Um diesen Massenmord zu verhindern, schrieben Mackay und sein Mitarbeiter Pierson an den König einen Brief und erbaten dazu auch die Unterschrift der katholischen Missionare. Die Jesuiten aber weigerten sich, dieselbe zu geben. Obwohl sie auch täglich am Hofe waren, erhoben sie nicht ihre Stimme, um dem grauenvollen Treiben zu steuern. In dem Briefe erinnerte Mackay den König an das Gebot: »Du sollst nicht töten«, an die Entvölkerung des Landes, die durch diese Morde entstand, und an die Sage, Kintu, der Begründer des Landes, sei verschwunden, weil Uganda mit Blut überschwemmt gewesen sei. Die kühne Bitte der edeln Missionare fand kein Gehör. Sie hatten aber ihre Pflicht getan und überließen die Folgen dem allmächtigen Gott.
Mackays Geschicklichkeit und Dienstwilligkeit wirkten oft besänftigend auf den grausamen König und stimmten ihn freundlich gegen die Mission. Bei allen Schwankungen der Stimmungen im Gemüt dieses Tyrannen und am Hofe fügte es Gott doch so, daß die Missionare Schutz hatten, wenngleich ihr Leben auch einigemal in großer Gefahr stand. Solange Mtesa lebte, hatten sie gewisse Rechte und Lehrfreiheit trotz der vielen Verbote und Drohungen und trotz der Wühl- und Hetzarbeit der Mohammedaner. Gott lenkte auch diesem Könige das Herz, daß er wider Willen dem Evangelium zum Eingang in seinem Lande verhalf.
Ergreifend ist der Bericht, in welchem Mackay erzählt, wie er Mtesa zum letztenmal zur Rettung seiner Seele aufforderte. Sie hatten miteinander eine Unterredung über Tod und Ewigkeit. Mtesa antwortete auf das Zeugnis Mackays mit seinen gewöhnlichen Ausreden: »Liest der Araber sein Buch (Koran), so sagen die Weißen, das seien Lügen. Lesen die Weißen ihr Buch (Bibel), dann rufen die Araber: ›Das sind Lügen!‹ Was ist nun wahr?« Mackay stand nun auf und trat vor den König an der Matte, auf welcher der Katikiro saß. Dort kniete er nieder und sagte mit heiligem Ernste: »O Mtesa, mein Freund, gebrauche nicht immer diese Ausreden. Wenn du und ich am großen Tage des Gerichts vor Gott stehen werden, kannst du dann dem Allmächtigen sagen, du hättest nicht gewußt, was du glauben solltest, weil Masudi (ein Araber) dir das und Mackay dir etwas anderes sagte? Nein! Du hast das Neue Testament, lies es doch! Gott wird dich danach richten. Es hat noch niemand darin die Wahrheit gesucht, der sie nicht gefunden hätte.«
Mtesa blieb, was er war: ein Heide durch und durch. Charakteristisch ist eine Erklärung, die er Mackay einmal vor versammeltem Hofe gab: »Nehmen wir das Christentum an, so dürfen wir nur eine Frau haben. Werden wir Mohammedaner, so dürfen wir kein Fleisch essen.« Man muß es als eine besondere Fügung Gottes betrachten, daß Mackay dennoch der erklärte Liebling Mtesas blieb und mit der königlichen Gunst auch den königlichen Schutz genoß, solange Mtesa lebte. Die Hoffnung, den König für Jesum zu gewinnen, mußte der Pionier Ugandas endlich aufgeben. Er tat's mit schwerem Herzen, hatte aber die Genugtuung, daß sich die Pagen und Diener des Hofes immer empfänglicher für die Wahrheit zeigten.
Nach vierjähriger Wirksamkeit konnten im März 1882 die Erstlinge der Waganda getauft werden. Es waren fünf hoffnungsvolle Jünglinge. Der erste unter ihnen nannte sich in dankbarer Anerkennung dessen, was sein Lehrer ihm geworden, Sembera Mackay. Wir können es verstehen, daß Mackays Herz voll Freude und Dank war über diese Erstlingsfrucht und daß er auf sie mit derselben zärtlichen Liebe blickte wie eine Mutter auf ihr erstgeborenes Kind.
Im gleichen Jahre starb die Königinmutter. Sie war der biblischen Lehre stets abhold gewesen und verschied unter den Zaubersprüchen der Götzenpriester. Mtesa ließ sie mit großem Gepränge beisetzen. Auf seinen Wunsch hatte Mackay dazu drei ineinandergehende Särge, darunter einen aus Kupfer, angefertigt. Diese Arbeit nahm einen ganzen Monat in Anspruch. Während dieser Zeit war große Landestrauer vorgeschrieben; es durfte keine weitere Arbeit verrichtet, keine Reise unternommen, keine Last getragen werden. Nach der Beerdigung wurde Mackay reichlich beschenkt.
Im folgenden Jahre baute Mackay am Ufer des Niansa das Missionsboot »Eleonore«. Die Arbeit hielt ihn monatelang fern. In der Hauptstadt wurde unterdessen das Missionswerk unter der treuen Arbeit der Missionare O'Flaherty und R. Ashe im Segen fortgesetzt.
In der ersten Hälfte des Jahres 1884 war die Zahl der Bekehrten schon auf 68 gestiegen. Dann aber zog eine dunkle Wolke herauf und hing schwarz und schwer über dem hoffnungsvollen Erntefeld. Die oft erwähnte Krankheit des Königs verschlimmerte sich mehr und mehr. Man erwartete unter allgemeiner Spannung seine baldige Auflösung und damit das Signal zur Christenverfolgung in Uganda. Die junge Gemeinde stärkte sich in Gott und bereitete sich täglich im Glauben auf schwere Stürme vor.
Am 29. Oktober 1884 flog die Trauerkunde vom Königshügel durch die Stadt und die Dörfer des Landes, daß der König Mtesa verschieden sei. Unseren Helden Mackay erreichte die Botschaft am See, wo er das Missionsboot ausbesserte, um es zu einer eventuellen Flucht benutzen zu können. Nach Empfang der Todesnachricht sandte er vier seiner Leute zur Hauptstadt, um Erkundigungen einzuziehen. Sie wurden unterwegs schon überfallen und beraubt. Ihr Leben retteten sie durch die Flucht. Das waren böse Vorboten. Am nächsten Tage erschienen hundert Krieger und holten im Auftrage des Kanzlers (Katikiro) Mackay nach der Hauptstadt ab, um den Sarg für Mtesa zu machen. Er unterzog sich gern diesem Auftrage und hoffte sich damit die Gunst der maßgebenden Häuptlinge und des noch unbekannten Thronfolgers zu erwerben.