Krysanteus lämnade de båda syskonen att tillbringa aftonen med varandra. Hermione förde Klemens till hans moder Elpenikes bild. Åsynen av denna framkallade hans tårar. Hon visade honom hans vagga och de leksaker, som tillhört honom i hans barndom, och vilka man hade förvarat som kära minnen. Hon berättade för Klemens, huru djupt hans fader sörjt hans förlust, huru de undrat och fruktat hans okända öden, och huru de äntligen kommit på hans spår. Hennes berättelser avbrötos endast av ömhetsbetygelser, då hon i övermåttet av sin glädje förnyade gånger omfamnade honom, smekte honom och skådade honom djupt i ögonen. Allt detta smälte skorpan kring Klemens' hjärta, och när han om kvällen återsåg sin fader, skyndade han i dennes armar.
Krysanteus hoppades, att den känsla av blodsbandet, som sålunda vaknat i hans bröst, skulle genom den kärlek, som visades honom, stärkas och varda varaktig. Men detta hopp bleknade inom kort. Klemens påminde sig åter, att Krysanteus var ärkehedningen, antikrists förnämsta verktyg och medhjälpare, ja, än mer—hans lärare och den som förmått honom till avfall från kristendomen, och denna tanke, som ingav Klemens fasa, kunde han så mycket mindre förjaga, som tusen föremål i hans nya hem, de vanor, som där iakttogos, och Krysanteus' dagliga verksamhet måste påminna honom därom. Krysanteus och Hermione sågo, att dessa omständigheter samverkade till att fördystra honom och göra honom otillgänglig. Krysanteus ställde fördenskull en särskild del av huset till hans förfogande, lät smycka det med alster av kristlig konst, skaffade honom homoiusianska tjänare och försåg honom med en liten boksamling av kristna författare.
I Teodoros, som ofta besökte Krysanteus' hus, hoppades denne äga en vän, vars umgänge skulle på en gång vara Klemens angenämt och hälsosamt. Men varje försök av Teodoros att närma sig den unge föreläsaren och vinna hans förtroende strandade. Klemens misstänkte i honom en förledare, som iklätt sig skepnaden av en ljusets ängel, och visste honom bestämt vara en kättare, och därtill en kättare, farligare än någon annan, ty han förnekade kyrkan som hierarkisk inrättning, förnekade den Helige Ande som en magisk, i handpåläggningen verksam kraft, förnekade prästerskapet som ett särkilt medlarestånd och hade på senare tider i Aten och dess omgivning vunnit en mängd anhängare för sin farliga lära, vilka samlat sig omkring honom och bildat en församling.
Det enda tvång, som Krysanteus ville pålägga Klemens, var det att icke pläga vidare umgänge med Petros. Men Klemens nekade att efterkomma denna befallning. Petros var hans andlige fader, som han vore skyldig kärlek och ovillkorlig lydnad.
Klemens besökte ofta biskopen i fängelset. Krysanteus kände det olycksdigra inflytande, som denne utövade på hans son, utan att likväl ana det hela dess vidd. Han befallde, att fängelsedörren icke vidare finge öppnas för ynglingen, och hoppades därigenom hava avbrutit förbindelsen mellan Petros och honom. Men detta var intet allvarligt hinder för Klemens att möta sin fosterfader. Han smög nästan varje natt till fånghuset, samtalade genom den gallrade gluggen med honom, biktade för honom och emottog hans välsignelse. Petros uppmanade Klemens att så ofta som möjligt förnya dessa besök, emedan de voro honom en borgen, att fostersonens hjärta bevarat sig rent från den farliga inflytelsen av sin omgivning. Petros förklarade, att han med undergivenhet bar sin fångenskap, och att den enda oro, som plågade honom, gällde Klemens och de faror, som i de lockande skepnaderna av faderlig och systerlig kärlek, av hednisk filosofi, jordisk rikedom och en kättersk vältalighet omgåve denne. Denna oro, försäkrade han, var förskräcklig och kunde endast stillas genom Klemens själv. Han besvor föreläsaren att noga hava akt på sina tankar och känslor. Genom de ringaste medgivanden åt lockelserna vore han förlorad, ty hade de väl fått insteg i hans själ, skulle de snart helt och hållet råda där: det vore ju svårt att övervinna en belägrande fiende, sedan muren och portarne, som skulle utestänga honom, fallit i hans händer. Klemens lämnade sällan sin andlige fader utan en påminnelse om de orden: »den som älskar fader eller moder mer än mig, han är mig icke värd.» Också drog han sig så mycket som möjligt tillbaka inom sig själv, visade sig sällan för sin fader och syster, emottog endast besök av Eufemios och andra medbröder i ämbetet, umgicks med sina böcker och sina fantasier, avskrev S:t Johannes' uppenbarelse och infann sig om kvällarne, innan han smög till Petros, i Eusebias budoar för att med henne bedja, svärma och kyssas. Om han förut saknat någon anledning till självprövning och undersökning av den känsla, som han hyste för den sköna romarinnan, så var han nu fullkomligt invaggad i säkerhet, sedan han under en bikt för Petros omtalat sitt förhållande till henne och denne gillat det, emedan det var ett band mer på hans sinne och ett föremål, som tog i anspråk den ömhet, som han möjligen annars skulle riktat på sina fränder.
