblått, försökte han att bereda blodlut genom att upphetta en blandning af pottaska och kol samt inlägga salmiak i den glödande blandningen. Det visade sig nu, att han fick blodlut, när han löste återstoden i vatten. Deremot lyckades han ej få blodlut genom att lösa den massa han erhöll, då han upphettade pottaska och kol enbart. Blåsyran måste sålunda bestå af "flyktigt lutsalt" (amoniak), "luftsyra" (kolsyra) och flogiston. Tolkas detta i öfverensstämmelse med vår uppfattning, bli blåsyrans beståndsdelar kol, qväfve och väte, hvilket såsom bekant, är fullt riktigt.

Scheeles 1782 beskrifna försök med eterarter visa att han hade framstält aldehyd,[[11]] detta märkvärdiga ämne, som gifvit upphof till en så stor mängd vigtiga föreningar. När han destillerade alkohol med brunsten och svafvelsyra, erhöll han en "eter, som har en förträffelig lukt". Denna "eter" var intet annat än aldehyd, sedermera af Liebig 1885 erhållen i rent tillstånd. Likaledes synes Scheele under dessa sina försök ha erhållit kloral, samma ämne som nu fått en så vidsträckt användning i medicin.

Scheeles yrke ledde honom 1783 till en vigtig upptäckt nämligen af glycerin, en tid kallad "Scheeles oljesocker". Då man kokar blyglete med vatten och oljor, bildas plåster, som Scheele riktigt kallar ett slags tvål, hvilken icke löses i vatten. Vid undersökning af den vätska, som återstår efter plåsterberedningen, fann nu Scheele glycerin, hvilket ämne i våra dagar spelar en vigtig rol som råämne för framställandet af nutidens kraftiga sprängämnen.