Der Fiscus legatorum academicus entstand aus dem eine Abtheilung des Fiscus legatorum bildenden akademischen Stipendienfonds, der aus den Kapitalien der Universitätsstipendienstiftungen besteht, und es wurde ihm noch beigefügt der Fiscus pauperum, der bestimmt ist für Armenzwecke und unter Anderem die Stiftungen von Erasmus und Daniel Bernoulli zur Unterstützung von armen durchreisenden Gelehrten und Studierenden durch den jeweiligen Rektor enthält; ferner das Stiftungskapital des Alumneumfonds, das sich auf das frühere Alumneum im oberen Collegium des Augustinerklosters bezieht. In den letzten fünfzig Jahren flossen noch in diesen Fond: im Jahre 1857 das Legat von Herrn Leonhard Huber sel. mit Fr. 2857 für hilfsbedürftige Basler Studenten, im Jahre 1859 aus dem Franz Von Speyr'schen Fideikommiss Fr. 1754, im Jahre 1860 beim Jubiläum von frühern Schülern der Universität aus Baselland das Stipendium Rauricum mit Fr. 2500, im Jahre 1874 die Hälfte der Stiftung zu Ehren des Rektors gymnasii Rudolf Burckhardt, von Schülern desselben der Universität dargebracht, mit Fr. 2895 und im Jahr 1880 das bei Gelegenheit der hundertjährigen Geburtstagsfeier des verstorbenen Theologen de Wette von seinen Verwandten gestiftete Stipendienkapital von Fr. 2750, über dessen Zinsen die theologische Fakultät zu verfügen hat.
Der Ertrag dieses akademischen Legatenfonds diente bis heute hauptsächlich zur Ertheilung von Stipendien an die Studierenden; bis zum Erlass des Schulgesetzes im Jahre 1880 wurden auch Schüler des oberen Gymnasiums oder Pädagogiums dabei bedacht. Ausserdem leistete dieser Fond die Auszahlung des Ryhiner'schen Legates mit je Fr. 300 jährlich an die Professoren der Logik und Botanik als Inhaber des betreffenden Stiftungskapitals, die Zahlungen an die Armenkassen des Rektors und der Fakultäten als Ertrag der aufgenommenen Armenfonds und Kapitalien der Fakultätsstipendien, Beiträge an Seminarien und an allgemeine Zwecke wie Turnen und Singen verfolgende Studentenvereine, die Honorierung der Preisaufgaben, seit 1844 als Besitzer des Alumneumfonds einen den alten Miethsgeldern entsprechenden jährlichen Beitrag von Fr. 240 an das Alumneum für Studierende der Theologie, ferner von 1851 bis zur Errichtung des mit Krediten besser bedachten Vesalianums im Jahr 1885 einen mit der Zeit auf mehr als Fr. 1000 jährlich anwachsenden Beitrag an die anatomische Anstalt für die Beschaffung von Leichen und dann noch verschiedene Beiträge an andere Universitätsanstalten, besonders an die Bibliothek für Hilfsarbeiten. Auch musste zu Zeiten für ausserordentliche einmalige Ausgaben dieser Fond die Mittel liefern, so z.B. im Jahr 1839 Fr. 1250 a.W. an die Verlegung des botanischen Gartens, im Jahre 1849 Fr. 10,500 a.W. an das Museum und im Jahre 1860 Fr. 7000 an die Kosten des Universitätsjubiläums. Solche ausserordentliche, 150 Fr. überschreitende, durch Stiftung und Gesetz nicht vorgesehene Verwendungen bedürfen seit 1836 bei allen Fisci, nachdem sie von der Regenz beschlossen sind, noch der Genehmigung des Erziehungsrathes.
Der Fiscus Gymnasii war aus den Kapitalien der Schülerstipendien entstanden und bezieht sich also nicht auf Universitätszwecke; er wurde nur von der Universität verwaltet und der Ertrag wurde den Schulbehörden zugestellt. Nach Erlass des Schulgesetzes im Jahre 1880 ging dieser Fond mit Fr. 207,655 an die vom Erziehungsrath bestellte Schulstipendienkommission über.
Der Fiscus vestiendorum oder Fiscus des Schülertuchs stammt aus der Zeit, wo die Universität die Sammlung von Geldern für die Bekleidung armer Schüler besorgt hatte; auch er hat keinen Universitätszweck, und sein Ertrag wurde jährlich an die Personen ausbezahlt, welche sich mit der Vertheilung des Schülertuchs befassten. Im Jahre 1881 wurde dieser Fond mit Fr. 25,058 der Schülertuchkommission übergeben.
