1609.
Majestätsbrief. Dieser gestattet allen Bewohnern Böhmens den Anschluß an die »utraquistische«, auf entschieden protestantischem Standpunkt stehende Böhmische Konfession von 1575 und erlaubt den 3 Ständen der Herren, Ritter und königlichen Städte den Bau von Kirchen. Der zugleich abgeschlossene, vom Kaiser anerkannte ständische Vergleich gibt diese Erlaubnis auch den Untertanen auf den königlichen Gütern.
1611.
Rudolf verliert auch die Herrschaft über Böhmen, stirbt 1612 machtlos in Prag.
1612–1619.
Matthias verschafft, da er kinderlos ist und seine Brüder Verzicht leisten, seinem streng katholischen, von den Jesuiten erzogenen Vetter Ferdinand, Herzog von Steiermark, Kärnten und Krain, die Nachfolge auch in Böhmen und Ungarn, trotz des Widerwillens der protestantischen Stände.
1618–1648.
Der Dreißigjährige Krieg.
Versuch des Hauses Habsburg, im Bunde mit der katholischen Kirche die Machtstellung des Kaisertums zu erhöhen. In den drei ersten Abschnitten des Krieges überwiegt die religiöse Parteiung; aus dem Aufstand in Böhmen entwickelt sich ein großer Kampf des katholischen Europa gegen das protestantische. Zuletzt führen Schweden und Frankreich im Kampf gegen das Haus Habsburg Eroberungskriege auf deutschem Boden.