1241.
Seesieg seines Sohnes Enzio bei Elba über die genuesische Flotte, viele zum Konzil nach Rom fahrende Geistliche gefangen. Gregor IX. †. Sein Nachfolger Innocenz IV. verhandelt mit dem Kaiser, entflieht aber 1244 nach Genua und weiter nach Lyon. (Bedrohung Deutschlands durch die Mongolen, s. S. 195).
1245.
Absetzung des Kaisers durch Beschluß des Konzils zu Lyon. Innocenz IV. erneuert den Bann gegen ihn und fordert die deutschen Fürsten zu einer Neuwahl auf. Die Bettelmönche (Franziskaner und Dominikaner) predigen das Kreuz gegen ihn.
1246–1247.
Heinrich Raspe, Landgraf von Thüringen, Schwager der heiligen Elisabeth, der sie mit ihren Kindern von der Wartburg vertrieb, als Gegenkönig anfangs siegreich gegen Konrad, Friedrichs Sohn, dann aber bei Ulm zurückgeschlagen, stirbt 1247 auf der Wartburg. Mit ihm erlischt das landgräfliche Haus von Thüringen, dessen östlicher Teil mit der Markgrafschaft Meißen vereinigt wird; aus dem westlichen geht die Landgrafschaft Hessen hervor.
1247–1256.
Wilhelm von Holland, zweiter Gegenkönig, der jedoch kein Ansehen in Deutschland erlangt.
Friedrich kämpft 1248 in Italien anfangs glücklich, wird aber vor Parma zurückgeschlagen. Sein Sohn Enzio gerät 1249 beim Kampfe gegen Bologna in Gefangenschaft († nach 23jähriger Haft im Kerker). Der Kanzler Petrus von Vinea wird wegen geheimer Verhandlungen mit dem Papste als Verräter geblendet, † 1249.
1250.