Uti sin afhandling om en ny metod att konservera ättika (1782) visar Scheele, att ättikans förstöring vid förvaring kan förhindras, derigenom att man upphettar den till kokning. Han uppfinner således samma metod, den Appert'ska, som sedermera fått så stor användning vid konservberedning och som, efter hvad Pasteur i våra dagar visat, beror derpå, att genom kokningen jäsningsväckande mikrober dödas.
De ämnen, som förorsaka den sura smaken hos frukter, bär och vegetabilier i allmänhet, eller växtsyrorna, voro icke bekanta vid Scheeles tid. Undersökningen af växtsyrorna hörde till Scheeles första vetenskapliga arbeten. Redan under vistelsen i Malmö hade han undersökt harsyresaltet, men man känner ej med visshet, om han deraf lyckades framställa oxalsyra, emedan hans derom författade afhandling, som inlemnades till Vetenskapsakademien, aldrig befordrades till trycket (sid. 9).
Under vins lagring afsätta sig på fatens väggar hårda kristallskorpor, som äro bekanta under namnet vinsten. Att detta ämne vid glödgning ger kolsyradt kali var väl bekant, men om vinstenens organiska beståndsdel kände man intet. Då Scheele konditionerade i Malmö, sysslade han äfven med vinsten och lyckades ur vinstenen med kalk bereda ett kalksalt, hvilket, sönderdeladt med svafvelsyra, gaf en förut okänd syra, vinsyra. Så hade nu Scheele funnit den metod att frigöra organiska syror, som sedermera ledde honom till upptäckten af citronsyra samt äpplesyra och än i dag i industrien användes för fabriksmessig framställning af de organiska syror, som begagnas vid tygtryck. Upptäckten af vinsyran blef icke offentliggjord af Scheele sjelf, utan af Retzius, såsom förut är (sid. 9) omtaladt.
År 1784 upptäckte Scheele citronsyran uti citronsaft och fann året derpå, att denna syra förekommer i krusbär och andra bärsorter. I krusbärsaft fann han ännu en annan syra, äplesyran, hvars allmänna utbredning i växtriket han äfvenledes påvisade.
Rabarberrot innehåller ett ämne, hvilket kännes som fin sand mellan tänderna, då den tuggas. Vid undersökning af denna s. k. rabarberjord, fann Scheele 1784 att den utgjordes af oxalsyrans kalksalt. Häraf föranleddes han följande året att undersöka ett stort antal rötter och barkslag på närvaron af nämda salt, hvars allmänna förekomst i växtverlden sålunda ådagalades.
Ännu en vigtig växtsyra upptäckte Scheele kort före sin död, nämligen galläplesyra eller som han kallade den "galläplesalt". Genom destillering af denna syra erhöll Scheele den i fotografien använda pyrogallussyran.
Benzoehartsets syra, benzoesyran, som man förut framstälde genom sublimering, lärde Scheele bereda på våta vägen.
Af organiska syror, som uppkomma vid oxidering af organiska ämnen, upptäckte Scheele slemsyran (1780) och sockersyran (1785). Den förra syran, kallad mjölksockerssyra, bildas jämte oxalsyra vid inverkan af salpetersyra på mjölksocker; den senare, som på liknande sätt uppstår af vanligt socker, trodde Scheele vara äplesyra. Äfven upptäckte han pyroslemsyran, som uppstår vid torr destillering af slemsyran.
Till och med inom djurkemiens område sträckte Scheele sina forskningar. De farliga konkretioner, som uppstå i urinblåsan och förorsaka stenpassion, urinsten, undersökte Scheele 1776. Han framstälde ur dem en förut okänd, svårlöslig syra, urinsyra, hvars förekomst i urin han likaledes ådagalägger, äfvensom att urin frän frosspatienter är rikare på urinsyra än vanlig urin. I ännu ett annat afseende lemnade Scheele ett vigtigt bidrag till urinens kemi. Han fann nämligen att urinen innehåller "animalisk jord" (fosforsyrad kalk), som finnes löst till följd af urinens halt af fri syra, men utfälles, när man neutraliserar urinen med amoniak.—När Scheele uppvärmde urinsyra med salpetersyra, erhöll han en lösning, som hade egenskapen att förorsaka purpurfärgade fläckar på händerna. Den innehöll således det ämne, som Wöhler och Liebig i sitt klassiska arbete öfver urinsyrans sönderdelningsprodukter kallat alloxan. Det är äfven Scheeles förtjenst att ha upptäckt den vackra murexidreaktionen, som än i dag användes för upptäckande af urinsyra. Genom torr destillering af urinsyra erhöll han cyanursyra.
År 1780 underkastade Scheele mjölken en undersökning och sökte finna orsaken till mjölkens ystning. Han iakttog att ost fälles ur mjölk både genom tillsats af syror och salter samt att den är löslig i alkalier. Att ostens utfällande medelst syror icke härleder sig derifrån att syrorna neutralisera alkalit i mjölken, visar han på det sätt, att han neutraliserar mjölk med salpetersyra och afdunstar vasslan, som ej lemnade ett spår af salpeter. Han fann att osten innehåller de syror, som användas vid utfällningen, samt att vatten, surgjordt med mineralsyror, löser ost, under det organiska syror ej förhålla sig på detta sätt. Han antager nu, att ostens utfällande beror derpå, att ostämnet attraherar syran och att den så uppkomna föreningen för att lösas fordrar en större mängd vatten än mjölken innehåller. Att salter fälla ostämnet lär enligt Scheele "förmodligen vara att finna uti vattnets närmare affinitet till dessa salter, än till osten".