Der Fiscus legatorum medicus stammt von dem berühmten Felix Plater, der eine Summe gestiftet hat, um aus dem Ertrag den Spitalarzt zu bezahlen. In den Jahren 1837 und 1838 bei Errichtung des neuen Spitales legten vier Freunde der Universität Fr. 2100 a.W. in diesen Fond und im Jahre 1867 wurde das Legat von Joh. Gottl. Thurneysen sel. mit Fr. 1000 ihm einverleibt. Bis zum Jahre 1864 wurden aus dem Ertrag dieses Fonds jährlich Fr. 150 an den Spitalarzt bezahlt; seitdem der Spital die Bezahlung seiner Aerzte vollständig übernommen hat, werden die Zinsen durch Regenzbeschluss, entsprechend den jedesmaligen Bedürfnissen, den verschiedenen Anstalten der medicinischen Fakultät zugewandt.
Der Fiscus bibliothecæ publicæ entstand aus Schenkungen und Gebühren; ausser den sogenannten Neujahrsgeldern, d.h. freiwilligen Beiträgen von Freunden der Bibliothek, sind ihm in den letzten 50 Jahren noch eine Anzahl Schenkungen aus Trauerhäusern, im Jahr 1874 ein Viertel der Rektor Rudolf Burckhardt'schen Stiftung mit Fr. 1447, und vor Allem im Jahr 1880 das Legat des Herrn Wilh. Burckhardt-Forcart sel. mit Fr. 40,000 zugekommen. Der Ertrag dieses Fonds dient der Universität für Bücheranschaffungen und Beamtenbesoldungen. Bis zum Jahr 1870 war die Rechnung der Bibliothek mit der Rechnung des Bibliothekfiscus verschmolzen; seit 1871 wird der Ertrag an die Bibliothek abgeliefert, welche nun selbstständig Rechnung führt und auch die Gebühren und meisten Geschenke direkt in Empfang nimmt.
Der Fiscus bibliothecæ botanicæ und der Fiscus horti botanici, die 1836 als selbstständige Fisci von dem fiscus facultatis medicæ waren abgetrennt worden, wurden im Jahre 1853 zum Fiscus der botanischen Anstalt vereinigt. Der Ertrag geht an die botanische Anstalt. Auch hier war bis 1870 die Rechnung des Fiscus und der Anstalt verschmolzen.
Die vier Fakultätsfisci entstanden hauptsächlich aus den bei Immatrikulation und Promotion erlegten Gebühren; sie zahlten Beiträge an die Gehalte der Professoren und wurden 1853 mit dem Fiscus Universitatis verschmolzen.
Der Fiscus Universitatis entstand hauptsächlich aus der Ansammlung der Gebühren bei Immatrikulation und Abgang, welche ihm bis heute noch zufliessen. Bei der Neueintheilung im Jahr 1836 wurde ihm der Fiscus Rectoris und der nicht in Stiftungskapitalien bestehende Theil des Fiscus Alumnorum zugewiesen. Von den ihm zugekommenen Geschenken erwähnen wir besonders aus dem Jahr 1880 das Legat des Herrn Wilh. Burckhardt-Forcart sel., der auch diesem Fiscus Fr. 40,000, also den Universitätsfonds im Ganzen Fr. 80,000 vermachte. Das Gesetz von 1836 hatte bestimmt, wie viel aus diesem Fond an die Gehalte der Professoren und an die Sammlungen für den Unterricht zu zahlen war; durch das Gesetz von 1866 wurde sein Betrag speciell für Zulagen zu den direkt vom Staat bezahlten Besoldungen, ausserordentlichen Gehalten und Remunerationen bestimmt, welche der Regierungsrath auf Antrag des Erziehungsrathes beschliesst; er wird desshalb seither gewöhnlich als Zulagefond bezeichnet. Der Fond wurde zuweilen auch für ausserordentliche Ausgaben in Anspruch genommen, so zahlte er u.a. im Jahr 1849 Fr. 45OO a.W. an das Museum und im Jahr 1860 Fr. 7536 an die Kosten des Universitätsjubiläums. Auch wurden die laufenden Ausgaben der Universität für Druck, Inserate, Gas u.s.w. bis zur Ertheilung eines besonderen Kredites von Fr. 2000 durch das Gesetz von 1866 aus diesem Fiscus bestritten.
Zu diesen aus älterer Zeit stammenden Fisci sind in den letzten 50 Jahren noch zwei neue hinzugekommen, nämlich der naturhistorische Fond und der Heusler'sche Vermächtnissfond.