De forskningar, som Krysanteus med anledning av Petros' uppgifter om sin föregående levnad lät anställa i Efesos och Antiokia, fördröjde den undersökning, som väntade fången inför domstolen. Krysanteus hoppades, att sedan Simmias var avslöjad, skulle Klemens' vördnad och undergivenhet för denna människa upphöra och bytas i avsky. Men Petros förekom honom med en frivillig bekännelse, som han gjorde för Klemens, när denne en natt infunnit sig vid gluggen till hans fängelse. Han berättade för Klemens, att han var samme Simmias, som Krysanteus misstänkte honom vara, skildrade de svåra strider han haft att utstå, då han som slav i ett hedniskt hus, i likhet med sin fader, övergick till kristendomen; skildrade vidare den glädje han kände, sedan hans beslut var stadgat och hans själ härdad mot det hån och den ovilja, som detta steg ådragit honom av hans herre, liksom av hans medtjänare; den iver, varmed han på sina från arbetet lediga stunder ägnade sig åt de heliga skrifternas läsning, och den lycksalighet, som med det nya ljuset genomstrålade hans själ och uppfyllde honom av medlidande för alla, som ej voro delaktiga av detsamma. Det var den tiden Klemens föddes. När Klemens var årsgammal och vid sin moders eller sköterskas hand visade sig ute bland slavarne, hade Petros blivit fängslad av ett för så späda barn ovanligt uttryck i hans sköna ansikte. Det låg något himmelskt i hans ögon, och han förekom Petros som en ängel. Dess odrägligare var honom den tanken, att detta barn skulle uppväxa i hednisk villfarelse och förakt för honom, som är barnens himmelske vän. Petros kämpade ett helt år mot tanken att fly med den lille Filippos ur det hedniska huset för att sålunda rädda hans själ och återgiva lammet åt den rätte herden. Han hade under denna tid gått sjuk av tvivel och oro, huruvida detta vore rätt inför Gud eller icke. Men orden: »låten barnen komma till mig» hade natt och dag genljudit i hans själ och slutligen kommit hans beslut att mogna. Vad sedan hänt, det visste Klemens. Petros hade länge irrat omkring, under oupphörliga faror att med sin dyrbara skatt gripas av de kejserliga ämbetsmännen, som efterjagade honom överallt. Hans fader hade följt honom under flykten. Det var ett underverk, att de undkommit efterspaningarna, och ett icke mindre underverk, i trots av de ömmaste omsorger, att Klemens så späd kunnat uthärda de lidanden, som de båda flyktingarne icke förmådde avvända från honom när de som oftast ledo brist på det nödvändiga.
Allt detta berättade Petros så vältaligt och rörande, att Klemens, när Petros uppmanade honom att döma över hans handlingssätt, långt ifrån att ogilla det eller känna avsky för sin rövare, tryckte hans genom gallret utsträckta hand till sina läppar, kallade honom sin störste välgörare och förklarade honom sin eviga tacksamhet. Förhållandet mellan Petros och Klemens var ömmare, bandet, som förenade dem, starkare tillknutet än någonsin.
Inom den homoiusianska menigheten väckte Petros' fängslande vild förbittring, som endast väntade på tillfälle att giva sig luft. Eufemios, den äldste presbytern, skötte under tiden hans ämbete och infann sig dagligen i fängelset för att inlämna sina redogörelser och emottaga sin förmans befallningar. Den svartlockige presbyterns hållning var ödmjukare än någonsin, då han stod inför sin biskop, och för det goda han kunde uträtta var han anspråkslös nog att giva denne äran. På lediga stunder sysselsatte han sig ännu alltid med punkteringskonsten.
Genom denna ville han utleta, huru länge Julianus skulle leva; om den kejsare, som komme på tronen efter honom, vore homousian eller homoiusian; om Petros i den rättegång, som väntade honom, skulle frikännas eller fällas, vilket senare vore detsamma som att dömas till döden; om Petros, i händelse av frikännelse, skulle varda biskop i Rom, patriark i Konstantinopel, eller på annat sätt bortryckas från sin hjord i Aten; när detta skulle ske, och vem som skulle bliva hans efterträdare, Eufemios eller någon annan—alltsammans frågor, som dagligen sysselsatte den svartlockiges tankar.
En bland Eufemios' skyldigheter som äldste presbyter var att hålla sina yngre ämbetsbröder till studier och vaka över dessas kristliga och renläriga art. Nu hade Eufemios gjort det rön, att man svårligen kan inhämta en boks innehåll grundligare, än när man åtskilliga gånger avskriver densamma. Han plägade därför till föreläsarne, besvärjarne och de övriga unga prästerna lämna till avskrivning dels de mångahanda evangelierna, såväl de allmänt erkända som de andra, dels sådana nyare skrifter, som bland den kristna kyrkans medlemmar väckt större uppseende och fördenskull kunde påräkna lätt avsättning. Med de sålunda tillkomna avskrifterna drev Eufemios för egen räkning en inbringande handel.